微生物多样性分析神器Qiime的centos 6.7的安装历程

生信人 · 公众号 · 生物 · 2017-05-29 09:45

正文

QIIME （Quantitative Insights Into Microbial Ecology）是一个专门针对于微生物群落的分析pipline，可以进行OTU,以及多样性分析等等。拥有处理16s rRNA所需要的软件并呈现相应的处理结果。所谓分析pipline必是集成软件，QIIME也不例外。因此安装起来超级麻烦。

下面记录一下我的艰难历程：

首先根据官网安装教程进行安装，需要先安装 miniconda 然后再使用命令安装

conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda

上述步骤非常顺利的安装完成。

随即按照官网测试命令跑一下走通了，兴高采烈的跑程序，建流程木有问题，除了usearch那玩意需要自己配置（看這里）之前，其他的都能够运行完，很easy。

但是，但是。。。。。。。作为处女座的一员总是感觉每次要用Qiime1之前需要输入这命令，感觉好不爽啊，如图：

为此决定试试用pip安装一下qiime1,一下子问题就来了

pip install qiime

第一个过不去，问题如下

仔细分析之后，断定安装matplotlib包时应该是缺少freetype,迅速安装freetype：

wget http://download.savannah.gnu.org/releases/freetype/freetype-2.4.0.tar.gz
tar -zxvf freetype-2.4.0.tar.gz
cd freetype-2.4.0
 ./configure 
make && make install

make install时遇到问题：