【研究思路】单细胞转录组测序揭示微环境细胞表型转化与Randall斑进展关系

单细胞测序及空间转录组学生物信息分析会议日程

第一天上午

单细胞测序技术与应用

1. 单细胞组学技术的发展和原理。

2. 单细胞在各个科研领域的应用。

3. 单细胞高分文章分析思路解析（细胞群鉴定、拟时序分析、差异表达、功能富集、转录因子、细胞通讯等）。

4. 单细胞组学分析常用数据库介绍及使用。

理论

第一天下午

单细胞组学数据分析实操

1. R 语言简介及安装， RStudio 的安装及使用说明。

2. R 语言语法介绍及常用命令。

3. R 语言的数据处理功能及统计应用。

4. 10X 官方单细胞软件 Cellranger 讲解及实操。

5. 从基因表达矩阵开始到 marker 基因筛选全过程讲解及实操。

6. 通过 Seurat 软件进行 PCA 及 tSNE 降维。

7. 单细胞转录组细胞鉴定及聚类分析。

8. 单细胞转录组差异分析。

实操

第二天上午

单细胞转录组轨迹、通路、转录因子等分析及绘图实操

1. 通过 Seurat 合并多样本及消除样本异质性。

2. 通过 Monocle 软件进行单细胞转录组拟时间分析。

3. 通过 DAVID 及 metascape 网站进行通路富集分析。

4. 通过 GSVA 计算细胞通路得分信号等。

5. 通过 cellphonedb 进行细胞互作分析。

6. 通过 infercnv 推断染色体拷贝数变异。

7. 通过 SCENIC 软件进行转录因子预测分析。

实操

第二天下午

空间转录组 + 单细胞测序联合分析

1. 空间转录组基本概念及原理。

2. 单细胞及空间转录组研究思路及案例分享。

3. 单细胞和空间转录组联合课题设计。

4. 空间转录组数据分析。

5. 通过 Seurat 进行空间变量特征的识别。

6.