从科学角度讲，某个国自然 “热点”代表的是对问题认识的一个新角度；当这个“热点”符合申请基金、发表科研代表作的现实需求时，我们趋之若鹜，从顶刊文献解读、到套路总结、到项目申报、再到项目执行成果产出，时间跨度大约5-8年。
从基金申请来说，5-8年时间足以让这个“时新”的热点变成“过时”、甚至是“没有研究价值”的领域。但，繁华和热闹过去，很多情况下留下一地鸡毛，甚至整个领域会因为“学术不端”而被毁掉，而非编码RNA（lncRNA和miRNA）这个领域似乎就符合这个特点。
而且，整个体系和模式没有改变情况下，以后类似的现象还会有更多，但是几乎所有人都被游戏规则所束缚，被动且无奈……如果大家有基金申请或者课题思路上的疑问，可以联系我们进行咨询：
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我们回到这个问题：2024年做lncRNA和miRNA，还能报国自然吗？
答案当然是可以报，我们可以列一些例子：
lncRNA TTTY15调控miR-877-5p/ZBTB20轴促进AML发生的机制研究
LncRNA-TRIB1-3-1在骨质疏松症发病中的调控机制研究
免疫应答相关lncRNA Morrbid的功能和分子调控网络
HOXBLINC lncRNA在B-ALL发生与耐药中的功能和机制研究
NRF2/HO-1轴介导外泌体miR-181/miR-33a对AML耐药的影响及机制研究
METTL3通过pri-miR-455/miR-455-3p/PTEN信号轴调控糖尿病角膜神经再生的机制研究
当然，大家也知道：问题关键不是能不能报，而是谁报项目、怎么报才能拿下来。所以总体上来说，一般情况下不建议大家继续报这两个方向了。
下面我们从文章角度，挑选几篇文章看一下近1年来的lncRNA和miRNA的研究特点。
LncRNA领域研究
研究的主要内容：
本研究通过整合网络分析，揭示了不同胃癌（GC）亚型中长非编码RNA（lncRNA）的异质性，并鉴定了lncRNA MIR200CHG作为在微卫星稳定（MSS）/上皮-间质转化（EMT）GC亚型中特异性调控EMT的主调控因子。研究发现MIR200CHG的表达在MSS/EMT GC中因启动子高甲基化而被沉默，与不良预后相关。MIR200CHG在体外能够逆转GC细胞的间质特性，并在体内抑制转移。在分子机制上，MIR200CHG不仅促进其内含子miRNAs miR-200c和miR-141的生物合成，还通过直接结合miR-200c保护其免受靶基因引导的miRNA降解（TDMD）。
研究的作用信号轴：
lncRNA MIR200CHG通过miR-200c和miR-141的生物合成及其保护机制，调控MSS/EMT GC的EMT过程。
研究的主要内容：
本研究探讨了长非编码RNA（lncRNA）NIPA1-SO在动脉粥样硬化中的作用及其分子机制。研究发现，NIPA1-SO在人类动脉粥样硬化斑块中的水平降低，而NIPA1水平升高。NIPA1-SO在人脐静脉内皮细胞（HUVECs）中通过与转录因子FUBP1和NIPA1基因相互作用，负向调控NIPA1的表达。NIPA1-SO的过表达增加了BMPR2水平，而敲低则降低BMPR2水平。NIPA1-SO对NIPA1蛋白水平的调控作用可以通过FUBP1的敲低逆转。在低密度脂蛋白受体缺乏的小鼠模型中，NIPA1-SO的过表达或NIPA1的基因靶向敲除减少了单核细胞-内皮细胞粘附和动脉粥样硬化病变的形成。
研究的作用信号轴：
NIPA1-SO通过与FUBP1结合，进而抑制NIPA1的表达，调控BMPR2水平，影响单核细胞-内皮细胞粘附和动脉粥样硬化病变的形成。
研究的主要内容：
