学习笔记总结于『生信技能树』马拉松课程

一、GEO数据库实操

1.点击Series

2.点击图5红框内容，使网页中只显示芯片的结果，而不显示高通量测序等等其他技术的结果；红框右边一列是物种，也可用来筛选

other 是不同于芯片、高通量测序等等的其他类型，可能是最新技术

3.此时再搜关键词

4.点击任意一个芯片GSE，拉到网页最下面

5.如果在GEO数据库中直接搜索到的结果较少，可在网站 pubmed 中搜索，记得加上一些关键词

别人用过的数据，我们同样可以拿来使用，也不用担心数据的年代过于久远

二、基因表达量芯片的数据形式

表达量芯片是一种常用的基因表达测量技术，它可以同时测量成千上万个基因的表达水平。本文对三大芯片公司（Affymetrix、Agilent和Illumina）常用的表达量芯片数据形式展开介绍

1.Affymetrix芯片数据形式

CEL文件：Affymetrix芯片的原始数据通常以CEL（Cell Intensity）文件的形式存储。CEL文件包含了每个探针的强度值，表示基因的表达水平

CDF文件：CDF（Chip Description File）文件是Affymetrix芯片的注释文件，它提供了探针序列、基因注释和探针的物理位置等信息