“十一五”以来,学校主持国家及省部级纵向课题749项,在国内同类院校中项目数和经费数均名列前茅,其中,2010年获国家“重大新药创制”科技重大专项项目数38项,经费资助2.17亿元,获批项目数、经费数均居全国高校之首;“十一五”以来,共申请专利1165项,获得授权发明专利448项;11个新药获得临床批文,9个新药获取国家新药证书;在核心期刊发表论文5375篇,其中3100篇论文被SCI、EI收录;获国家科技进步二等奖2项、省部级科学技术奖32项;近十年来,学校与1000余家医药企业签订了8457项合作协议,项目总金额超过7.9亿元,2项技术转让单项合同经费突破1亿元。
2000年以来,学校获国家级教学成果一等奖3项、二等奖9项,是全国唯一连续三届蝉联国家级教学成果一等奖的高等医药院校;2014年,学校3项教学成果荣获第七届国家级教学成果二等奖,囊括了本届药学教育类教学成果奖所有奖项;先后与美国、英国、意大利、澳大利亚、日本、比利时、香港等多个国家和地区的27所学校和科研院所签订了校际学术交流协议,同德国、法国、俄罗斯、韩国、瑞士、瑞典、加拿大等40多个国家和地区的院校及科研机构建立了学术上的联系,与香港大学、香港中文大学、香港科技大学、澳门科技大学、台湾大学等一批港澳台地区高水平院校有着紧密合作;目前,学校主办的刊物有《中国药科大学学报》、《中国天然药物》、《药学进展》、《药学教育》、《中国药学年鉴》。