2024年01月_生信入门班_微信群答疑笔记

上一期 的答疑互动也是彩蛋多多，现在整理完毕马不停蹄的分享给大家。接下来的4 月8号就是最新一期的直播互动授课啦，有需要的朋友赶快上车哈：

• 生物信息学马拉松授课（买一得五） ，你的生物信息学入门课

【课前准备】请问一下看到安装环境视频步骤里面有KEGG可我在这个代码里没找到KEGG呀

可以忽略，因为包名更新了，不再叫KEGG。

【R包安装】安装R包，提示用在这个截图打开Rstudio，哪里找这个截图

.Rproj是你在建立一个项目以后，在项目文件夹里自动生成的。

【课前准备】安装的是R 4.3.1版本，已经安装好，再复制代码下一步怎么做？

粘贴到RStudio 左上角窗口，然后点run，从第一行开始，一行行run，每run一行观察左下角窗口的输出信息，没有关键词 error，且返回一个大于号 > ，再run下一行。

【R】需不需要保存？

不用保存。

【课前准备】请教我的电脑就这么点大（113G可用），要不要买Portable Disk把文件储存在那里？我需要多大的Portable Disk才够上课？

足够大了的 你软件都装好了吗R和Rstudio，建议装在C盘哈

【Rstudio】R studio已经是最新版本，请问这个问题如何解决？

安装网盘里的rstudio。

【课前准备】网盘里的R是4.3.1，我之前下载的是4.3.2可以用吗？

可以的呀，小版本差异问题不大。

【课前准备】不用Ubuntu什么的也可以进行Linux操作是吧？

我们的 Linux 操作都在服务器上完成，第三周上课前会给大家发送账号及登录方式。请不要自己去折腾虚拟机或者双系统，否则后果自负。

【课前准备】如果突然有课的话，有录播嘛？

直播结束后就会生成相应的回放，在钉钉群里可以免费观看一年时间呢

【R包安装】安装r包的时候一直报错说打不开对应的链接，是我网的问题吗？但是开不开梯子都这样

看起来是网络问题 换个网络试一下？比如热点之类的。

也有可能是 BiocManager 版本的问题 在 if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")
后面加上 BiocManager::install(version = "3.18")

【R包安装】R包安装出现这样是不是有问题啊？

BiocManager::install("preprocessCore")

【R实战】有R包能把fastq文件转化成fasta文件吗

确实有这样的包，需要自己搜索一下有名字。现在的问题可能是这个包的效率怎么样？如果你的文件大小并不是很大的话，倒无所谓，如果你要读入一个50个g的文件在r，就有点麻烦。如果能够边读入边输出，这样的话就能节省内存，而不是把整个文件载入到内存里面去。

【课前准备】我在安装R包时13这一行可以安装，但是14和15这两行就报错显示无法读取链接

可能你使用的网络环境，访问清华镜像有问题。你试试先运行这两行代码，# 运行这两句代码设置一下北外镜像 options("repos"= c(CRAN="https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror="http://mirrors.bfsu.edu.cn/bioconductor/") 然后在运行 14 15。

【R实战】运行library检查就不再返回大于号 >了，而是返回这个

你要回答一个 n。

【R实战】为什么我这里用heatmap(as.matrix(iris[,1:4]))还是报错呀

重新起一个新的R的会话试一下噢。因为你没有提供其他的截图，所以只是一种最可能的猜测哈。你前面可能赋值或者其他的操作导致iris不是他本身了，或者iris的前四列的类别不再是原本的内容了。这就引起了明明正常情况下可以执行成功的代码失效了。最简单的解决办法呢就是新开一个会话，把你前面操作的影响都消除掉，就能正常执行成功了。

【R实战】下载GSE24551这个数据集时，有两个平台，我在官网上下载了GPL5175这个，但运行代码时老是自己下载GPL11028这个平台的，这个问题怎么解决呢

直接去网页上手动下载。你手动下载的话，这两个文件都会下载

【R实战】请问为什么画火山图用p.value而不是adj.p.value呢

用adj.p.value就好。

【R实战】想请问一下termius是上课的时候才能打开吗？

不是的，平时也可以的

【软件推荐】大家平时都是怎么打开.md文件的，为什么我在Mac上打开都是默认用文字编辑器（sublime），而不是网页版？

可以安装一个免费的MarkText，地址是 https://github.com/marktext/marktext，任何能渲染markdown格式的软件都可以 比如Rstudio也可以。

【Linux环境】重新构建rna环境，安装python3.7;运行conda create --name RNA --file RNA.env.txt

后，下面图片中上半部分#后面几句是选择性运行吗，需不需要运行？还是直接运行下面几句就行了

如果这句运行成功了，没有报错，就运行截图下面几句，调用软件帮助文档，先检查一下是否安装成功。

【Linux环境】如果我不用再创建RNA环境了，只是想在rna环境里调用RNA.env.text，这样改代码可以吗

conda create --name RNA --file RNA.env.txt 改成 conda --file RNA.env.txt

没有这样的写法。你第一次创建用 conda create --name RNA --file RNA.env.txt，成功运行没有报错，就激活 RNA 环境 conda activate RNA，然后调用帮助文档看看软件安装是否有问题。