专栏名称: 生信菜鸟团

生信菜鸟团荣誉归来，让所有想分析生物信息学数据的小伙伴找到归属，你值得拥有！

单细胞联合TCGA你还不会吗

生信菜鸟团 · 公众号 · 生物 · 2024-11-24 14:00

正文

scRNA-seq of colorectal cancer shows regional immune atlas with the function of CD20+ B cells

这篇文章绝佳复现！！！随便划拉一下看文中有哪些图，最后进行实验验证，这么滴一篇文章就出来了，你值得拥有！！！对想要问怎么能拥有？翻到文章末尾看看咱的 生信入门班 和 数据挖掘班 ，手把手带你起飞~没思路不要紧，学基础知识学文章思路自己开干啊

顺便说一句，结尾的附录有详细的TB髓系分群marker，请加到各位的细胞注释收藏中查漏补缺一下哦~

文献概述

背景：表征结直肠癌不同部位的免疫景观并寻找潜在的治疗靶点。

方法： 分析了来自19个结直肠癌样本和来自四个部位的配对正常组织的39,484个单细胞，以确定结直肠癌在解剖位置上的免疫特征，特别是在B细胞中。

结果及结论： 免疫细胞浸润在结直肠癌不同区域的肿瘤中有显著差异。来自右侧和左侧结直肠癌的B细胞具有不同的发育轨迹，但都与髓系细胞和T细胞有广泛的相互作用。生存分析提示CD20+B细胞与CRC患者的良好预后相关，尤其是右侧。此外，CD20+B细胞的消耗表明，抗CD20促进肿瘤生长进展，并在体内和体外逆转抗PD-1治疗的肿瘤杀伤活性。

GSE221575；GSE132465；GSE44076 and GSE50760免疫浸润

文献内容

1. 结直肠癌不同部位的免疫景观

整合了GSE221575和GSE132465数据集中9位患者的39484个细胞用于后续分析。

9名患者的9个肿瘤样本和三个不同区域的相邻正常结肠样本，以及1个相应的肝转移肿瘤样本。

六个主要的细胞群，包括三个免疫细胞群（髓系细胞、T和B细胞）和三个非免疫细胞群（上皮细胞、成纤维细胞和内皮细胞）。简直是用各种形式可视化了-featureplot、小提琴图和热图

免疫细胞类型在大多数样本中占主导地位。

髓系、T细胞和B细胞的比例在早期和晚期以及野生型和突变型KRAS和BRAF患者之间相似。

假设细胞类型的组成可能受到肿瘤区域的影响。将19例样本分为7组：升结肠正常组（AN, n = 3）、升结肠肿瘤组（AT, n = 3）、乙状结肠正常组（SN, n = 3）、乙状结肠肿瘤组（ST, n = 3）、直肠正常组（RN, n = 3）、直肠肿瘤组（RT, n = 3）、肝转移组（LM, n = 1）。

LM中T和B细胞明显较少，表明转移性肿瘤表现出低的免疫原性，可能免疫逃逸。

不同样本中细胞亚群比例。

2.右侧结肠癌中T细胞浸润较多

重聚类T细胞为六个亚群。

γδT细胞除TRGC1高表达外，还表现出GZMA和NKG7。以GZMA和NKG7表达水平升高为标志的CD8效应T细胞为细胞毒性T细胞。

耗竭T细胞表达HAVCR2和LAG3，表达细胞毒性标记，表明尽管处于耗竭状态，T细胞的活化和细胞毒性功能仍保持不变。

比较相邻正常和肿瘤样本之间的T细胞亚群比例，肿瘤内CD8效应T细胞减少，treg和耗竭T细胞增加，处于免疫抑制肿瘤微环境。

T细胞，特别是CD8+T和γδT细胞，在RCC中表现出更高程度的浸润。

将GSE44076数据集作为验证队列，并使用Timer 2.0进行免疫浸润分析。验证队列中左侧和右侧CRC的T细胞浸润模式结果一致。RCC表现出明显的免疫浸润。

3.M1_like和M2_like巨噬细胞在结直肠癌中的浸润

髓系细胞分为巨噬细胞，树突状细胞和肥大细胞。

巨噬细胞分为三个亚型：M1_like_macro、M2_like_macro和proli_macro。

巨噬细胞是肿瘤样本中主要的髓系细胞；树突状细胞和肥大细胞在正常组织中更为普遍，强调了巨噬细胞在肿瘤微环境细胞凋亡中的重要作用。肝转移样本髓系细胞中巨噬细胞占比高达90%。M1_like macro和M2_like两种细胞类型的浸润模式在AT组和ST组之间是相反的。

M2_like macro在RCC较多。

对AT组和ST组之间的M1_like和M2_like巨噬细胞进行了富集分析，以研究不同部位巨噬细胞群的功能差异。

在ST组中，M1_like macro在炎症相关通路、转录调控和b细胞受体信号通路中表现出功能富集。AT组M2_like macro与白细胞相互作用。趋化因子信号通路与AT组M2_like macro和ST组M1_like macro的上调有关，反映了B细胞对髓细胞的募集和粘附。

M1_like和M2_like巨噬细胞在RCC和LCC中的浸润模式相反，并且在CRC中与B细胞相互作用。

4.结直肠癌中B细胞的异质性和多样性

对B细胞重聚类为六个不同的细胞群包括记忆B，幼稚B， IgA浆细胞，IgG浆细胞，Proli浆细胞和生发中心B细胞（GCBs）。

肿瘤样本中初始B细胞的含量少于相邻的正常样本，且ST样本中没有初始B细胞。在邻近的正常和肿瘤样本中，B细胞群主要由浆细胞组成。

肿瘤样本中浆细胞的浸润低于邻近正常组织。正常样品中的大部分浆细胞是IgA浆细胞，而IgG浆细胞的比例较小。肿瘤样本则是IgG。

在GSE44076队列中验证了差异。

先前的研究证明趋化因子受体CCR9、CCR10、CXCR3和CXCR4在浆细胞迁移中的关键作用。肿瘤组织IgG浆细胞中CXCR3和CXCR4表达上调，这一发现可能为观察到的肿瘤样本中IgG浆细胞频率较高提供了解释。

5.B细胞在结直肠癌不同区域的发育轨迹

选择幼稚B细胞作为分化轨迹的起始点，幼稚B细胞在外界抗原刺激下分化为记忆B细胞和浆细胞。

B细胞的轨迹被分为三个分支，每个分支对应一个不同的状态，称为S1， S2和S3。在S1和S3阶段观察到不同的发育轨迹。富集结果显示S1对淋巴细胞和单核细胞的增殖、粘附和迁移有调节作用，而LM样品中没有。相比之下，S3（不包括RCC样本）显示出特异性先天免疫功能的富集，包括通过吞噬和补体激活增强的b细胞活化。