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生信技能树
历年的几千个马拉松授课学员里面募集了一些优秀的创作者，某种意义来说是传承了我们生信技能树的知识整理和分享的思想！
今天的是三周合计15天的数据挖掘授课学员一点一滴整理的授课知识点笔记哦，还有互动练习题哈，欢迎大家点击文末的阅读原文去关注我们学员的公众号哦！
ggplot2的使用
1、语法
在ggplot2中我们只需要输入自己的数据（data），确定自己想要做什么样的图（geom_function），设置好对应的坐标（mappings）就可以做出一个基本的图了。
library(ggplot2)ggplot(data = iris) + geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Species))
要进一步美化图就需要认识ggplot2的其他参数。
2、属性设置（颜色、大小、透明度、点的形状、线型等）
手动设置属性：
ggplot(data = iris) + geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width), color = 'blue', size = 8, alpha = 0.8, shape = 23, fill = 'red')
在实际数据中，通常有多组数据，为了将它们区分出来，我们需要对不同组别的数据分别进行设置，这时候就需要用到一个叫mapping的参数。
mapping映射：
按照数据框中的某一列来定义图的某个属性。极大地方便我们对数据的美化和分组。
例如我们以物种为分组信息来设置图的颜色。
ggplot(data = iris) + geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length, color = Species))
除此之外，我们也可以根据自己的喜好来修改映射的具体颜色。
ggplot(data = iris) + geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length, color = Species), shape = 18, size = 8) + scale_color_manual(values = c('blue', 'red', 'green'))
3、几何对象（图层）
几何对象（图层）叠加
局部设置：
只对当前的图层有效
ggplot(data = iris) + geom_smooth(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length)) + geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length))
全局设置：
对所有的图层都有效
ggplot(data = iris, mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length)) + geom_smooth() + geom_point()
4、ggplot位置参数
ggplot(data = iris, mapping = aes(x = Species, y = Sepal.Width, fill = Species)) + geom_boxplot() + geom_point()
图中的点和数据中的不符，在数据中有150个数据，所以在图中应该有150个点。但是在图中的点远没有那么多。因为有很多点都重叠了，才会显示几个点，在数据图里面这种情况是不允许的。这时候就需要添加位置参数position，或者使用函数jitter()。
ggplot(data = iris, mapping = aes(x = Species, y = Sepal.Width, color = Species))+ geom_boxplot()+ geom_point(position = 'jitter')
ggplot(data = iris, mapping = aes(x = Species, y = Sepal.Width, color = Species))+ geom_boxplot()+ geom_jitter()
5、坐标系
coord_flip() 坐标翻转。
ggplot(data = iris, mapping = aes(x = Species, y = Sepal.Width, color = Species))+ geom_boxplot() + geom_jitter() + coord_flip()
6、主题
theme_bw() ：改主题，去掉灰色格子。除此之外，还有其他的主题，可先将theme_输入后按Tab显示可用的主题。
ggplot(data = iris, mapping = aes(x = Species, y = Sepal.Width, color = Species))+ geom_boxplot() + geom_jitter() + coord_flip() + theme_replace()
ggpubr
ggpubr是基于
ggplot2
的可视化包，
用于绘制符合出版物要求的图形。
library(ggpubr)p = ggboxplot(iris, x = 'Species', y = 'Sepal.Length', color = 'Species', shape = 'Species', add = 'jitter');p
ggpubr还有一个非常方便的功能，实现组间的显著性比较。
p = ggboxplot(iris, x = 'Species', y = 'Sepal.Length', color = 'Species', shape = 'Species', add = 'jitter')group 'setosa', 'versicolor'), c('setosa', 'virginica'), c('versicolor', 'virginica'))p + stat_compare_means(comparisons = group, aes(label = after_stat(p.signif)))
