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生物分子交互作用与cytoscape (二)

生信百科  · 公众号  · 医学  · 2017-09-25 10:46

正文

同一时间,相约网络!

输入raw data

一个两列的tsv/txt文件足够了,这是构建网络需要的最少的信息,如果需要添加其他属性的话,只要加入其它列就够了。

edge属性,2-4列都是对应边的一些属性,用于网络的可视化。

node属性,用来添加节点的一些属性,表中2-3列都是第一列节点的属性。

导入数据

我们以version 3.3.0版本为例,打开后界面如下:

导入界面,数据为RUAL.subset.edge.tsv文件,数据格式如右图所示。

数据导入之后界面,最简单的格式就是三列,互作的基因id分别位于1,3列,互作的类型为中间一列。

我们可以导入属性数据,比如ID的基因名字,可以在后面对ID进行替换。表格格式如图右所示。

网络展示

网络构型有很多种类型,比如:


数据调整

数据导入之后,就自动生成网络图了,样式可以根据我们的需要进行调整。

其中style对于网络中的点的颜色和性状进行了定义,当然背景颜色也是可调的。属性由以下几种常用的:

对于边来讲,也有许多可调的属性。


为了方便的自己查阅或者把我们的分析结果更好的展现出来,往往要对默认的形状格式进行调整,这取决于我们对美的理解程度。

替换ID


直接看图操作







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