如何用MEGA作进化树（一）

听说MEGA可以作进化树，听说你还不会，这么巧，我正好会。

曾几何时，我们看着别人家的进化树这么好看，心里不由得也想自己制作一下， 周末教大家怎么绘制进化树吧。

首先，大家先把数据下载一下

• 示例文件名： species.fasta

• 下载链接： https://pan.baidu.com/s/1sk8JpYt 密码: hx5s

species.fasta 部分序列截图

然后，构建进化树两步走

（1）序列比对

常见算法: Muscle、 ClustalW

①打开MEGA软件，这里以7.0版为例，依次按照箭头方向进行选择

②序列比对

经以上步骤后弹出新的对话框：M7:Alignment Explorer

若没有显示我们的目标fasta文件，请注意修改这里的文件后缀名称

③打开后的species.fasta文件

注意：重点来啦！

④然后呢？然后就比对好了，查看一下首位是否比对齐，没有比齐的碱基就删除掉

⑤最后，将比对好序列文件进行保存就好了，此处保存为mega format，文件名为species

（2）构建进化树

常见算法： Neighbor-Joining、 Maximum Likelihood

点击Phylogeny构建进化树，可以看出构建进化树的方法也有好多种，此处我们选择相对常用的NJ方法

就这么简单，树就构好了，感觉幸福来得太突然！

通过工具栏可以对树的形状进行调整