专栏名称: 生信宝典
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Python学习教程（五）

生信宝典  · 公众号  · 生物  · 2017-06-26 06:58

正文

作业（二）

  1. 将 “作业（一）” 中的程序块用函数的方式重写，并调用执行

  • def func(para1,para2,…):

  • func(para1,para2,…)

  • 用到的知识点

  • 备注：

    • 每个提到提到的“用到的知识点”为相对于前面的题目新增的知识点，请综合考虑。此外，对于不同的思路并不是所有提到的知识点都会用着，而且也可能会用到未提到的知识点。但是所有知识点都在前面的讲义部分有介绍。

    • 每个程序对于你身边会写的人来说都很简单，因此你一定要克制住，独立去把答案做出，多看错误提示，多比对程序输出结果和预期结果的差异。

    • 学习锻炼“读程序”，即对着文件模拟整个的读入、处理过程来发现可能的逻辑问题。

    • 程序运行没有错误不代表你写的程序完成了你的需求，你要去插眼输出结果是不是你想要的。

  • 关于程序调试

    • 在初写程序时，可能会出现各种各样的错误，常见的有缩进不一致，变量名字拼写错误，丢失冒号，文件名未加引号等，这时要根据错误提示查看错误类型是什么，出错的是哪一行来定位错误。当然，有的时候报错的行自身不一定有错，可能是其前面或后面的行出现了错误。

    • 当结果不符合预期时，要学会使用print来查看每步的操作是否正确，比如我读入了字典，我就打印下字典，看看读入的是不是我想要的，是否含有不该存在的字符；或者在每个判断句、函数调入的情况下打印个字符，来跟踪程序的运行轨迹。 

