全书共计六个部分，正文分为上、中、下三篇，共九个章节。
本书第一部分为引言，基于思想史和学术史重思汉传唯识学的定位、特质以及汉传唯识学研究的方法论问题。
第二部分也即本书的“上篇”，由第一、二、三章组成，围绕“八识”这一主题梳理了“识”、“阿赖耶识”等基本概念的语义流变，剖析了玄奘所传八识说的具体构造。
第三部分也即本书的“中篇”，由第四、五、六章组成，围绕“种习”这一主题从纵向上探究了种子熏习理论自部派时代经量部至《成唯识论》逐渐成熟的形成与演变过程，从横向上解析了有关种子本有、新熏抑或本新并建之争。
第四部分也即本书的“下篇”，由第七、八、九章组成，围绕“识变”这一主题考察了“三性说”、“四分说”、“唯识比量”、“三类境”等唯识学重要问题。
第五部分为结语，以唯识学为例在“佛教哲学何以可能”、“业果与时间”、“认识与自身认识”三方面揭示了佛教哲学与西方哲学对话的广阔空间。
第六部分为附录部分，依据现存史料整理了玄奘的传略、简谱与译经表。
凡例 1
引言：作为方法的汉传唯识学 1
1. 一种定位，两种态度 1
2. 佛教中国化的第三条道路 4
3. 失语的汉传唯识学 6
上篇 八识
第一章 识、阿赖耶与阿赖耶识 13
第一节 心、意、识 13
1.1 早期圣典中的心、意、识 13
1.2 心、意、识的分别：从涵义到指称 17
第二节 阿赖耶的双重语义 23
第三节 阿赖耶识何以成为必要？28
3.1 无我与假我 29
3.2 五蕴和合与假我 34
3.3 相续心与假我 38
第二章 阿陀那识与阿赖耶识 49
第一节 作为执受识的阿陀那识 49
1.1 爱藏、执受与隐藏 50
1.2 执受与我执 55
第二节 作为种子识的阿赖耶识 62
2.1 界与依 62
2.2 摄藏与三相 67
2.3 染污意之成立 71
第三节 《成唯识论》中阿赖耶识之语义 73
3.1 能藏与所藏的定位 74
3.2 三相的现识化 76
第三章 玄奘所传八识说的构造 81
第一节 阿赖耶识的所缘与行相 82
1.1 作为所执受的种子与根身 83
1.2 器界与共相种：世界共在问题 86
1.3 扶根尘与不共相种：交互主体性问题 93
1.4 行相之三义 96
第二节 与阿赖耶识相应之心所 101
2.1 心所及其相应义 101
2.2 五遍行心所 109
第三节 末那识 115
3.1 依止意与思量意 115
3.2 所依与所缘 116
3.3 四烦恼心所 123
3.4 第七识之三位 128
第四节 前六识 133
4.1 前五识与四种意识 134
4.2 寻伺与分别：感性与知性的划界 140
4.3 假境与错觉 148
4.4 五心轮与心识的流变 159
中篇 种习
第四章 种子说的缘起 165
第一节 业与业力的存续 165
1.1 业的动力学意义 166
1.2 三世实有与无表色 168
1.3 《成实论》的无作与正量部的不失法 177
1.4 真谛所传说的同随得 186
第二节 随眠与缠 191
第三节 经部的种子说 196
3.1 随界与种子 196
3.2 经部种子说的理论困境 203
第五章 《成唯识论》的种子熏习理论 210
第一节 种子的语义及其分类 210
1.1 因有七相与种子六义 210
1.2 名言与名言种 219
1.3 业种与我执种 226
1.4 两类种子与顺现受业 230
第二节 所熏与能熏 234
2.1 习气与熏习 234
2.2 所熏四义与真如受熏问题 237
2.3 能熏四义与相分熏 240
第三节 同时因果与异时因果 246
3.1 同时因果的时间意识 246
3.2 异时因果何以可能？253
3.3 灭不是无 261
第六章 本有与新熏 263
第一节 种子本有说 263
1.1 法尔种姓的成立 264
1.2 本性住种姓与习所成种姓 275
1.3 本有种子的缘起论分析 283
第二节 种子新熏说 294
2.1 《摄决择分》的真如所缘缘种子 295
2.2 《摄大乘论》的正闻熏习种子 304
2.3 正闻熏习何以成为出世心种子：四善根的意义 312
2.4 新熏种子的缘起论分析 319
第三节 本新并建说 326
3.1 性种与习种的定位 326
3.2 本新并建语义下的行佛性 338
3.3 成佛的动力因：理性还是行性？345
下篇 识变
第七章 识显现与识转变 355
第一节 唯识所现：从瑜伽行实践到认识论原则 357
1.1 相称所缘与有部禅法 358
1.2 相似所缘：以不净观为例 367
1.3 四种所缘境事的组织与唯识观念的提出 375
第二节 显现与唯识 385
2.1 弥勒论中的虚妄分别 385
2.2 vijñāna与vijñapti 397
2.3 似尘识与似识识 405
第三节 从唯事到唯识：三性的分析 418
3.1 三性的三种定位 418
3.2 假必依实与实有唯事 421
3.3 空之所余与识有境无 435
3.4 两种圆成实性：有垢真如与无垢真如 442
3.5 三无性、阿摩罗识与解性 447
