经过长期的发展，在渔业管理较发达国家的推动下，国际渔业管理组织所建立的渔业管理措施已比较完备，越来越多的管理措施运用在区域性国际渔业管理中。同一区域内同种渔业适用相同的管理措施，而不论是在沿海国管辖范围内还是公海，成为目前国际渔业管理最突出的特征，也是未来发展趋势。此外，在依靠船旗国自觉遵守和执法基础上，还发展了执法国际合作措施。
强制性渔业数据统计和报告要求。
按要求向渔业管理组织提供渔业数据是组织成员最基本的强制性义务。数据内容可归纳为在什么海域、什么时间使用什么渔船、渔具捕捞了多少鱼、捕到的鱼有多大、是什么种类等。由于资源和渔业状况的评价、管理措施的议定、措施遵守情况的审查都以这些数据为依据，因此渔业数据的统计和报告非常重要。
所有渔业管理组织都要求成员按统一的标准提交渔业数据，有的还向非成员提出数据报告要求。但由于数据对国际组织的管理和成员自身利益都极具重要性，在实际执行中往往存在一些成员提交的数据不全面、不符合标准等问题。为此，国际渔业组织的数据报告要求都是强制性的，不提交数据将无法获得捕捞配额。为解决数据不真实的问题，有的组织发展了港口采样计划以核实数据。例如，印度洋金枪鱼委员会1998年通过了数据收集的强制要求，但一些成员未能很好履行捕捞数据报告的义务。为此委员会于2000年开始在印度洋主要港口（马来西亚滨城、泰国普吉岛、斯里兰卡科伦坡港和印度尼西亚巴厘岛）实施采样计划，具体了解各方渔船数量、产量及产量组成（包括鱼体长度）情况。有的组织专门设有负责数据审议的机构，例如养护大西洋金枪鱼国际委员会（ICCAT），设有执法委员会、改善统计及养护措施常设工作组，分别对ICCAT成员和非成员的遵守情况进行审议，审议的一个主要内容是提交数据的情况，并以此决定有关成员和非成员是否遵守了ICCAT措施。对具有合作地位的非成员，如果不向ICCAT报告有关数据，将无法再得到合作地位。没有合作地位将无法获得单独的捕捞配额。
捕捞总量控制和配额管理。
对组织公约区域内的渔获量（产出）和投入的渔船（投入）进行总量控制是各国际渔业组织普遍采取的基本管理措施。渔获量控制一般分鱼种进行限制；渔船投入控制常常是对渔船数量或吨位控制，或数量和吨位都有总量限制，还有的组织（如美洲间热带金枪鱼委员会）对渔船舱容量也进行控制。例如，印度洋金枪鱼委员会对在印度洋热带海域作业的金枪鱼延绳钓渔船实行了总吨位控制、南太平洋临时管理措施对2008-2009年捕捞竹荚鱼的大型拖网渔船实行了总吨位控制，养护大西洋金枪鱼委员会对有关国家的金枪鱼延绳钓渔船实行了船数限制。
在总量控制基础上，各区域渔业管理组织还对所管辖的大部分鱼种实行年度渔获量、渔船数量或吨位在不同成员之间进行分配的国别配额管理。不同的成员获得的配额不同，并应在配额范围内从事捕捞生产，没有得到配额则不能进行捕鱼活动。一旦实际产量超过配额，超过部分将在下一年的配额中被扣除。例如，美洲间热带金枪鱼委员会从2002年开始决定冻结金枪鱼围网渔船的捕捞能力，并对各成员分配了围网渔船的货舱容量（按立方米计）；养护大西洋金枪鱼国际委员会对东部和西部蓝鳍金枪鱼、南方和北方长鳍金枪鱼、南方和北方剑鱼等种群实行总允许捕捞量和配额分配制度。
要求船旗国对公海捕捞渔船实行捕捞许可管理。
船旗国要采用许可证、批准书或执照等对公海上的渔船实行许可制度，禁止未经正式许可或批准的渔船在公海捕鱼或不按许可规定的条件在公海捕鱼，并要求渔船遵守国际渔业组织的管理措施，不得擅自进入沿海国管辖水域非法捕鱼。
要求船旗国为渔船建立档案，实行合法渔船名单制度。
