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Image J角度测量、粒径测量和其他基础测量

研之成理 · 公众号 · 科研 · 2019-11-10 07:00

正文

角度测量

角度测量有专门的角度测量工具 Angel Tool ，不过利用直线工具也可以进行简单的角度测量。

1 、选择 File-Open Samples-Leaf ，打开软件自带例图；

2 、利用 Angel Tool （角度工具）画出要测量的角度，比如下图的叶脉夹角，然后选择 Analyze-Measure （快捷键 Ctrl+M 或者 M ），即可得到角度值；

3 、利用 Straight Line （直线工具）画一条直线（下面的青色线条），然后选择 Analyze-Measure （快捷键 Ctrl+M 或者 M ），也可以获得一个角度，这个角度是直线与 X 轴正半轴的夹角；

粒径测量

Feret’s diameter（费雷特直径） 是对不规则颗粒大小描述的常用参数。经过该颗粒的中心任意方向的直径称为一个费雷特直径。可以每隔 10° 方向取一个费雷特直径，一般用这 36 个费雷特直径一起描述一个颗粒， 36 个费雷特直径可以取平均费雷特直径、最大费雷特直径和最小费雷特直径； 如果为了获得更精确的数据，旋转角度步长可以更小。

在 Image J 里面， Feret 表示最大费雷特直径，采用 a double loop over the corner pixels 算法进行计算； minFeret 表示最小费雷特直径，采用 0.5 度步长旋转角度进行计算。

下面统计一些颗粒的粒径，前面4步具体见： Image J进行细胞和菌落计数：不能装逼的几个方法。

1、 File-Open Samples-Blobs ，打开一张例图；

2、 Image-Type- 8-bit ；

3、 Image-Adjust-Threshold ，默认参数， Apply ；

4、 Process-Binary-Watershed ；

5、 Analyze-SetMeasurement ，勾选 Feret’s diameter ；

6、 Analyze-Analyze Particles ，勾选如下 ;

7 、 Results （结果） 里面可以看到粒径信息： Feret （最大费雷特直径）、 FeretX 、 FeretY 是最大费雷特直径的左上角端点坐标， FeretAngle 表示最大费雷特直径和 X 正半轴夹角， minFeret 表示最小费雷特直径；可以自行计算最大和最小费雷特直径的几何平均值来表示粒径大小。

其他基础测量

其他基础测量是指 ImageJ 的 Set Measurements 中所列的测量选项。在进行测量（ Analyze-Measure ）之前需要先勾选所需要测量的选项，最后结果才会有该项目。

选择 Analyze-SetMeasurement ：

在《高分文献中的 Western Blot 定量柱状图是如何实现的 ? 》一文中我们已经用过 Area （面积）和 IntergratedDensity （加和密度）测量了。剩下的都是一些基于选区的常规测量，把这些测量选项翻译如下，都比较好理解，顾名思义即可。

下面几个可能不太好理解，大概说一下。

LimitTo Threshold （限定到阈值）是指通过 Threshold 建立选区之后，进行的测量是否限定在选取之内，如果不勾选，测量的就是整个图片；
Display Label （显示图源标签）在涉及到多张图片测量的时候很有用，可以将每一个测量结果进行来源区分；
Add To Overlay （添加到 Overlay ），如果在选取测量之后，还需要进一步操作的时候可以勾选此项。
Redirect To （重定向）可以将同样的选区测量设置，应用到相同视野的下一张照片，无需再次建立选区。

本文来源：张老湿科研作图，欢迎大家关注

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Image J角度测量、粒径测量和其他基础测量

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