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Science背靠背 | 施一公等揭示剪接体核酶活性中心有序折叠的机制和后续重塑的动力机制

中国生物技术网  · 公众号  · 医学  · 2020-11-27 13:54

正文

RNA剪接是高等真核生物基因表达所必须的一步,由剪接体催化完成。虽然剪接反应的化学本质仅为两步转酯反应,但是由于需要保证翻译时可读框的准确,剪接产物必须保证单碱基的精确性。为了完成这一任务,从剪接位点的识别开始,剪接体要经历一系列中间状态的转换,目前已鉴定出了E、A、pre-B、B、Bact、B*、C、C*、P和ILS complex十个中间状态(下图)。在这一系列状态转换过程中,剪接体的蛋白和snRNA组成及结构都发生了巨大变化,转酯反应的催化活性中心也在这一过程中逐步形成【1-3】


图片来源:Wan R, et al, Annu Rev Biochem, 2020

 

剪接体是一种核酶,特定折叠的U6 snRNA催化转酯反应【4】。虽然剪接体Bact complex的电镜结构揭示了活性中心U6 snRNA的折叠结构【5-7】,但它是如何正确折叠形成的、以及后续状态转换的动力机制细节,目前并不清楚。


2020年11月27日,德国马普研究所Reinhard Lührmann教授团队和西湖大学施一公教授团队发表在Science上的两项工作,
分别解析了剪接体pre-Bact complex和包含Prp2和Spp2的Bact complex的电镜结构,从而回答了这两个问题。

 


Reinhard Lührmann教授团队的工作Mechanism of protein-guided folding of the active site U2/U6 RNA during spliceosome activation,通过使用一种新的抑制剂将人剪接体阻滞到了B complex和Bact complex间的一个新的状态,pre-Bact complex。电镜结构解析得到了两个pre-Bact complex的结构,为B complex转变到Bact complex间的两个连续中间体,从而能够从蛋白组成、新加入蛋白的结合部位以及snRNA结构的变化,直观推断出剪接体的蛋白组分如何帮助U6 snRNA正确、有序的折叠成剪接活性中心(下图)



在这一过程中,RNA解旋酶Brr2剥离U4 snRNA提供早期动力,Prp8起核心支撑锚定作用,Prp8构型的变化伴随着其它蛋白的有序加入和离开,帮助U6 snRNA折叠成正确的活性中心结构(下图)



施一公教授团队的工作Mechanism of spliceosome remodeling by the ATPase/helicase Prp2 and its coactivator Spp2,通过使用新的阻滞方法得到了大量Bact complex,从而获得了高分辨率的酿酒酵母剪接体Bact complex的电镜结构。在这一新的结构中观察到了以前未在结构研究中观察到的RNA解旋酶/ATP酶Prp2、其激活因子G-patch蛋白Spp2及与Prp2结合的底物pre-mRNA。从而结合生化实验,阐明了剪接体Bactcomplex重塑的发动机Prp2如何被募集到剪接体上、Spp2如何稳定Prp2以及Prp2为何具有使底物pre-mRNA向其3’端单向移动的方向性等关键科学问题(下图)



近些年结构生物学的进步极大推动了剪接体反应机制的研究,从早年依靠遗传、生化实验进行推断到现在能够直观的从结构上进行观察阐释。但是由于剪接体高度的动态性以及剪接位点较低的一致性,尤其在哺乳动物中,还有许多机制细节有待阐明,需要更多高分辨率的结构研究来进一步完善。

 

原文链接:

1. https://science.sciencemag.org/lookup/doi/10.1126/science.abc3753

2. https://science.sciencemag.org/lookup/doi/10.1126/science.abe8863

 


参考文献



1. Wan, R., Bai, R., Zhan, X. & Shi, Y. How Is Precursor Messenger RNA Spliced by the Spliceosome?Annual review of biochemistry 89, 333-358, doi:10.1146/annurev-biochem-013118-111024 (2020).

2. Wilkinson, M. E., Charenton, C. & Nagai, K. RNA Splicing by the Spliceosome. Annual review of biochemistry 89, 359-388, doi:10.1146/annurev-biochem-091719-064225 (2020).

3. Kastner, B., Will, C. L., Stark, H. & Lührmann, R. Structural Insights into Nuclear pre-mRNA Splicing in Higher Eukaryotes. Cold Spring Harbor perspectives in biology 11, doi:10.1101/cshperspect.a032417 (2019).

4. Fica, S. M. et al. RNA catalyses nuclear pre-mRNA splicing. Nature 503, 229-234, doi:10.1038/nature12734 (2013).

5. Yan, C., Wan, R., Bai, R., Huang, G. & Shi, Y. Structure of a yeast activated spliceosome at 3.5 Å resolution. Science (New York, N.Y.) 353, 904-911, doi:10.1126/science.aag0291 (2016).

6. Zhang, X. et al. Structure of the human activated spliceosome in three conformational states. Cell research 28, 307-322, doi:10.1038/cr.2018.14 (2018).

7. Haselbach, D. et al. Structure and Conformational Dynamics of the Human Spliceosomal B(act) Complex. Cell 172, 454-464.e411, doi:10.1016/j.cell.2018.01.010 (2018).

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