发表科研论文本来只是小小学术圈内的事情，但最近发生的韩春雨事件突然吸引了大众的关注。那么，发表科研论文的传统是从什么时候开始的呢？投稿的论文怎样才会得到发表？同行评审是什么意思？为什么需要同行评审？为什么论文明明经过了同行评审，发表后还会引起质疑？传统的同行评审有什么问题？能不能不经评审就发表论文？互联网给论文发表带来了哪些变化？有何利弊？……本文将一一介绍并稍作讨论，以飨读者。
世界上最早的科学杂志是英国皇家学会出版的《皇家学会哲学会刊》（Philosophical Transactions of the Royal Society），创刊于1665年（图1），至今已有451年的历史了。刚开始，办刊只是皇家学会秘书的个人行为，直到1752年才成为皇家学会的机关刊物。[1] 刊名中的“哲学”一词指的是“自然哲学”，也就是今天所说的科学。
图1. 《皇家学会哲学会刊》第1卷的刊名页。（图片来源：参考文献[2]）
1665年3月6日，英国皇家学会创立仅4年半，学会的首任秘书奥尔登堡（Henry Oldenburg）（图2）编辑并出版了第1期《哲学会刊》。要知道，第一份英文报纸《伦敦报》（London Gazette）比会刊还稍晚一点呢。奥尔登堡自掏腰包出版会刊，可能还和学会领导达成协议自负盈亏，可惜终其一生会刊的收入也只够支付他自己的房租。到1677年奥尔登堡过世，《哲学会刊》总共出版了136期。
图2. 奥尔登堡 （图片来源：参考文献[2]）
虽然会刊在财务上不算成功，但是从推动科学论文发表的角度来说，它绝对是功不可没。《哲学会刊》不仅是第一本专门刊登科学论文的杂志，而且还创设了一系列沿用至今的发表流程：来稿登记（收到日期和处理过程）、同行评审、发布、建档。这些做法最初是奥尔登堡在和皇家学会的创始人之一、气体玻意耳定律的发现人玻意耳（Robert Boyle）的一系列通信中讨论提出的。例如，在1664年11月24日的一封信中，两人就谈到“我们应该非常小心地对来稿的作者和时间进行如实登记，这样首创的荣誉就得以可靠地传诸后世。”[2]会刊有时也会报道一些正在进行的研究，是为科学新闻的先导。
1665年3月1日，皇家学会理事会在其议事录中规定：论文需经皇家学会理事会成员的审定。这一规定制定了同行评审的框架，几经发展到19世纪30年代以后形成了完整的一套程序。
奥尔登堡过世后，会刊由后几任秘书接手，直到1752年，皇家学会才正式接管《哲学会刊》，并由一个论文委员会（Committee of Papers）来编辑，秘书只需负责与印刷方以及书商打交道。论文委员会在每周例会上根据300-500个词的来稿摘要决定取舍，只有拿不定主意时才看全文。一旦论文录取，就要记下作者的姓名、通信评论人和接受日期。
19世纪20年代末30年代初，皇家学会掀起了一股改革风潮，旨在对学会的学术地位严格把关，对会员资格严加限制，相应地也提出评审来稿要有系统地由专家进行，称之为“评审人（referees）”。虽然这些要求几经变化，但“外送评审”的传统保留了下来。到19世纪中叶，稿件都需要分送两位评审人评阅，然后才由论文委员会做出最后决定。评审人一般都是皇家学会会员，除非稿件内容超出了会员之所知，或是没有会员愿意评审。
就在英国《哲学会刊》创刊的同一时期，法国也于1665年1月创办了欧洲大陆的第一份学术刊物：《智者杂志》（Journal des sçavans，后改名为 Journal des savants）（图3）。不过其内容主要是过世名人的传记、教堂历史和法律文件，法国大革命期间曾几度停刊，直到1816年才得到法兰西学院的稳定资助。该刊至今依然是人文科学领域的主要学术刊物之一。
图3. 《智者杂志》创刊号
我国第一本广为人知的科学刊物《科学》直到1915年正月才问世（图4）。虽然从今天的角度看来，这更像是一本科普期刊，但不管怎样，此后的研究论文期刊的确都是在此基础上发展起来的。
图4. 我国最早的科学杂志《科学》创刊号
如前所述，最先对来稿进行同行评审的刊物是《皇家学会哲学会刊》。外送评审的制度则始于19世纪中期，但直到20世纪中期才普遍实行。此前评审工作多半是由主编或编委会自己进行的。
到目前为止，同行评审依然是保证学术刊物质量的主要手段。编辑部在收到稿件后，根据其内容一般分送1-3位在同一领域或相近领域工作的专家，请他们给予评价（从节约评审专家资源和保证评审质量均衡考虑，一开始分送两位专家评审比较合理，当两位专家对论文的评价分歧很大时可以再请一位专家评审），提出修改意见（包括总体意见以及细节问题和不妥甚至错误之处），最后建议是否按原文接受，或做小的修改后接受，或经大修改后送原评审人再审（或退回修改后作为新文章重投），或是拒绝提出建议。编辑部参考这些建议作出决定。