船旗国要为每一艘被许可到公海上捕捞生产的渔船建立渔船资料档案，并按要求向作业区域的渔业管理组织报告渔船信息。例如南极海洋生物委员会2006年通过的养护措施规定，船旗国在发放捕捞许可的7天内，要向委员会秘书处报告（渔船信息以及左舷、右舷和船尾的彩照），并要求：渔船在进出任何港口时要及时向船旗国报告；渔船进入公约区、在公约区内进入不同区域、次区/分区时要向船旗国报告；根据委员会的要求报告捕捞数据；尽可能报告在公约区内遇见的渔船情况（包括船名和渔船描述、呼号、船旗、注册号以及照片等）。
从1999年开始，国际渔业管理组织纷纷通过建立“合法渔船名单”的决议。根据这些决议，船旗国应每年提交经正式批准在组织公约区作业的合法渔船名单，不在合法渔船名单上的渔船被认为是非法渔船。
国际渔业管理组织的成员有义务禁止不在合法渔船名单上的渔船在其港口卸货和销售产品。从2003年起，各国际渔业管理组织报告渔船信息的情况大大改善。
捕捞日志和渔船报告。
各区域渔业管理组织一般都强制性要求渔船填写捕捞日志。并要求渔船向船旗国进行动态报告：渔船在进出任何港口时均要及时向船旗国报告。
渔船和渔具标识管理。
要求渔船根据公认的国际标准对渔船和渔具做出标识，以便于渔船、渔具的识别。相关的标准主要是联合国粮农组织《关于渔船标识和识别的标准规格和准则》等。
产品证书制度。
产品证书也叫统计证明，由船旗国政府颁发，上面记载着捕捞海域、时间、种类和数量，以及捕捞渔船的船名、船旗国和船东等内容。产品证书的基本作用是证明获得产品的捕捞生产活动的合法性，作为国际渔业管理组织成员的市场消费国有义务拒绝没有产品证书的产品进口。
1993年养护大西洋金枪鱼委员会（ICCAT）率先对蓝鳍金枪鱼实行产品证书制度，ICCAT成员在进口蓝鳍金枪鱼产品时，该产品必须附带产品证书，否则ICCAT成员有权拒绝其进口。1996年，养护南方蓝鳍金枪鱼委员会（CCSBT）开始对南方蓝鳍金枪鱼实行产品证书。
一个区域渔业管理组织实行产品证书制度实际上意味着来自其他海域的类似产品出口也要附带产品证书。例如，ICCAT对剑鱼实行了产品证书制度。中西部太平洋没有实行该制度，作为ICCAT成员的日本在进口捕自中西部太平洋的剑鱼时，理应不必附带产品证书，但日本有义务要求出口国证明出口到日本的产品不是来自大西洋，因此捕自太平洋的产品也需要由渔船的船旗国出具证书，而且该证书必须由船旗国在ICCAT秘书处备案，以证明证书的有效性。
技术管理措施。
各区域渔业管理组织还实行了各种渔业资源技术管理措施，主要包括：
1.最小捕捞规格限制，以渔获物个体体重或体长最小值为标准进行限制，包括捕捞、船上存留、上岸、转载、销售等环节。例如，养护大西洋金枪鱼国际委员会规定，禁止捕捞、上岸或转载低于6.4千克的蓝鳍金枪鱼，但允许渔船误捕的个数不超过10%的6.4千克以下蓝鳍金枪鱼上岸；在地中海水域，禁止在船上留存、上岸或销售低于4.8千克的蓝鳍金枪鱼；剑鱼最低捕捞规格25千克，低于最低尺寸的鱼体个数不得超过15%，但不得捕捞、上岸和销售低于15千克的剑鱼；黄鳍金枪鱼最低捕捞规格3.2千克，低于最低规格的鱼体个数不得超过15%。
2.禁渔期和禁渔区。例如，养护大西洋金枪鱼国际委员会规定每年6月1日至7月31日，禁止船长24米以上的大型延绳钓渔船在地中海捕捞蓝鳍金枪鱼。为保护蓝鳍金枪鱼幼鱼，每年7月16日至8月15日，禁止围网渔船在地中海作业。东太平洋每年在12月实行1个月的金枪鱼围网休渔措施。
3.禁止使用某些捕鱼辅助设备设施，包括禁止围网渔船使用直升飞机驱赶鱼群、使用集鱼装置捕鱼等。例如，为保护大目金枪鱼幼鱼，每年11月1日到次年1月31日在几内亚湾禁止围网渔船使用集鱼装置捕鱼。
混捕、误捕、兼捕物种的管理。
