10X Genomics V(D)J 测序：免疫分析从零起步学（四）【完结篇】

生信人 · 公众号 · 生物 · 2020-05-06 07:39

正文

哈啰大家好！~~本精神小伙儿又来更新啦！！

10X 系统免疫分析入门系列到今天是第四期了，必须是要完结的。战线拉得太长的话，时间间隔太大，不方便各位进行参考学习。以后在我的实际工作中，如果有什么新的体会，我会以简短番外的形式不定期更新该系列，请大家继续期待~~

最后这一期我们来讲一讲cellranger vdj可视化结果的解读。

我之前说过，10X系统好就好在它上手迅速，流程完备，封装完美，傻瓜式一体机操作，虽然是基础分析，但胜在结果可读性强，容易理解。

上回书讲了结果文件中的一些表格类，序列类和注释类文件的解读。这回我们抛开那些冰冷无趣的数字，来康康五彩缤纷的图表类结果。

在10X V(D)J cellranger流程的结果文件中，有一个文件以 .vloupe为后缀，这个就是可视化结果。

在安装完Loupe V(D)J Browser之后（安装问题见第一期），我们就能在这个软件里打开可视化结果。这里面需要注意的是，单细胞转录组分析的可视化结果所用的软件叫Loupe Cell Browser，和用来看免疫结果的软件不一样，用的时候不要混淆。

用Loupe软件打开 .vloupe文件，首先会看到一个柱形图。这个柱形图反应了该样本中，每一种不同的BCR（TCR）克隆型出现的频率（也就是在该样本中，有多少个不同的细胞中存在相同的克隆型），从大到小依次排序。在主面板的上方，偏右侧的两个按钮可以设置柱形图的展示数量，并实现频率与所占百分比的转换。最右面的按钮可以将柱形图下载到本地。

最左面的下拉菜单可以选择柱形图的展示内容。除了可以看克隆型的分布之外，还能查看CDR3序列的丰度，以及VDJ基因的分布和丰度。

页面的右侧展示每一个克隆型的具体信息，包括克隆型的链类型，即TCR是α链（用TRA表示）还是β链（用TRB表示），在BCR里，则表示是重链(IGH）还是轻链（IGK或IGL）。每个克隆型标注了检测到的VDJ基因（D基因常因较短，突变较多而捕捉不到）名称，最后一列是该克隆型的频率信息。

右侧最下方，可以根据不同的条件，对想要的克隆型进行筛选。可以输入想要的CDR3区域的氨基酸序列或者核苷酸序列，或者查找特定的VDJ基因等。下载按钮序列可以对筛选出来的克隆型进行下载。

当把鼠标移到右面，点击任意一个克隆型的任意一条链时，整个界面会从Chart View模式进入 Chain View模式。

这个模式当中包含的要素过多，我挑重要的部分给大家说一说。（突然押韵）

Loupe这个单词，本意是放大镜，有时特指珠宝商用来看珠宝的那个专用的镜子。所以，这个软件名副其实，能带我们看清结果中的很多细节。

10X Genomics V(D)J 测序：免疫分析从零起步学（四）【完结篇】

正文

请到「今天看啥」查看全文