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生物信息分析入门、晋级和经验分享。Linux、R、Python学习教程;高通量测序数据分析学习教程;生信软件安装教程。所有内容均为原创分享,致力于从基础学习到提高整个过程。
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经典入门 | 高级转录组分析和R数据可视化 (2025.3)

生信宝典  · 公众号  · 生物  · 2025-03-15 21:00

主要观点总结

本文介绍了一次生物信息学培训的内容,包括扩增子16S分析、宏基因组、临床基因组、单菌基因组、转录组等线上线下培训课程。文章还介绍了课程安排、主讲教师、授课模式、培训时间、地点、价格及优惠信息等。

关键观点总结

关键观点1: 课程内容

包括扩增子16S分析、宏基因组、临床基因组、单菌基因组、转录组等线上线下培训课程,涉及生物信息学的多个重要领域。

关键观点2: 课程安排

课程分为四个阶段,包括集中授课、自行练习、在线直播答疑、培训视频继续学习等,实现教-练-答-用四个环节的统一协调。

关键观点3: 主讲教师

陈同博士,中国中医科学院,具有生物信息学背景并在高水平杂志发表过多篇文章。

关键观点4: 授课模式

线上线下同步开课,线上采用腾讯会议直播,过程会录屏,视频可无限期观看。

关键观点5: 培训地点

线下北京市。

关键观点6: 课程价格及优惠信息

开课两周前报名4500元/人。有连报优惠、老学员优惠和多人组团优惠等多种优惠方式。


正文

福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、临床基因组、单菌基因组、转录组线上线下同步开始(线上采用腾讯会议同步直播线下)。报名 参加线上直播课的老师可在365天内选择参加同课程的一次线下课 。期待和大家的线上线下相识。

  • 转录组线上/线下开课时间:

    2025/03/21-22

  • 临床基因组学线上/线下开课时间:

    2025/5/16-18

  • 单菌基因组线上/线下开课时间:

    2025/3/28-30

  • 宏基因组线上/线下开课时间:

    2025年5月9-11

  • 扩增子线上/线下开课时间:

    2025/4/11-13

报名链接:http://www.ehbio.com/Training/

常规转录组是我们常接触到的一种高通量测序数据类型,其实验方法成熟,花费较低,是大部分CNS必备的技术,现在就如做个PCR一样常见。而且分析思路简洁清晰,是入门生信,学习生信分析思路和数据可视化的首选。

数据分析是相通的,通过一个简单的课程理解其中的原理,就可以推而广之,延伸到其它类型的数据分析,如扩增子、宏基因组、单细胞等。

高级转录组分析和R数据可视化** 线上线下**同步开课,将系统讲述基于和不基于比对的转录组分析流程,从原始数据到表达矩阵、差异基因、转录组拼装、可变剪接、非编码RNA、ceRNA、转录因子调控网络、富集分析、加权共表达网络、通路分析、可视化绘图、机器学习等一系列常见操作,理论和实践兼备,为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个转录组分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析,独创四段式教学(2天集中授课+自行练习+讨论群讲解答疑+上课视频回看反复练习),“教—练—答—用”四个环节统一协调,真正实现独立分析大数据。

关于学习生物信息学分析的重要性,请阅读 《生物信息9天速成班—成为团队中不可或缺的人》 。生信分析离不开程序写作,这部分没想象的难,只要跟着我们操作下来,就可以理解,具体见《 生物信息中的程序学习心得 》。

往期课程节选。

部分视频可在B站空间免费查看:https://www.bilibili.com/video/BV1rD4y1272a

课程大纲

请详细阅读课程简介,如果以下内容您全精通,不必参加此培训。

每节课1小时一个主题,理论结合实战,学懂原理,实战实操,全是老司机多年经验、流程和代码的无私分享,手把手带您快速入门、节约宝贵的时间,助力科研成果早日产出。

下面是课程安排,本课程一共2天,每天6-8节课,共14节课,全部课程均理论与实战结合(只要课上讲的都是可以学会并自己实现的分析)。如11代表第一天第一节课,26代表第二天第六节课。更有多节视频课处理特定问题和后续的讨论群永久答疑。

该课程为第23期,经过22次迭代更新,整个过程都比较成熟,可以在短时间学习更多知识。2-3天时间,老司机带您完成自学需要3个月甚至是1年的崎岖之路,助力您真正玩转转录组分析,并根据自己课题的背景优化分析方案。


编号
内容
简介
01
视频学习Linux基础
预付后提供学习视频,生信宝典视频号有全套免费 Linux 课程
02
视频学习R基础
预付后提供学习视频,生信宝典视频号有全套免费 R 课程
03
软件安装
预付后提供安装视频
04
支付全款
提供全部视频和资料用作预习
11
转录组概述
转录组设计
、应用、 批次效应
12
转录组分析流程简介
基于/不基于比对的分析流程讲演
13
Salmon定量实战
不基于比对直接定量基因和转录本的表达
14
差异基因分析
DESeq2多组差异基因分析
、热图、 火山图
15
GO富集分析和可视化
泡泡图
、热图、网络图、 弦图
16
GSEA富集分析和可视化
分组和时间序列GSEA
17
WGCNA基因加权共表达
网络分析和性状关联
18
Linux下转录组环境配置
Conda软件安装、配置
21
原始数据比对回基因组
STAR比对和定量
22
基于count的差异基因
批次效应鉴定和移除
23
基因组浏览器数据可视化
IGV呈现reeads比对、峰图、Sashimiplot
24
文章常见图表绘制和解读
Illustrator制作CNS标准图版
25-26
机器学习和Marker基因鉴定
PCA
随机森林
31
转录本拼装StringTie
可变剪接分析rMATS [视频课程]
32
非编码lncRNA鉴定
ceRNA分析 (miRNA-lncRNA-gene调控) [视频课程]
33
无参转录组分析






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