    %%writefile script/cat.py
    #作业1和2, cat.py
    #包含了三中处理换行符的写法

    def cat(file):
        for line in open(file):
            print line,
    #------END of cat---------
    cat("data/test1.fa")
    cat("data/test2.fa")
    cat("data/test1.fq")
    Overwriting script/cat.py
    %run script/cat
    >NM_001011874 gene=Xkr4 CDS=151-2091
gcggcggcgggcgagcgggcgctggagtaggagctggggagcggcgcggccggggaaggaagccagggcg
>NM_001195662 gene=Rp1 CDS=55-909
AGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACACCTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGGTCA
>NM_011283 gene=Rp1 CDS=128-6412
AATAAATCCAAAGACATTTGTTTACGTGAAACAAGCAGGTTGCATATCCAGTGACGTTTATACAGACCAC
>NM_0112835 gene=Rp15 CDS=128-6412
AATAAATCCAAAGACATTTGTTTACGTGAAACAAGCAGGTTGCATATCCAGTGACGTTTATACAGACCAC
>NM_001011874 gene=Xkr4 CDS=151-2091
gcggcggcgggcgagcgggcgctggagtaggagctggggagcggcgcggccggggaaggaagccagggcg
aggcgaggaggtggcgggaggaggagacagcagggacaggTGTCAGATAAAGGAGTGCTCTCCTCCGCTG
CCGAGGCATCATGGCCGCTAAGTCAGACGGGAGGCTGAAGATGAAGAAGAGCAGCGACGTGGCGTTCACC
CCGCTGCAGAACTCGGACAATTCGGGCTCTGTGCAAGGACTGGCTCCAGGCTTGCCGTCGGGGTCCGGAG
>NM_001195662 gene=Rp1 CDS=55-909
AAGCTCAGCCTTTGCTCAGATTCTCCTCTTGATGAAACAAAGGGATTTCTGCACATGCTTGAGAAATTGC
AGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACACCTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGGTCA
AGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATATCACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAGTTTCTATAAGAGT
GGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGGGTGGTGGTCAACCCTCGTTCCTTTAAGACTTTTGACGCTCTGC
TGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCCTGCCCTTTGGGGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACA
CAGCATCACCAGGCTGGAGGAGCTAGAGGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTG
>NM_011283 gene=Rp1 CDS=128-6412
AATAAATCCAAAGACATTTGTTTACGTGAAACAAGCAGGTTGCATATCCAGTGACGTTTATACAGACCAC
ACAAACTATTTACTCTTTTCTTCGTAAGGAAAGGTTCAACTTCTGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACAC
CTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGGTCAAGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATAT
CACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAGTTTCTATAAGAGTGGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGG
GTGGTGGTCAACCCTCGTTCCTTTAAGACTTTTGACGCTCTGCTGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCC
TGCCCTTTGGGGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACACAGCATCACCAGGCTGGAGGAGCTAGA
GGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTGCCAGTTGACCTGGACAAGGCCCGCAGG
CGCCCTCGGCCCTGGCTGAGTAGTCGCTCCATAAGCACGCATGTGCAGCTCTGTCCTGCAACTGCCAATA
TGTCCACCATGGCACCTGGCATGCTCCGTGCCCCAAGGAGGCTCGTGGTCTTCCGGAATGGTGACCCGAA
>NM_0112835 gene=Rp1 CDS=128-6412
AATAAATCCAAAGACATTTGTTTACGTGAAACAAGCAGGTTGCATATCCAGTGACGTTTATACAGACCAC
ACAAACTATTTACTCTTTTCTTCGTAAGGAAAGGTTCAACTTCTGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACAC
CTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGGTCAAGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATAT
CACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAGTTTCTATAAGAGTGGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGG
GTGGTGGTCAACCCTCGTTCCTTTAAGACTTTTGACGCTCTGCTGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCC
TGCCCTTTGGGGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACACAGCATCACCAGGCTGGAGGAGCTAGA
GGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTGCCAGTTGACCTGGACAAGGCCCGCAGG
CGCCCTCGGCCCTGGCTGAGTAGTCGCTCCATAAGCACGCATGTGCAGCTCTGTCCTGCAACTGCCAATA
TGTCCACCATGGCACCTGGCATGCTCCGTGCCCCAAGGAGGCTCGTGGTCTTCCGGAATGGTGACCCGAA
@HWI-ST1223:80:D1FMTACXX:2:1101:1243:2213 1:N:0:AGTCAA
TCTGTGTAGCCNTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCATGCACCACCACNNNCGGCTCATTTGTCTTTNNTTTTTGTTTTGTTCTGTA
+
BCCFFFFFFHH#4AFHIJJJJJJJJJJJJJJJJJIJIJJJJJGHIJJJJJJJJJJJJJIIJ###--5ABECFFDDEEEEE##,5=@B8?CDDC:@>
@HWI-ST1223:80:D1FMTACXX:2:1101:1375:2060 1:N:0:AGTCAA
