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国自然及高分文章创新的一个思维模式:从A到非A

猫头鹰教室  · 公众号  ·  · 2024-11-21 12:00

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昨天我们梳理的“炎症”相关的主题推文( 国自然申请|研究“炎症”,有哪些“科研热点”或者方向? )中,有一项研究大家可能也关注到了:

达格列净以 SGLT2 非依赖方式 抑制巨噬细胞介导的炎症反应抑制慢性心力衰竭。

达格列净 作为 SGLT2 的抑制剂 可改善慢性心衰,而靶点 SGLT2 被抑制后则不能改善心衰 ,这就引出来一个 药物与靶点的作用不完全一致的问题 ,从而成为这项研究的一个亮点。从另外一个角度来说, 这也是国自然(特别是高分文章)的一个创新性模式的“套路”或者经典思维方式 —— 挑战经典,反向而行

稍微拓展一下: 在报国自然的时候为什么要把挽救 ( 回复 ) 实验放到预实验中?

我们可以延续上面这篇文章的思路:当我们看到达格列净改善心衰的作用后, 是不是会从潜意识里默认“达格列净 = SGLT2 抑制(沉默)” ?然后从 SGLT2 表达的细胞、细胞的表型和相关机制进行探索,然后就会发现: 怎么 SGLT2 沉默后没作用啊?下游的机制也说不通啊? 然后就会陷入自我怀疑中,后续不同人就有不同的选择了。 可能很多人不会思考“一开始默认的达格列净 = SGLT2 抑制(沉默),在我的研究中一定成立吗?”

这个思维方式的核心逻辑是: 之前大家对某个事情的认识是 A 我偏偏挑战 A 并尝试找到 A 的反例——“非 A ,即证明“非 A ”存在、有价值以及说明非 A 的原因,从而提出突破性的发现。

这也是很多发表在顶刊研究文章的 Figure 1 最重要的原因—— 因为 Figure1 直接抛出了“非 A ”的存在的多重证据,而后续的 Figure 则围绕 Figure1 的发现展开。

这样的例子非常多, 比如糖基化 RNA glycoRNA 2021 Cell 研究:

研究团队在摘要里面就说: 糖链可以修饰脂质和蛋白质,以介导生命各个领域中的细胞间和细胞内分子相互作用。 人们并不认为 RNA 是糖基化的主要靶标。在这里,我们用证据挑战这一观点,表明哺乳动物使用 RNA 作为第三个糖基化的支架。

那这个思维方式对我们实际开展研究的时候有什么参考呢? 个人观点是: 结合实验结果的思考和质疑,让我能更全面的看数据所呈现出来的结果,特别是组学数据。

这样的例子我通过文献分享的方式说过很多。 比如大家非常熟悉的:

  • 先前大家认为 LncRNA/CircRNA 是非编码 RNA 不能翻译为蛋白 A ),研究发现 有特例能编码蛋白 A );

  • 先前大家认为 PKM2 是糖酵解的代谢酶 A ),研究发现 PKM2 还能作为 RNA 结合蛋白 A )发挥作用

  • 先前大家认为 细胞膜和细胞外分泌性的 PDL1 是经典的免疫检查点 A ),研究发现 细胞核定位的 PDL1 nPDL1 )发挥转录调控作用 A );

  • 我们 默认多巴胺通过受体发挥作用 A ),研究发现 多巴胺直接参与蛋白翻译后修饰发挥作用 与受体无关 A )……

所以对很多新开展课题或者要报项目的同学来说,可以思考这个问题: 将课题组一直以来做的药物、分子或者基因 1 所形成的认知圈设定为 A ,是否有跨出这个认知圈 A 的非 A

比如: 课题组一直做 E3 蛋白泛素修饰酶,课题组的认知是 E3 通过诱导底物蛋白泛素化降解发挥功能 A ),那 E3 是否不通过这个方式发挥作用呢?比如 E3 介导组蛋白单泛素化修饰从而调控基因转录 A1 ),甚至 E3 以非泛素化相关方式结合另外一个蛋白 P ,从而调控 P 所参与的信号通路和功能 A2 )等等。

最后, 形成这种思维不难,大家看好的研究多了自然会形成,我想更难的地方在于:是否能遇到认可和欣赏这种思维的导师、老板和专家,以及能否给出关键扎实的实验证据支持这种创新想法。

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