鉴于现代科学的飞速发展和信息爆炸，编辑本人已经很难做到熟悉所有来稿的内容，因此找到合格的、工作内容与来稿在同一领域甚至同一主题的专家就成为评审的关键，理想的评审人是有很高学术造诣的小同行。这是因为只有研究同一主题的专家才最熟悉该主题的来龙去脉和背景，了解其研究现状，清楚论文解决的问题是否重要、是否有新意，才能判断作者所采取的研究方法是否可行、结果是否可信。只有这样的专家才有可能提出具体而切中要害的意见。另外，一般高水平的专家都非常忙，如果请他们评审的稿件和他们的研究兴趣相去较远的话，他们一般是不愿意接受的；只有文章内容与其兴趣密切相关，他们才乐意评审。再者，绝大多数评审完全是尽义务，没有任何报酬，即使有的话也非常低，这多少也为寻找合适的评审人带来困难。
因此，科学编辑的第一要务是要在收到来稿以后，根据内容找到这样的评审人，并且还要评审人愿意评审。这一任务看似简单，其实要做好也不容易。编辑部要有一个数量庞大、质量优秀、专长细致清楚的评审专家库。一年内只能邀请每位专家评审1-2次，再多他们就没有时间了，因此没有一支庞大的高质量评审专家队伍是不可能保证刊物的学术质量的。
收到来稿以后找不到合适的专家评审是科学编辑最为挠头的问题。这时往往只能退而求其次，求大同行评审，或者找水平不那么高的人评审，其效果就差远了。如果编辑不负责任，根本不了解评审人的水平和学术背景，随便从编辑系统的库里邀请评审人（某些编辑系统会把所有投稿人都纳入评审人库，这样的库就很难保证评审人的质量），那么这样的评审也就形同虚设了。
评审人邀请应该有回避制度，不能邀请作者的利益相关方，例如作者的亲朋好友甚至是同一单位的同事作为评审人。在寻找评审专家时，有时还会碰到科学家之间的学术分歧甚至个人恩怨问题，可能影响到评审的公正性，因此要尽量避免评审人和作者之间有这种关系。有些作者会提出一个希望邀请的评审人名单和希望回避的评审人名单。按笔者的管见，编辑最好不要从这些人中邀请，而要在此之外再找合适的专家评审以保证公正。若编辑对某些来稿的内容过于生疏，不知道该找谁评审，有时也会要求投稿人推荐若干评审人以便从中挑选。这时比较合适的做法是要求作者所推荐的评审人不得是作者同一单位的，甚至至少要有几位不同国家的科学家。有些作者被拒稿后会提出申诉，编辑如果觉得其申诉不无道理的话，可以要作者在修改之后作为一篇新稿重新投寄，另外再找别的评审人评审。
如果每篇来稿都能找到非常熟悉稿件内容的专家认真而公正地评审的话，刊物的质量将得到可靠的保证，但即便如此，也难免因学术见解不同而导致错误评价。可惜的是，实际情况不可能如此理想，因此就会出现本来不应接受的稿件给接受了，或是很有创意的优秀论文却给拒绝了。这还不涉及到学术腐败的情形。
现在，某些杂志见利忘义、学术腐败已经成为公害，其往往表现为违反评审人邀请原则，放松对“自己人”稿件的评审。有些主编发接受函时要求投稿人必须或者“鼓励”投稿人引用其刊物上的文章，从而虚假地提高该刊物的“影响因子”。因此，光有同行评审制度未必就能保证刊物质量。编辑，特别是主编的科学道德操守才是关键。
在传统上，评审人都是匿名的，编辑只负责向投稿人转达评审意见，不透露评审人姓名。有时，文章送审之前，编辑就把稿件中有关作者身份的信息都去掉了。即便如此，评审人依旧能从文章的蛛丝马迹中猜到作者可能是谁。1996年3月至1997年6月，《澳大利亚医学杂志》（The Medical Journal of Australia (MJA)）率先试行将同行评审情况公开，读者不仅可以看到评审意见，也可以看到是谁评审的。这虽然能提高评审质量，防止评审人以及编辑马虎操作甚至学术不端，但是会大大延长评审时间，并导致评审人产生顾虑而不愿意评审，因此较难推广。某些杂志上的“读者来信栏目”从广义上说是同行评审在文章发表之后的一种延续。
同行评审虽然是保证刊物质量的重要手段，但也有许多弊端。
同行评审在作者和读者之间加了一道关卡。同行评审可能会压制有悖主流理论的不同看法，扼杀可能引起科学革命的新思想。评审人容易对观点相左的研究结论特别严厉，对观点相同的结果异常宽容。另外，匿名评审容易造成评审人滥用评审权，评审不公。这方面的例子可以追溯到1796年《哲学会刊》拒绝詹纳（Edward Jenner）有关天花疫苗的革命性报告。
有一次笔者和同事合作的一篇论文提出了一种二维复杂度的新指标，有位评审者质疑道：“你们文章的标题上说的是二维复杂度，而实际上却可以推广到任意高的维数，名实不符。”我们的回答是：“只是因为在实用上二维复杂度应用最广，我们才在标题上这样提。这应该是一个优点，而不是缺点。”还有位评审者评审道：“你们所用的证明方法不高级。”我们的回答是：“证明方法只要能证明我们的指标合理可靠就行，证明方法本身简单与否并不重要。”幸而主编觉得我们的解释有理，予以采纳，否则稿件就可能被不合理地拒绝了。