NTGCTGAGCCACGACAAGGATCCCAGAGGGCCNAGCCCTGCATCTTGTATGGACCAGTTACNCATCAAAAGAGACTACTGTAGGCACCATCAATCAGATC
+
#1:DDDD;?CFFHDFEEIGIIIIIIG;DHFGG#)0?BFBDHBFF3;=;;C>ACCC@CCCCCBBBCCAACCCCCCC
@HWI-ST1223:80:D1FMTACXX:2:1101:1383:2091 1:N:0:AGTCAA
NGTTCGTGTGGAACCTGGCGCTAAACCATTCGTAGACGACCTGCTTCTGGGTCGGGGTTTCGTACGTAGCAGAGCAGCTCCCTCGCTGCGATCTATTGAA
+
#1=DDFDFHHHHHJGJJJJJJJJJJJJJJJIJIGDHIHIGIJJJJJJJIIIGHHFDD3>BDDBDDDDDDDDDDBDCCBDDDDDDDDDDDBBDDDDEEACD
@HWI-ST1223:80:D1FMTACXX:2:1101:1452:2138 1:N:0:AGTCAA
NTCTAGGAGGTCTAGAAAGCCCAGGCCACCGGTACAAACATCAAGGGTGTTACGGATGTGCCGCTCTGAACCTCCAGGACGACTTTGATTTCAACTACAA
+
#4=DFFEFHHHHHJJJJJIJJJJHIIJGJJJJ@GIIJJJJJJIJJJJFGHIIIJJHHHDFFFFDDDDDDDDDDDDCDDDDDDDDDDDCCCEDEDDDDDDD
    %%writefile script/splitName.py
    #作业3
    filename = "data/test2.fa"
    def splitName(filename):
        for line in open(filename):
            if line[0] == '>':
                lineL = line.split(' ')
                print lineL[0]
            else:
                print line,
    #------END splitName---------------
    splitName(filename)
    Overwriting script/splitName.py
    %run script/splitName
    >NM_001011874
gcggcggcgggcgagcgggcgctggagtaggagctggggagcggcgcggccggggaaggaagccagggcg
aggcgaggaggtggcgggaggaggagacagcagggacaggTGTCAGATAAAGGAGTGCTCTCCTCCGCTG
CCGAGGCATCATGGCCGCTAAGTCAGACGGGAGGCTGAAGATGAAGAAGAGCAGCGACGTGGCGTTCACC
CCGCTGCAGAACTCGGACAATTCGGGCTCTGTGCAAGGACTGGCTCCAGGCTTGCCGTCGGGGTCCGGAG
>NM_001195662
AAGCTCAGCCTTTGCTCAGATTCTCCTCTTGATGAAACAAAGGGATTTCTGCACATGCTTGAGAAATTGC
AGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACACCTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGGTCA
AGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATATCACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAGTTTCTATAAGAGT
GGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGGGTGGTGGTCAACCCTCGTTCCTTTAAGACTTTTGACGCTCTGC
TGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCCTGCCCTTTGGGGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACA
CAGCATCACCAGGCTGGAGGAGCTAGAGGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTG
>NM_011283
AATAAATCCAAAGACATTTGTTTACGTGAAACAAGCAGGTTGCATATCCAGTGACGTTTATACAGACCAC
ACAAACTATTTACTCTTTTCTTCGTAAGGAAAGGTTCAACTTCTGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACAC
CTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGGTCAAGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATAT
CACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAGTTTCTATAAGAGTGGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGG
GTGGTGGTCAACCCTCGTTCCTTTAAGACTTTTGACGCTCTGCTGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCC
TGCCCTTTGGGGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACACAGCATCACCAGGCTGGAGGAGCTAGA
GGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTGCCAGTTGACCTGGACAAGGCCCGCAGG
CGCCCTCGGCCCTGGCTGAGTAGTCGCTCCATAAGCACGCATGTGCAGCTCTGTCCTGCAACTGCCAATA
TGTCCACCATGGCACCTGGCATGCTCCGTGCCCCAAGGAGGCTCGTGGTCTTCCGGAATGGTGACCCGAA
>NM_0112835
AATAAATCCAAAGACATTTGTTTACGTGAAACAAGCAGGTTGCATATCCAGTGACGTTTATACAGACCAC
ACAAACTATTTACTCTTTTCTTCGTAAGGAAAGGTTCAACTTCTGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACAC
CTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGGTCAAGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATAT
CACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAGTTTCTATAAGAGTGGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGG
GTGGTGGTCAACCCTCGTTCCTTTAAGACTTTTGACGCTCTGCTGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCC
TGCCCTTTGGGGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACACAGCATCACCAGGCTGGAGGAGCTAGA
GGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTGCCAGTTGACCTGGACAAGGCCCGCAGG
CGCCCTCGGCCCTGGCTGAGTAGTCGCTCCATAAGCACGCATGTGCAGCTCTGTCCTGCAACTGCCAATA
TGTCCACCATGGCACCTGGCATGCTCCGTGCCCCAAGGAGGCTCGTGGTCTTCCGGAATGGTGACCCGAA
    %%writefile script/formatFasta.py
    #作业4
    filename = "data/test2.fa"

