生信随笔——空转笔记总结

总结一下目前我在生信菜鸟团和生信随笔记录了一些空转的笔记，方便我自己以及读者查阅。未来会补充一些空间聚类和空间生态位相关的笔记。

截至2024年底，我在生信菜鸟团和生信随笔更新的空转笔记包括：

Seurat空转基本流程：

• Seurat空间转录组分析（一）数据读入
• Seurat空间转录组分析（二）标准分析流程
• 全网首发 | Visium HD空转数据开箱测试
• 跟着Seurat官网学Visium HD空转分析（一）标准分析流程
• 跟着Seurat官网学Visium HD空转分析（二）空间组织域识别和反卷积
• 跟着Seurat官网学Xenium空转分析
  
  

关于空转分析和可视化的R包semla：

• 空转可视化R包semla（一）入门介绍
• 空转可视化R包semla（二）基础可视化篇
• 空转可视化R包semla（三）分类标签的可视化
• 空转可视化R包semla（四）空转数据解卷积
• 空转可视化R包semla（五）交互式界面
• 空转可视化R包semla（六）计算径向距离

整合单细胞和空转数据：

• 整合单细胞和空转数据多种方法之CellTrek
• 整合单细胞和空转数据多种方法之Cell2location
• Cell2location环境部署详解（2024年9月）
• 整合单细胞和空转数据多种方法之RCTD
• 整合单细胞和空转数据多种方法之R包semla