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已开放!!!黑色素瘤组织和细胞核全景分割挑战赛 (PUMA challenge)

我爱计算机视觉  · 公众号  ·  · 2024-10-16 11:12

正文




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  • 主页 :https://pumachallenge.com/index.html#/
  • Grand Challenge 平台:https://puma.grand-challenge.org/

目标


赛道 1 – 具有三个实例类别的全景分割

  • 任务 1:肿瘤、间质、上皮、血管和坏死区域的组织语义分割。
  • 任务 2:三类细胞核检测;肿瘤细胞核,TILs(淋巴细胞和浆细胞),以及其他细胞(组织细胞、黑色素细胞、嗜中性粒细胞、间质细胞、上皮细胞、内皮细胞和凋亡细胞)。

赛道 2 – 具有十个实例类别的全景分割

  • 任务 1:肿瘤、间质、上皮、血管和坏死区域的组织语义分割。
  • 任务 2:所有类别的细胞核检测;肿瘤细胞核、淋巴细胞、浆细胞、组织细胞、黑色素细胞、嗜中性粒细胞、间质细胞、上皮细胞、内皮细胞和凋亡细胞。

数据集


该数据集包括 155 个原发性和 155 个转移性黑色素瘤的 H&E 染色 ROI(感兴趣区域),这些 ROI 是手动选择的,并以 40 倍放大倍率(0.22 µm/像素)进行扫描,分辨率为 1024 × 1024 像素。

对于这些 ROI,提供了组织和细胞核的标注,并提供了以 ROI 为中心的 5120 × 5120 像素的上下文 ROI。这些标注由医学专家创建,并由皮肤病理学家检查和校正。

训练数据集

总共有 103 个原发性黑色素瘤 ROI 和 103 个转移性黑色素瘤 ROI 已经公开发布。该公开数据集中包含 97,429 个细胞核,分布在 103 个原发性黑色素瘤 ROI 和 103 个转移性黑色素瘤 ROI 中。

初步测试集(10 个样本)

在挑战过程中,将提供 5 个原发性和 5 个转移性黑色素瘤 ROI 的初步测试集,用于模型验证。这些 ROI 含有 4,860 个细胞核,并用于比赛初期对模型进行测试。

最终测试集(94 个样本)

剩余的 47 个原发性和 47 个转移性黑色素瘤 ROI 作为独立的最终测试集,保留在 PUMA 挑战中使用。该数据集包含 45,406 个细胞核,并将仅用于最终评估阶段

数据集中细胞核的分布

数据集中组织类别区域的分布


时间线


日期 阶段
2024年10月10日 挑战赛开始,训练数据开放
2025年1月15日 验证排行榜开放
2025年1月25日 测试阶段排行榜开放
2025年3月1日 测试阶段结束并宣布获胜者
2025年4月15日 发布挑战总结和获胜方案






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