    def formatFasta(filename):
        aList = []
        for line in open(filename):
            if line[0] == '>':
                lineL = line.split(' ')
                if aList:
                    print ''.join(aList)
                    aList = []
                name = lineL[0]
                print name
            else:
                aList.append(line.strip())
    #不要忘了最后一个序列
        print ''.join(aList)
    #-----End formatFasta----------------
    formatFasta(filename)
    Overwriting script/formatFasta.py
    %run script/formatFasta
    >NM_001011874
gcggcggcgggcgagcgggcgctggagtaggagctggggagcggcgcggccggggaaggaagccagggcgaggcgaggaggtggcgggaggaggagacagcagggacaggTGTCAGATAAAGGAGTGCTCTCCTCCGCTGCCGAGGCATCATGGCCGCTAAGTCAGACGGGAGGCTGAAGATGAAGAAGAGCAGCGACGTGGCGTTCACCCCGCTGCAGAACTCGGACAATTCGGGCTCTGTGCAAGGACTGGCTCCAGGCTTGCCGTCGGGGTCCGGAG
>NM_001195662
AAGCTCAGCCTTTGCTCAGATTCTCCTCTTGATGAAACAAAGGGATTTCTGCACATGCTTGAGAAATTGCAGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACACCTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGGTCAAGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATATCACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAGTTTCTATAAGAGTGGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGGGTGGTGGTCAACCCTCGTTCCTTTAAGACTTTTGACGCTCTGCTGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCCTGCCCTTTGGGGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACACAGCATCACCAGGCTGGAGGAGCTAGAGGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTG
>NM_011283
AATAAATCCAAAGACATTTGTTTACGTGAAACAAGCAGGTTGCATATCCAGTGACGTTTATACAGACCACACAAACTATTTACTCTTTTCTTCGTAAGGAAAGGTTCAACTTCTGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACACCTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGGTCAAGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATATCACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAGTTTCTATAAGAGTGGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGGGTGGTGGTCAACCCTCGTTCCTTTAAGACTTTTGACGCTCTGCTGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCCTGCCCTTTGGGGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACACAGCATCACCAGGCTGGAGGAGCTAGAGGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTGCCAGTTGACCTGGACAAGGCCCGCAGGCGCCCTCGGCCCTGGCTGAGTAGTCGCTCCATAAGCACGCATGTGCAGCTCTGTCCTGCAACTGCCAATATGTCCACCATGGCACCTGGCATGCTCCGTGCCCCAAGGAGGCTCGTGGTCTTCCGGAATGGTGACCCGAA
>NM_0112835
AATAAATCCAAAGACATTTGTTTACGTGAAACAAGCAGGTTGCATATCCAGTGACGTTTATACAGACCACACAAACTATTTACTCTTTTCTTCGTAAGGAAAGGTTCAACTTCTGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACACCTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGGTCAAGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATATCACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAGTTTCTATAAGAGTGGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGGGTGGTGGTCAACCCTCGTTCCTTTAAGACTTTTGACGCTCTGCTGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCCTGCCCTTTGGGGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACACAGCATCACCAGGCTGGAGGAGCTAGAGGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTGCCAGTTGACCTGGACAAGGCCCGCAGGCGCCCTCGGCCCTGGCTGAGTAGTCGCTCCATAAGCACGCATGTGCAGCTCTGTCCTGCAACTGCCAATATGTCCACCATGGCACCTGGCATGCTCCGTGCCCCAAGGAGGCTCGTGGTCTTCCGGAATGGTGACCCGAA
    %%writefile script/formatFasta-2.py
    #作业5 
    filename = "data/test2.fa"
    length = 80
    def formatSeq(aList):
        seq = ''.join(aList)
        len_seq = len(seq)
        for i in range(0,len_seq,length):
            print seq[i:i+length] 
    #----END formatSeq-------------------