许多时候，同行评审已经流于形式。有些稿子的主要结论中至少有一处基本错误，却还是通过了同行评审。如果能请到合适的评审人更仔细地评审，这些错误本应能够发现的。1998年有人对同行评审做了个实验，他们泡制了一篇假论文送审，结果许多评审人没有找出稿中的错误，绝大多数评审人甚至没有发现文章的结论并不能为其结果所支持。[5]
同行评审中有造假现象。2014年11月，有人投稿给国际知名刊物《自然》（Nature），投稿人推荐的评审人其实是他自己的化名，如果编辑相信了他的推荐，就会变成作者自己评审自己了。历史上弄虚作假通过评审发表后东窗事发而不得不从杂志撤稿的也非个案。单是2015年8月，Springer出版社就有10种杂志撤下了64篇这样的文章。[6]
评审人可能滥用其评审他人文章时获取的信息。为了防止这一点，现在有些作者在正式投稿之前，会将论文先行发表在预印件网站上。不过，有些杂志因此就不再接受此类稿件了。下面，我们就要讲到什么是预印件。
向一份同行评审的杂志投稿，从投稿到发表最顺利也得几个月的时间，原因之一是合格的评审人往往很忙，而认真评审一篇科学论文、提出中肯的意见又非常耗时，很难指望评审人在同意接受邀请以后就立刻放下手头的一切优先进行评审。
按照笔者的经验，认真的评审人极少同意“来稿无需修改就可发表”，甚至很少同意“只需做小修改而无需重审”。多数情况是需要做大修改，甚至要补充实验后再审。如有评审人提不出多少具体意见就表示可以完全接受或直接拒稿件的话，笔者是不放心的，宁肯再找人重新评审。
如果两位评审人中有一位认为投稿不能接受的话，那么编辑就得再找一位评审人进行评审。这样几次来回平均大概得花半年到九个月的时间，而且还得假定没有稿件积压。若情况不顺利，花上一年多也不算奇怪。因此一些急于公布结果的研究人员就找到一条途径，论文正式发表于同行评审的杂志之前，就先以预印件（Preprint）的形式在网上公布。这样既可以保证自己发现的优先权，也可以尽早得知同行的反馈意见，便于修改和正式投稿。另外，有作者可能觉得受到了评审人或编辑的不公正对待，自己的论文有价值却得不到发表，因此他们也会希望有一条途径不经评审就能昭告同行。
应上述需要，从1991年起，网上就逐渐推出许多数据平台，可供研究人员公布其预印件。预印件在这些平台上公布以后，有些杂志会因所谓的因菲尔芬格（Infelfinger）规则——也就是不能一稿两投——而拒绝再接受此类论文。不过绝大多数杂志还是允许来稿先在预印件平台上公布。2016年8月，国际出版物数字标识（Digital Object Identifier, DOI）基金会下属的Crossref宣布了一项建立发表预印件机构的计划[3]，同月还有提议要建立有关生命科学预印件服务中心。[4]
目前国际上已有不少发表预印件的平台，以下列举其中的一些网站：
1.arXiv（网址https://arxiv.org/），学科范围包括物理、数学、计算机科学、定量生物学、金融和统计学。该网站建立于1991年，是美国洛斯阿拉莫斯国家实验室（Los Alamos National Laboratory）为交流有关高能物理的预印件而建立的，历史比较悠久，影响也比较大，所以现在有许多同行评审的杂志允许有关高能物理的论文直接用arXiv的编号投稿。2016年，每个月都有8,000篇预印件上传至arXiv。
2.Authorea（网址https://www.authorea.com/）覆盖所有学科领域，创立于2012年。
3.bioRxiv（网址http://biorxiv.org/）针对生物学，创立于2013年。
4.2016年8月美国化学学会宣布要建立专用于化学研究的预印件服务器ChemRxiv。
5.engrXiv针对工程技术，创立于2016年。
6.Nature Precedings的内容包括生物学、医学、化学和地球科学，始于2007年而终于2012年。
7.PeerJ PrePrints（网址https://peerj.com/articles/）的内容包括生物学、医学卫生和计算机科学。
8.MDPI's Preprints内容涵盖各个领域，是由“国际分子多样性保存”组织（Molecular Diversity Preservation International，MDPI）于2016年6月创立的预印件服务器。
9.PhilSci-Archive始于2001年，内容为科学哲学。
