MSDD：一个人工整理的具有实验结果支持的miRNA、SNP、疾病数据库[NAR. IF=10.2]

MSDD全称为The MiRNA SNP Disease Database，是一个人工整理的数据库，提供了miRNA、SNP和人类疾病之间的关联信息，并且这些结论全都具有实验结果支持。该数据库文章发表在2017年11月份的Nucleic Acids Research核酸研究杂志上。通讯作者为哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院的李霞教授、宁尚伟教授、李孔宁教授。

文章链接为：https://doi.org/10.1093/nar/gkx1035。数据库链接为：http://www.bio-bigdata.com/msdd/。

通过对2000多篇发表论文的回顾，MSDD收录了182个人类miRNAs、197个SNPs、153个基因和164种人类疾病之间的525个关联关系。关联关系整合的信息包含，具体的miRNAs、SNPs、靶基因、疾病名称、SNP位置和等位基因、miRNA功能失调类型、实验技术、简短的功能描述、原始的参考文献，以及附加的注释信息。

MSDD的数据源和数据库结构如下图所示。与miRTarBase、HMDD v2.0、Lnc2Cancer等数据库网站的构建过程类似。在PubMed数据库中，利用如‘SNP miRNA,’ ‘polymorphism miRNA,’ ‘SNP microRNA’等关键字进行搜索，显著与miNRA 、SNP、疾病相关的文献将会被下载下来。接着，通过至少两个研究人员的审核，从而获得相关的信息，包括靶基因、SNP突变信息、失调类型、实验验证类型等。

MSDD网站提供了，浏览、搜索和下载功能。如下图所示，用户可以很方便的查看和检索，miRNA、SNP、靶基因和疾病之间的关系。

当前，miRNA-SNP与疾病相关的文献以指数形式增长，是近些年研究的热点。整合相关有价值结果是当务之急的一件事。构建MSDD数据库不仅仅提供了实验支持的miRNA-SNP与疾病的关系。在与miRNA相关的人类疾病研究中，也提供了更加全局的信息。

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