本研究报道了一种新的长非编码RNA（lncRNA），名为感觉神经元特异性lncRNA（SS-lncRNA），它在背根神经节（DRG）和三叉神经节中特异性表达。SS-lncRNA主要在小型DRG神经元中表达，并且在神经损伤后由于早期B细胞转录因子1的减少而显著下调。恢复这种下调可以逆转受伤DRG中钙激活钾通道亚家族N成员1（KCNN1）的减少，并缓解神经损伤引起的痛觉过敏。相反，DRG中SS-lncRNA的下调减少了KCNN1的表达，降低了总钾电流和后超极化电流，并增加了DRG神经元的兴奋性，从而产生神经病理性疼痛症状。在分子机制上，SS-lncRNA下调导致其与Kcnn1启动子和异质核糖核蛋白M（hnRNPM）的结合减少，随后招募较少的hnRNPM到Kcnn1启动子，并在受伤DRG中沉默Kcnn1基因转录。
研究的作用信号轴：
SS-lncRNA通过与Kcnn1启动子和hnRNPM的结合，调节KCNN1的表达，影响DRG神经元的兴奋性，进而参与神经病理性疼痛的发生。
研究的主要内容：
本研究功能表征了一种新的长非编码RNA（lncRNA），命名为缺氧诱导的PLK1稳定化lncRNA（HILPS）。HILPS在多种人类正常和癌细胞中表达，并能被缺氧诱导因子1α（HIF1α）强烈诱导。HILPS与PLK1结合，阻止其被蛋白酶体降解。稳定化的PLK1直接磷酸化HIF1α，增强其稳定性，构成一个正反馈回路，加强HIF1α对氧气的感知。HILPS的缺失在正常和癌细胞中都会引起缺氧适应缺陷。这些发现揭示了HIF1α与PLK1完整性深度关联的机制，并确定HILPS-PLK1-HIF1α通路作为人类生理和病理过程中独特的氧气感知轴。
研究的作用信号轴：
HILPS-PLK1-HIF1α通路通过正反馈回路加强HIF1α的氧气感知功能。
研究的主要内容：
本研究鉴定了一种与肥胖相关的发育调控长非编码RNA（lncRNA），简称为Obr。Obr在代谢相关组织如骨骼肌、肝脏和胰腺中表达，并在饮食诱导的肥胖中发生改变。研究使用Clone 9细胞系和高脂饮食诱导的肥胖大鼠作为模型系统，通过稳定表达和反义寡核苷酸介导的Obr表达下调，结合不同的分子生物学实验，验证了Obr在脂质代谢中的作用。研究表明Obr与cAMP反应元件结合蛋白（Creb）相关联，并激活参与脂质代谢的不同转录因子。Obr与Creb组蛋白乙酰转移酶复合体相关联，包括cAMP反应元件结合蛋白（CBP）和p300，正向调控参与脂质代谢的基因的转录。此外，Obr还受Pparγ的调控，以响应脂质积累。
研究的作用信号轴：
lncRNA Obr通过与Creb和Creb组蛋白乙酰转移酶复合体的相互作用，激活参与脂质代谢的基因转录，同时受Pparγ的调控。
研究的主要内容概述：
本研究通过生成缺乏一种名为CARDINAL的心脏特异性长非编码RNA（lncRNA）的小鼠模型，来研究其在心脏功能中的作用。研究发现CARDINAL是一种心脏特异性、与核糖体相关的lncRNA，在病理性心脏肥大时心脏中的表达增加。CARDINAL的缺失加剧了小鼠的压力诱导性心脏肥大和蛋白质翻译，而其过表达则在体内外减轻了心脏肥大并抑制了肥大诱导的蛋白质翻译。在分子机制上，CARDINAL与发育调控的GTP结合蛋白1（DRG1）相互作用，并阻断了其与DRG家族调节蛋白1（DFRP1）的相互作用，导致DRG1的下调，从而调节心脏对应激的蛋白质翻译速率。
研究的作用信号轴：
CARDINAL通过与DRG1相互作用并阻断其与DFRP1的相互作用，调节心脏对应激的蛋白质翻译速率，影响心脏肥大的发展。
研究的主要内容：
本研究探讨了与肠道炎症相关的长非编码RNA（lncRNA）LOC339803在肠道上皮细胞产生细胞因子中的功能。研究发现，特定等位基因的N6-甲基腺苷（m6A）甲基化影响YTHDC1介导的蛋白质结合亲和力。LOC339803与YTHDC1的相互作用决定了LOC339803的染色质定位，最终诱导NFκB介导的促炎细胞因子的表达，并促进肠道炎症的发展。这些发现通过使用不同肠道炎症状况和对照组的人类肠道活检样本得到确认。此外，研究表明LOC339803的靶向可以是改善体外和离体肠道炎症的有用策略。