10.PsyArXiv是2016年8月才建立的有关心理科学的预印件服务器，免费服务。
11.SocArXiv创立于2016年7月，内容为社会科。
12.Social Science Research Network（网址http://www.ssrn.com/）创立于1994年，内容为社会科学和人文科学。
13.Zenodo（网址http://zanodo.org/ ）创立于2013年，是一个研究数据库，也作为预印件库，可上传资料50 GB。[5]
国内的预印件网站主要是中国科技论文在线（Sciencepaper Online），它经教育部批准，由教育部科技发展中心主办（网址http://www.paper.edu.cn/）。网站创立于2003年，旨在“免去传统的评审、修改、编辑、印刷等程序，给科研人员提供一个方便、快捷的交流平台，提供及时发表成果和新观点的有效渠道，从而使新成果得到及时推广，科研创新思想得到及时交流。” 中国科技论文在线所发表论文的版权归作者本人所有，并可为作者提供该论文发表时间的证明，并允许作者同时向其它专业学术刊物投稿。
不过，目前预印件对职称评审不太算数，除非日后能在同行评审的杂志上正式发表。
由上面的简单介绍可以看出，虽然以预印件作为发表方式的历史很短，但是发展很快，特别是新的网站纷纷建立，这种趋势值得注意。
在互联网出现之前，作者很难以一己之力广泛传播研究结果。现在作者投寄的论文均已是电子文本，无需再次排版，也无印刷必要，而且在网上公布，顷刻之间就可以传遍全球。电子出版物应运而生。一场科学出版的变革风暴已经露头。
公开获取 一些作者为了扩大自己工作的影响，就付给出版社一定的费用，这样他们发表的文章就可以在网上让读者免费阅读和下载全文，这就是所谓的公开获取（open access）（图5）。现在甚至有了完全免费的网上科学论文杂志，例如大名鼎鼎的生命科学杂志eLife（网址 http://elifesciences.org/) 和科学与医学杂志 PLOS ONE（网址 http://journals.plos.org/plosone/）。PLOS ONE 创刊于2006年，来稿首先由一位学术编辑评审，这位编辑同时决定邀请哪位外部评审人。录取率一般在70%左右，平均每天发表85篇论文，是世界上最大的杂志，依靠收取出版费来运行。
图5. 公开获取的标识符。网站上用此符号标识的文章可以免费下载全文。
公开同行评述 前面我们谈到了同行评审存在的某些问题，针对这些问题，有人提议在论文发表后，对其进行公开的同行评述，鼓励同行评议已发表的文章，也鼓励作者答辩。由人类学家塔克斯（Sol Tax）创立于1959年的《当代人类学》（Current Anthropology）第一个做出了此类尝试。1990年出版的《心理学》（Psycoloquy）是第一份网上公开的同行评述杂志，不过该刊已于2002年停刊。
2001年，《大气化学和物理》（Atmospheric Chemistry and Physics (ACP)）将论文发表分为两个阶段：在第一阶段，论文投寄到该刊，编辑初步筛选后立即在该刊的专门网页《大气化学和物理讨论》（Atmospheric Chemistry and Physics Discussions）上公布，然后才正式邀请同行评审，并在网上公布评审人的意见（既可匿名也可具名），读者也可具名发表看法，作者也可回答。完成同行评审之后进入第二阶段：如果编辑部决定接受该文，文章才会在杂志上刊登。这一做法取得了很大的成功，《大气化学和物理》很快被评为气象学和大气科学领域中的顶级杂志。
不过，《自然》（Nature）在2006年6月所做的实验并不那么令人鼓舞。《自然》对一部分稿件同时采用两种评审方式：既作传统的匿名同行评审，同时也在网上公布进行评议。结果只有5%的作者同意参加实验，而参加实验的论文只有54%有人评议。这可能是因为研究人员太忙，同时对公开姓名也心存顾虑。并且，同时进行的传统匿名评审也可能影响研究人员的参与积极性。
2006年，英国的一群学者创立了一份网上杂志 Philica，所有来稿都当即发表，任何研究人员都可以匿名发表评审意见，这些意见刊载在每篇文章之后。
最近又有好几份杂志采用出版后同行评审，并同时发表评审意见的方式。例如，2014年科学杂志《生命》（Life）建立了一套公开同行评审系统，每篇论文的定稿、同行评审报告以及作者的答复作为一个整体发表。
以上杂志只对自己发表的论文进行公开同行评述，另外还有些独立网站则专门从事出版后的同行评审，例如 PubPeer, Publons, JournalReview.org 等。
