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多管齐下!孟德尔随机化+731个免疫细胞表型+Meta分析!昆明市第一人民医院完美思路豪取12+,0实验还不来学!

生信图书馆  · 公众号  ·  · 2024-07-01 19:00

正文

哈喽,各位小伙伴们!孟德尔随机化(MR)最近风头正盛,于是生信湾想找一些与众不同一点的孟德尔随机化文章,这不让生信湾发现了一篇高分文章,快来和生信湾一起学习吧~

最近免疫表型细胞特别火,相关高分文章层出不穷!这不,今天生信湾给大家分享的这篇文章也不例外,作者集齐了731个免疫表型细胞,同时采用MR+Meta分析的方法,探究免疫细胞和乳腺癌之间的关联。这样的好思路非常值得大家借鉴!

1、 MR方法的应用 :利用MR方法从遗传学角度评估免疫细胞表型与乳腺癌之间的因果关系,减少了混杂因素和逆因果关系的偏差,提高了因果推断的准确性。

2、 大规模免疫表型数据的应用 :文章利用了GWAS数据库的大规模免疫细胞表型数据,大规模数据集为研究提供了丰富的免疫表型信息,使得对免疫细胞与乳腺癌关系的研究更加全面和深入。

3、 多种分析方法的综合运用 :研究不仅使用了传统的逆方差加权(IVW)方法进行元分析,还结合了MR-Egger和加权中位数方法,这为评估免疫细胞表型与乳腺癌之间的关系提供了更为全面的视角。

(PS:孟德尔随机化作为当下比较热门的工具,生信湾这里还有很多新的分析方向和分析技术,对于有技术难度的小伙伴们快来扫码私聊!)

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题目:免疫细胞与乳腺癌之间的关联:孟德尔随机化和 Meta 分析的见解
杂志:International Journal of Surgery
影响因子:IF= 12.5

发表时间:202 4 6

乳腺癌是全球女性中最常见的癌症,近年来,在乳腺癌免疫表型研究方面取得了显著进展,特别是在多色流式细胞术、分子成像技术和肿瘤微环境分析方面。这些技术提高了诊断、分类和检测微小残留病的能力。因此,本研究通过MR和Meta分析,探讨免疫细胞表型与乳腺癌之间的关联,为精准医疗和个性化治疗策略提供支持。
(1)GWAS ID ieu-a-1126数据集:包括228,951名个体,其中122,977例为病例,105,974例为对照组,以及10,680,257个SNPs。
(2)Finngen R10数据集:包括201,713名个体,其中18,786例为病例,182,927例为对照组,包含21,295,580个SNPs。
(3)免疫细胞表型数据则来源于GWAS目录,GWAS ID范围从GCST90001391到GCST90002121,基于3,757名欧洲个体的研究
本研究首先从GWAS目录和数据库中获取731种免疫细胞表型与乳腺癌关联的数据,随后进行 MR分析和Meta分析 。通过IVW、MR-Egger和加权中位数方法评估因果关系,并对显著P值进行多重校正。最后,进行反向MR验证以确认免疫细胞表型与乳腺癌之间的因果方向。
1 免疫表型对BC的因果关系
研究发现,两种免疫表型在MR分析结合meta分析和多次校正中表现出强烈的显著相关性。对于CD28+ CD4-CD8- T细胞的免疫表型CD3,结果如下:在BCAC数据集中,IVW结果为OR = 0.942 ;MR Egger结果为β = -0.095;加权中位数结果为β = -0.060。在Finngen R10数据集中,IVW结果OR = 0.956 ;MR Egger结果为β = -0.070;加权中位结果为β = -0.035。在两个数据集中,所有三种MR方法的β值在方向上是一致的。两个数据集的IVW结果Meta分析显示OR = 0.945 ,经Bonferroni校正,证实 免疫表型是抗BC的保护因素
图1 meta分析森林图
图2 CD3对CD28+ CD4-CD8- T细胞在乳腺恶性肿瘤中的作用
图3 CD3在CD28+ CD4-CD8- T细胞在BC
对于CD33- HLA DR+的免疫表型HLA DR,结果如下:在BCAC数据集中,IVW结果OR = 0.977;MR Egger结果为β = -0.016;加权中位数结果为β = -0.019。在Finngen R10数据集中,IVW结果OR = 0.960 ;MR Egger结果为β = -0.064;加权中位结果为β = -0.058。在两个数据集中,所有三种MR方法的β值在方向上是一致的。两个数据集的IVW结果Meta分析显示OR = 0.973 。经Bonferroni校正,证实该 免疫表型是抗BC的保护因子。
图4 HLA DR对CD33- HLA DR+对乳腺恶性肿瘤的影响
图5 CD33的HLA DR - BC的HLA DR+
综上所述,通过MR分析, CD28+ CD4-CD8- T细胞上的免疫表型CD3和CD33HLA DR+上的HLA DR在两个不同的数据集中显示出与BC的显著相关性 ,随后进行meta分析和多次校正显著p值。 这两种免疫表型都被证明是对抗BC的保护因素,可能减缓疾病的进展
2、BC发病对阳性免疫表型的因果关系
在研究免疫表型对BC的影响的研究中,通过对FDR调整后阳性结果的反向验证,使用双样本孟德尔随机化,主要采用IVW方法,确保了稳健性。同样,FinnGen数据库对乳腺恶性肿瘤阳性免疫表型影响的β系数为-0.011,OR = 0.99。BCAC数据库中关于BC有利免疫表型的数据显示,β系数为-0.052,OR = 0.095。这两个结果都表明,






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