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像这样一篇3分多的SCI文章,细读的话,也能看出不少东西呢……

实验万事屋  · 公众号  · 科研  · 2021-05-19 21:31

正文

我们接着用列文虎克来看这篇3.多少来着……呃,不重要了哈……反正就是这么一篇文献:


昨天讲完了GEPIA部分,也就知道他们是如何来从In Slico的角度来找到这个LncRNA的:



其实如果对于这个LncRNA发现的合理一点的解释的话,就是用GEPIA分析甲状腺癌的差异基因的话,能找出ABCC6P2这个差异表达基因:



然后再通过表达模式,可以分析出ABCC6P1也是差异表达的……或者说白了,可能就都是拍脑袋的……嗯……


接着其实他们做的是一个基础表达,在细胞系中的这个LncRNA的基础表达:



为什么做这个呢,是为了下面研究做铺垫,因为必须要研究一个甲状腺的疾病模型,这里不能用活人甲状腺,所以只能整细胞系了,而永生化的细胞系,每个细胞株的基因表达模式可能都是不一样的。需要敲减这个LncRNA的话,就得先找一个该LncRNA高表达的细胞株。就像是把高个子锯一半你才能看出效果来,矮个子锯了一半,就还是个矮个子,看不出啥差异。


选择完细胞系,他们就开始使用这个高表达的细胞系来敲减进行表型实验了(也可以用低表达的细胞系进行过表达,来看表型)。首先是增殖相关的实验:



他们用了两个实验来说明这个增殖问题,首先是CCK8的增殖曲线,CCK8其实就是Cell Counting Kit 8的缩写,不是啥化合物哈,就是贵。普通点的家庭可以用MTT,其实这都是甲䐶(formazan,“䐶”读jin)染料,用来染活细胞的线粒体的(记住这个就行了,这个染色结果就和活细胞的数量成正比),只是CCK8染色后色原是溶于水的,MTT的话,染色后,色原是结晶:



MTT染完需要去除液体培养基,然后溶解,才能去酶标仪检测。(当然,你也可以选择用酸化异丙醇来溶解色原,这个不用把培养基都倒出来)CCK吧,由于是产生水溶性的色原,所以可以直接检测。


另一个实验室克隆形成,说实话这实验是有点老了,就是稀释了细胞后,看单个细胞能否形成克隆的实验:



但现在有好多就不做这种了,都会做低温琼脂中的单个细胞的微小球形成:



你可以理解为立体的克隆形成……


这些细胞增殖实验昨晚,你就会惊奇地发现,他们下一步做的是细胞的迁移侵袭实验表型:



发现问题了么?还没发现么?因为你们可能都没有想过这样的问题,所以研究的逻辑上,就会错漏百出,好了,下次再说吧…… 要看这篇文献,可以自己去PubMed上下搜一下。实在不行就回复“公克”(不要在评论区回复),要么就直接星球上见(当然,进不去也无所谓)。好吧,今天就先给你们策到这里吧,祝你们心明眼亮


ps:所以,不想要一个转运RNA的手袋么?不想要科研菜鸟想轻松入门么?可以回复科研菜鸟,或者阅读原文哦……祝你们心明眼亮……


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