互联网带来的新问题 网上出版所需的费用很低，这也给一些“科学商人”以可乘之机，在网上出版“垃圾杂志”。这些杂志往往把自己的刊名取的和有名声的杂志相近，鱼目混珠，不经本人同意就把一些学者的名字列入编委名单，对来稿不作任何评审。它们通过电子邮件征稿，以收取出版费为目的，平均每篇文章收费178美元。
2013年美国科罗拉多大学有位图书馆研究人员比尔（Jeffrey Beall）编列出一份超过300的垃圾杂志清单，不过他估计实际数目可能有好几千。其中许多杂志的出版商是印度OMICS出版集团，该集团威胁要对他发起诉讼。OMICS在给他的信中声称：“让我们在一开始就警告你，你已经走上了一条非常危险的道路，你将面临严重的法律后果，包括在印度和美国对你提出刑事指控。”比尔回应说此信“写得很糟，人身威胁”，只不过是“企图从OMICS的恶劣行为上转移话题。”同一年，为《科学》（Science）工作的一位作家博安农（John Bohannon）故意假造了一篇问题多多的医学论文，投寄给许多“垃圾杂志”，居然被60%的杂志接受。康奈尔大学的一位研究生戴维斯（Phil Davis）把计算机生成的胡言乱语拼成一篇文章投寄，在付费之后也居然被接受，不过他撤了稿。
这种垃圾杂志已经成为公害，其发展势头值得警惕。2010年共有约53,000篇文章发表在这种杂志上，而到2014年数目增加到了约420,000篇。受害者大部分是发展中国家的作者。[8]
该如何应对这种乱象？一些人主张要加强同行评审的透明度，例如公开同行评审，或是出版后同行评审。不过许多人认为问题不在于同行评审制度的缺点，“问题完全不在于此，这是一个敲诈、欺骗和不负责任的问题。”如何与这种垃圾杂志作斗争已经成为净化学术环境的一大挑战。
总之，出版的电子化和互联网的出现深刻影响了科学论文发表的体系，现在的变化还只是高潮前的序曲，此间有创新，也有漏洞，有机遇，也有挑战，今后会怎样，让我们拭目以待吧！
[1] "Philosophical Transactions: 350 years of publishing at the Royal Society (1665–2015)"：https://royalsociety.org/~/media/publishing350/publishing350-exhibition-catalogue.pdf
[2] https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Philosophical_Transactions_of_the_Royal_Society&oldid=742219110
[3] "Getting ready to run with preprints, any day now – Crossref Blog": http://blog.crossref.org/2016/08/getting-ready-to-run-with-preprints.html
[4] "Creation of a Central Preprint Service for the Life Sciences | ASAPbio": http://asapbio.org/summary-of-a-central-preprint-service-model
[5] Baxt, W. G.; Waeckerle, J. F.; Berlin, J. A.; Callaham, M. L. (September 1998). "Who reviews the reviewers? Feasibility of using a fictitious manuscript to evaluate peer reviewer performance". Annals of Emergency Medicine. 32 (3 Pt 1): 310–317.
[6] https://en.wikipedia.org/wiki/Scholarly_peer_review
[7]https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Preprint&oldid=745140372
[8] https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Predatory_open_access_publishing&oldid=746050284
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