研究的作用信号轴：
LOC339803通过与YTHDC1的相互作用影响染色质定位，进而调控NFκB介导的促炎细胞因子的表达，参与肠道炎症的发展。
研究的主要内容：
本研究通过RNA测序分析了PM2.5处理的人类支气管上皮细胞模型中异常表达的外泌体lncRNA。研究确定了外泌体lncRNA在儿童哮喘中的作用，并在病例对照研究中进行了验证。研究还确定了外泌体lncRNA在DNA损伤中的细胞间通讯机制。研究发现，PM2.5处理的HBE细胞分泌的外泌体（PM2.5-Exos）能够增加受体HBE细胞的DNA损伤水平，并在敏感的人类支气管平滑肌细胞（HBSMCs）中促进气道重塑相关标记物的表达。与PM2.5相关的外泌体转录本lncRNA（PAET）在PM2.5-Exos中高表达，并与儿童哮喘中的PM2.5暴露相关。在分子机制上，外泌体lncRNA PAET通过增加其稳定性促进甲基转移酶样3（METTL3）的积累，这刺激了细胞色素c氧化酶亚单位4I1（COX4I1）的N6-甲基腺苷（m6A）修饰，COX4I1水平在依赖于m6A“阅读器”YTH结构域家族3（YTHDF3）的机制中降低。COX4I1的缺乏随后破坏了氧化磷酸化（OXPHOS），导致三磷酸腺苷（ATP）产生减少和活性氧（ROS）积累，增加了DNA损伤水平。
研究的作用信号轴：
PM2.5-Exos通过lncRNA PAET促进METTL3积累，增加COX4I1的m6A修饰，依赖YTHDF3降低COX4I1水平，破坏OXPHOS，导致ATP产生减少和ROS积累，增加DNA损伤。
miRNA方向
研究的主要内容：
本研究设计并优化了一种基于有机阴离子转运多肽1B3（OATP1B3）的遗传开关系统，通过摄取靛青绿（ICG）染料实现miRNA的近红外荧光成像。该报告系统，命名为miR-ON-OB3，被证明能有效调节哺乳动物细胞中OATP1B3的表达。研究结果表明，该系统对哺乳动物细胞中外源性和内源性miRNA的近红外荧光成像具有高灵敏度。此外，该系统还被证实能够用于活体小鼠中miRNA的实时近红外荧光成像。
研究的主要内容：
本研究提供了有力的证据，证明了在遭受5-FU或辐射诱导损伤的小鼠中，肠道上皮细胞的再生过程中微小RNA（miRNA）的不可或缺作用。通过在Dgcr8缺陷的类器官中进行全面的miRNA功能筛选，研究观察到miR-200家族的缺失导致p53途径的超活化，从而减少肠道干细胞（ISCs）并损害上皮再生。值得注意的是，在活动性溃疡性结肠炎（UC）患者的结肠组织中验证了miR-200家族的下调和p53途径的超活化。最重要的是，通过口服携带miR-200的脂质纳米颗粒（LNPs）短暂供应miR-200，可以恢复小鼠在急性损伤后的ISCs并促进肠道再生。
研究的主要内容：
本研究探讨了在特定细胞和环境条件下，Argonaute蛋白（AGO）在细胞核中的积累及其对基因表达调控的影响。研究显示，在高密度二维培养、三维肿瘤球体培养以及人类结肠肿瘤中的HCT116细胞中，AGO2蛋白在细胞核中富集。AGO2从细胞质转移到细胞核会导致原本被miRISC复合体抑制的AGO2-eCLIP靶标去抑制。通过工程化核定位信号使AGO2持续定位于细胞核，可以增加细胞迁移能力。关键RNAi因子也会影响AGO2的定位。敲除对miRNA生物合成至关重要的酶DROSHA会耗尽成熟的miRNA并限制AGO2定位在细胞质，而敲除miRISC支架蛋白TNRC6则导致AGO2在细胞核中的定位。最后，我们总结一下这些研究的共同特点：
1. lncRNA的研究上有几个特点：鉴定与特定因素或者功能相关的lncRNA，机制上几乎没有做烂掉的miRNA sponge了；
2. miRNA的研究更多从应用角度进行创新。