第四节 识转变与真谛的“一能变”说 462
4.1 识转变的语义解析 462
4.2 识转变的时间性构造与因、果转变 477
4.3 显识与分别识 496
4.4 所谓“一能变”说 509
第八章 识四分与识能变 514
第一节 带相说与所缘缘 514
1.1 识必有境与识可缘无 514
1.2 经部的带相说 531
1.3 所缘缘的重新界定：兼论“和合”与“和集” 547
1.4 从《二十论》到唯识古学的所缘缘理解 559
1.5 再论玄奘《观所缘缘论》的翻译 572
1.6 亲所缘缘与疏所缘缘 576
1.7 变带与挟带 583
附论：关于“唯识比量” 593
1. 从“胜军比量”说起 594
2. “唯识比量”的三支分析 599
3. “自许初三”的意义 604
4. “相违决定量”何以是自比量？607
第二节 自证理论与识体四分 610
2.1 能一刹那知一切法吗？——部派的论诤 611
2.2 《成实论》的自知问题：兼论成实师的“反照智” 622
2.3 自证的成立与证自证 631
2.4 自证：笛卡尔式的焦虑 640
第三节 识能变与“三能变”说 646
第九章 相见同别种与三类境 653
第一节 因缘变与分别变 653
第二节 相见同种与相见别种 661
2.1 一向同种、一向别种与随应别种 661
2.2 境相的假实在于同别种吗？——圆测的异说 669
第三节 性境、独影境与带质境 678
3.1 性境与独影境 679
3.2 带质境及其“种通情本” 686
3.3 带质境与有质独影境的分界 693
3.4 三类境的随应与性种界的随应 701
结语：时间与认识——兼论佛学研究的“世界3” 704
1. 一种不同于佛教思想史的佛教哲学如何可能？704
2. 业果与时间 706
3. 认识与自身认识 708
附录一：玄奘传略 711
第一节 千里之驹 711
1.1 少年出家 711
1.2 遍参讲筵 716
1.3 誓志西游 718
第二节 西行求法 727
2.1 越宪首途 727
2.2 万里孤征 733
2.3 誉满五印 743
第三节 译经弘教 755
3.1 东归故邦 755
3.2 译梵为华 773
3.3 译华为梵 796
3.4 薪火相传 810
附录二：玄奘简谱 826
附录三：玄奘译经一览表 832
征引文献 845
索引 872
后记 920
图示
图1：名言种与业种（以赖耶识生起为例） 227
图2：传为“上座部”的异时因果说 257
图3：本书的“识转变”解释 494
图4：上田义文的“识转变”解释 495
图5：《中边》四境与《摄决择分》等四业 501
图6：法称的模式 538
图7：本书对经部的解读 541
图8：化地部的相应慧与不相应慧 614
图9：第七识的相质同种与相质别种 692
一般认为，汉传唯识学在唐代数传而衰，直到明末才有短暂复兴，而下一个复兴就要到清末民初了。明末唯识学之复兴，乃激于其时狂禅之流弊而起，如度门正诲（1545-1628）所谓，“此方之机，气大心粗，精神莽荡，沉埋五欲，我见欺人，不喜多闻而潜证，惟求了悟以快情”。为挽救中国佛教江河日下之颓势，明末有识之士再倡义学研习之风。可惜的是，
其时唯识唐疏早已在中国散佚，明人研习唯识学与因明学的主要资源，是是澄观（737-838）的《华严疏钞》、永明延寿（904-975）主持编纂的《宗镜录》及元人云峰的《唯识开蒙问答》。
《华严疏钞》是澄观解说其所撰《华严经疏》的一部巨作，明代《永乐南藏》、《永乐北藏》均有收录，《南藏》本六十卷（千字文编号：“精一”至“丹四”),《北藏》本析为九十卷（千字文编号:“沙一”至“禹十”）。在《华严疏钞》中，澄观大量引用了窥基（632-682）《成唯识论述记》的内容,主要有两种方式：一是以“《唯识疏》”的名义直接引用；二是在对“《唯识》”即《成唯识论》的解释中，澄观摘引了《述记》的相关文字。
《宗镜录》向为禅门所重，历代藏经多有收录，但其成书比较复杂，内容上不无可议之处。据北宋慧洪（1071-1128）的《林间录》等所说,《宗镜录》系永明延寿在西湖净慈寺集贤首、慈恩、天台三宗之精法义者，互相论难，集体编纂而成。到北宋元祐（1086-1094）年间，又经过法涌等人的校改。传世的也就是这个经过法涌等校改的本子。事实上，藕益智旭（1599-1655）也对这个校改本有所不满，他说：“未百年法涌诸公擅加增益，于是支离杂说，刺人眼目，致袁中郎辈反疑永明道眼未彻，亦可悲矣。”就其中所
涉及的唯识义理来说，虽然《宗镜录》保存了唐末五代汉传唯识学理新开展的一些资料，但前后矛盾、颟顸粗率之处所在多有。
《唯识开蒙问答》仅有二卷，以主题化的方式介绍了一些唯识的基本学说。在明代，该书虽然没有被收入藏经，但一直有单刻本流通。如《卍续藏》所收录者，从其序文看，应是明末刻本:而国家图书馆则藏有该书的明初刻本。从书中的内容来看，作者还是能看到部分唐疏，如窥基的《述记》《枢要》，不过，正如其书名所示，该书只是对唯识学基础性知识的介绍，略述梗概而已。