    def formatFasta(filename,length):
        aList = []
        for line in open(filename):
            if line[0] == '>':
                lineL = line.split(' ')
                if aList:
                    formatSeq(aList)
                    aList = []
                name = lineL[0]
                print name
            else:
                aList.append(line.strip())
        #不要忘了最后一个序列
        formatSeq(aList)
    #------------END of formatFasta------------
    formatFasta(filename,length)
    Overwriting script/formatFasta-2.py
    %run script/formatFasta-2
    >NM_001011874
gcggcggcgggcgagcgggcgctggagtaggagctggggagcggcgcggccggggaaggaagccagggcgaggcgaggag
gtggcgggaggaggagacagcagggacaggTGTCAGATAAAGGAGTGCTCTCCTCCGCTGCCGAGGCATCATGGCCGCTA
AGTCAGACGGGAGGCTGAAGATGAAGAAGAGCAGCGACGTGGCGTTCACCCCGCTGCAGAACTCGGACAATTCGGGCTCT
GTGCAAGGACTGGCTCCAGGCTTGCCGTCGGGGTCCGGAG
>NM_001195662
AAGCTCAGCCTTTGCTCAGATTCTCCTCTTGATGAAACAAAGGGATTTCTGCACATGCTTGAGAAATTGCAGGTCTCACC
CAAAATGAGTGACACACCTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGGTCAAGTTCCTTCCCCTCGCCATT
CAAATATCACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAGTTTCTATAAGAGTGGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGGGTG
GTGGTCAACCCTCGTTCCTTTAAGACTTTTGACGCTCTGCTGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCCTGCCCTTTGGGGT
AAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACACAGCATCACCAGGCTGGAGGAGCTAGAGGACGGCAAGTCTTATGTGTGCT
CCCACAATAAGAAGGTGCTG
>NM_011283
AATAAATCCAAAGACATTTGTTTACGTGAAACAAGCAGGTTGCATATCCAGTGACGTTTATACAGACCACACAAACTATT
TACTCTTTTCTTCGTAAGGAAAGGTTCAACTTCTGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACACCTTCTACTAGTTTCTCCATG
ATTCATCTGACTTCTGAAGGTCAAGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATATCACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAG
TTTCTATAAGAGTGGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGGGTGGTGGTCAACCCTCGTTCCTTTAAGACTTTTGACGCTC
TGCTGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCCTGCCCTTTGGGGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACACAGCATC
ACCAGGCTGGAGGAGCTAGAGGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTGCCAGTTGACCTGGACAA
GGCCCGCAGGCGCCCTCGGCCCTGGCTGAGTAGTCGCTCCATAAGCACGCATGTGCAGCTCTGTCCTGCAACTGCCAATA
TGTCCACCATGGCACCTGGCATGCTCCGTGCCCCAAGGAGGCTCGTGGTCTTCCGGAATGGTGACCCGAA
>NM_0112835
AATAAATCCAAAGACATTTGTTTACGTGAAACAAGCAGGTTGCATATCCAGTGACGTTTATACAGACCACACAAACTATT
TACTCTTTTCTTCGTAAGGAAAGGTTCAACTTCTGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACACCTTCTACTAGTTTCTCCATG
ATTCATCTGACTTCTGAAGGTCAAGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATATCACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAG
TTTCTATAAGAGTGGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGGGTGGTGGTCAACCCTCGTTCCTTTAAGACTTTTGACGCTC
TGCTGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCCTGCCCTTTGGGGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACACAGCATC
ACCAGGCTGGAGGAGCTAGAGGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTGCCAGTTGACCTGGACAA
GGCCCGCAGGCGCCCTCGGCCCTGGCTGAGTAGTCGCTCCATAAGCACGCATGTGCAGCTCTGTCCTGCAACTGCCAATA
TGTCCACCATGGCACCTGGCATGCTCCGTGCCCCAAGGAGGCTCGTGGTCTTCCGGAATGGTGACCCGAA
    %%writefile script/sortFasta.py
    #作业6

