就常规情况而言，员工的工资、社保、个税应该在同一个主体公司下，但是，在实操过程中会遇到这几种情况。
那公司只有工资代扣代缴个税，没有社保，企业是不是有很大的涉税风险？
或者企业只在总部为员工缴纳个税，没有缴社保，会不会被税务局认定公司有问题？
这需要分情况来看：
情况1：企业人资不变，企业如何面对税务稽查？
需要企业从多方面证实，比如企业调配协议、按协议发放薪酬、有签名文件等。
情况2：企业人员调配，企业如何面对税务稽查？
就像案例那样，李四在深圳总部交社保，调拨到上海公司，只扣个税。这种情况怎么办？账务上可以把这部分社保作为其他应收/应付挂账，上海公司可提供内部证据作为税前列支。
其实，李四完全可以在总部缴社保和发工资扣个税。由于上海承担社保、工资，则需要上海公司支付给深圳总部，同时，深圳总部给上海分公司开票，作为税前抵扣凭证。
因此，工资与社保的涉税风险必须与企业管理相关联。
三位一体常见问题解答
1.
签订北京的劳动合同，工作地点写其他城市，社保缴纳可以在工作城市吗？
答：
通过劳动合同约定员工的工作地点是可以的，但是，只将社保缴纳在其它城市，与工作城市不在一起，又没有与劳动合同和工资个税在同一个单位下，这种在操作层面可以实现，
没有保证合同、社保和个税在同一个单位，还是不合规的，建议统一调整到一个单位户下，同时，建议要么在总公司，要么在工作城市。
2.如果总公司在深圳，工作地点不在同一个工业园，全部由总部签合同、发工资、缴纳
社保，这种情况是否属于“三位一体”？
答：
您好，总公司统一签订合同、发工资、缴社保，然后临时派驻员工到属地工作，是符合政策规定的，符合“社保注册地缴纳”原则。
如果不在同一个城市，建议你提前做好员工的社保异地报备工作，保证员工在异地工作的社保待遇享受。
3.在北京发薪、缴纳社保、签订劳动合同，但工作在外地有影响吗？
答：
您好，如果是临时工作在外地，可以按照临时派驻的方式处理，是没有影响的，提前做好异地安置和报备工作，但是对属地的社保、个税挂钩的政策享受可能会受到影响。
如果长期异地工作，建议结合企业实际用人情况、业务安排及员工待遇综合判断，优先在员工实际工作地，其次在公司注册地。
4.合同签订在深圳总部，社保和其他缴纳在北京是否可以？或合同、社保在分公司，个税在总公司，有影响吗？
答：
您好，这类操作方式是存在的，但是政策要求合同、社保和个税保持一致，尤其是申请工伤、生育等待遇时，要求劳动合同、社保和工资个税在同一家单位，所以，要注意待遇申请等无法享受问题，可能为企业带来一定的风险，建议在同一个单位保证“三位一体”。
5.一直在第三方人力资源公司代缴，但是个税都是零申报，且没有发放工资，这样会影响以后退休吗？（北京地区）
答：
您好，只代缴社保，没发放工资没有个税，本质上是不符合北京市合规要求的，可能还涉嫌骗取待遇。在2020年的《关于赵某在京参保缴费相关问题的处理意见》中，最终对赵某在京缴纳的社保费作全额退款处理。在企业员工达到退休年龄，由用人单位来为其办理退休手续，真实劳动关系一定会涉及工资支付个税申报等情况，所以，建议避免代缴，通过其它方式实现合同、社保和个税保持一致。