国际渔业管理组织非常重视鲨鱼、海鸟和海龟等物种的保护，并为此实行了多种保护措施。例如，为保护鲨鱼，禁止割取鲨鱼翅后抛弃鲨鱼鱼体的行为，要求渔船到达第一个卸货港时，船上留存鲨鱼翅的重量不得超过鲨鱼体重量的5%。在海鸟养护措施方面，规定在特定区域的（一般为南纬20度以南和北纬20度以北海域）延绳钓作业应安装驱鸟绳等减少误捕海鸟的装置；南极海域要求每艘渔船必须安装保护海鸟装置，若是一艘船一个白天误捕3只海鸟，则被要求转为夜晚放钩。在海龟养护措施方面，要求各国采取有效措施鼓励渔船使用避免误捕海龟的捕捞渔具和方法。此外，对于兼捕的非目标种，一般规定了兼捕的配额。例如，ICCAT对捕捞大目金枪鱼的渔船实行兼捕白枪鱼和蓝枪鱼的配额。
渔船船位监控。
各区域渔业管理组织已全面要求所有在公海作业的大型渔船都必须安装船位报告系统（VMS），但具体要求有所不同，例如，在南极作业的延绳钓船必须向南极海洋生物资源养护委员会秘书处直接报告船位，捕捞磷虾的渔船向船旗国报告；中西部太平洋渔业委员会要求渔船同时向船旗国和秘书处报告船位；ICCAT从2008年4月起要求捕捞蓝鳍金枪鱼的渔船向船旗国报告船位后，由船旗国在短时间内将船位报告ICCAT秘书处。
我国农业部已要求我国在公海捕捞金枪鱼的渔船从2006年10月1日开始，强制性安装渔船船位报告系统。
观察员制度。
派驻渔船的观察员包括国际观察员、国家观察员和区域观察员。观察员的主要职责是获取科学数据并监督渔船遵守有关养护和管理措施的情况。国际观察员一般为非船旗国国民的观察员；区域观察员由区域渔业管理组织派遣。
执行最多的是国家观察员制度，覆盖率的最低要求一般是5%，也有更高的比例。例如欧盟对围网船、澳大利亚对深海底拖船的观察员覆盖率为100%；美国对金枪鱼钓船的观察员覆盖率为20%。在南极作业的延绳钓船则要求100%的国家观察员和国际观察员，即一艘渔船上必须派驻国家和国际观察员各1名。
区域观察员主要是监督公海上的渔获转运。区域渔业管理组织从2007年开始实施这类观察员计划，要求在运输船上派驻观察员，费用由在公海上进行转运的国家或地区承担，没有区域观察员的运输船不得进入组织成员的港口卸货。
公海登临检查。
按照国际法原则，对公海渔船的登临检查只能由船旗国实施。但根据规定，在某一国际渔业管理组织公约区域内，被授权的组织成员的执法船可以按照规定的程序，登临检查任何缔约国的渔船。目前在南极海洋生物资源养护委员会、中西部太平洋渔业管理委员会以及北太平洋溯河性鱼类委员会的组织公约区，已经实施了上述公海登临检查机制，这将成为公海渔业海上监督的一种趋势。
贸易措施。
为打击非法捕鱼，除了产品证书制度外，有关区域渔业管理组织还对一些国家采取了贸易制裁措施。贸易措施制裁的对象主要是非成员国，有时也包括成员国。
保护环境要求。
一些国际渔业管理组织对渔船的环境保护提出要求。例如，南极海洋生物资源委员会2006年通过了一系列环境保护管理措施，包括：
1.禁止在船上使用捆绑饵料箱的塑料包装带；没有焚化炉（封闭系统）的渔船上禁止为其他目的使用其他类型塑料包装带；从包装盒拿下的包装带应被剪碎，并尽早在船上焚化炉焚烧。应在到达港口前在船上存储塑料废物，不得排放到海中。
2.在南纬60度以南海域作业的渔船不得将油或燃料或油的残余物排放到海中；不得将垃圾倾倒海中；不得将不能通过25毫米过滤筛的剩余食物排入海中；不得将家禽肉或其他部分（包括蛋壳）倾倒海中；不得在离岸或冰架12海里内排污，或航速低于4节时排污；不得将动物的下脚料或焚化灰倾倒海中。
3.不得将活家禽或其他活体鸟类带入南纬60度以南海域。不得将不用于消费的加工过的家禽带入该海域。
渔业安全要求。
国际渔业管理组织要求成员要采取措施为船员提供必要安全培训，并为保证组织公约区作业的渔船上人员配备必要的安全设备和衣物等生活设施。