    filename = "data/test2.fa"

    def readFasta(filename):
        aDict = {}
        for line in open(filename):
            if line[0] == '>':
                key = line.split()[0]
                aDict[key] = [] #字典的值是一个列表, = 左边的字符串可以认为是右边列表的名字
            else:
                aDict[key].append(line.strip()) 
        return aDict
    #-----END readFasta-------------------
    def sortFasta(aDict):
        keyL = aDict.keys()
        keyL.sort()

        for key in keyL:
            print "%s\n%s" % (key, ''.join(aDict[key]))
    #--------END sortFasta--------------------
    aDict = readFasta(filename)
    sortFasta(aDict)
    Overwriting sortFasta.py
    %run script/sortFasta
    >NM_001011874
gcggcggcgggcgagcgggcgctggagtaggagctggggagcggcgcggccggggaaggaagccagggcgaggcgaggaggtggcgggaggaggagacagcagggacaggTGTCAGATAAAGGAGTGCTCTCCTCCGCTGCCGAGGCATCATGGCCGCTAAGTCAGACGGGAGGCTGAAGATGAAGAAGAGCAGCGACGTGGCGTTCACCCCGCTGCAGAACTCGGACAATTCGGGCTCTGTGCAAGGACTGGCTCCAGGCTTGCCGTCGGGGTCCGGAG
>NM_001195662
AAGCTCAGCCTTTGCTCAGATTCTCCTCTTGATGAAACAAAGGGATTTCTGCACATGCTTGAGAAATTGCAGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACACCTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGGTCAAGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATATCACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAGTTTCTATAAGAGTGGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGGGTGGTGGTCAACCCTCGTTCCTTTAAGACTTTTGACGCTCTGCTGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCCTGCCCTTTGGGGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACACAGCATCACCAGGCTGGAGGAGCTAGAGGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTG
>NM_011283
AATAAATCCAAAGACATTTGTTTACGTGAAACAAGCAGGTTGCATATCCAGTGACGTTTATACAGACCACACAAACTATTTACTCTTTTCTTCGTAAGGAAAGGTTCAACTTCTGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACACCTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGGTCAAGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATATCACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAGTTTCTATAAGAGTGGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGGGTGGTGGTCAACCCTCGTTCCTTTAAGACTTTTGACGCTCTGCTGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCCTGCCCTTTGGGGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACACAGCATCACCAGGCTGGAGGAGCTAGAGGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTGCCAGTTGACCTGGACAAGGCCCGCAGGCGCCCTCGGCCCTGGCTGAGTAGTCGCTCCATAAGCACGCATGTGCAGCTCTGTCCTGCAACTGCCAATATGTCCACCATGGCACCTGGCATGCTCCGTGCCCCAAGGAGGCTCGTGGTCTTCCGGAATGGTGACCCGAA
>NM_0112835
AATAAATCCAAAGACATTTGTTTACGTGAAACAAGCAGGTTGCATATCCAGTGACGTTTATACAGACCACACAAACTATTTACTCTTTTCTTCGTAAGGAAAGGTTCAACTTCTGGTCTCACCCAAAATGAGTGACACACCTTCTACTAGTTTCTCCATGATTCATCTGACTTCTGAAGGTCAAGTTCCTTCCCCTCGCCATTCAAATATCACTCATCCTGTAGTGGCTAAACGCATCAGTTTCTATAAGAGTGGAGACCCACAGTTTGGCGGCGTTCGGGTGGTGGTCAACCCTCGTTCCTTTAAGACTTTTGACGCTCTGCTGGACAGTTTATCCAGGAAGGTACCCCTGCCCTTTGGGGTAAGGAACATCAGCACGCCCCGTGGACGACACAGCATCACCAGGCTGGAGGAGCTAGAGGACGGCAAGTCTTATGTGTGCTCCCACAATAAGAAGGTGCTGCCAGTTGACCTGGACAAGGCCCGCAGGCGCCCTCGGCCCTGGCTGAGTAGTCGCTCCATAAGCACGCATGTGCAGCTCTGTCCTGCAACTGCCAATATGTCCACCATGGCACCTGGCATGCTCCGTGCCCCAAGGAGGCTCGTGGTCTTCCGGAATGGTGACCCGAA
    %%writefile script/grepFasta.py
    #作业7.1

    seqFile = "data/test2.fa"
    nameFile = "data/fasta.name"

    def readFasta






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