Gene ID 转换工具

阅读文献或查询数据库的时候，经常遇到各种各样的Gene Symbol、ID、name，一个基因在不同数据库中往往有不同的名字，马甲太多，尤其是ensembl这个数据库。举例说明，非编码基因DDX11L1，它在ensembl中的名字是ENSG00000223972，但，有时候在文献中它还叫ENSG00000223972.5或ENSG00000223972.4。其实有规律可循，DDX11L1在ensembl中的ID是ENSG00000223972，在GRCh38中叫ENSG00000223972.5，而在GRCh37中叫ENSG00000223972.4。也就是说ID小数点后面数字代表ensembl版本号。在转换ID的时候要把小数点及后面的数字去掉，以免有些数据库不识别。因为NCBI不支持ensembl的基因ID，因此本文介绍一下Ensembl与NCBI Gene ID的转换工具。

1. DAVID：https://david.ncifcrf.gov/conversion.jsp

DAVID主要用于基因功能富集分析，它支持多种gene ID。它有一个专门的ID转换工具：Gene ID Conversion Tool。

1）粘贴上要转换的gene ID，如果基因多的话，就放在文件里，上传文件。

2）选择这些基因的类型：此处为Ensembl Gene ID。

3）选择基因类型：ID转换用“Gene List”。

4）选择把Ensembl Gene ID转换成什么类型的ID：此处为ENTREZ_GENE_ID。

5）最后提交：Submit List。

2. ENSEMBL： http://asia.ensembl.org/biomart/martview/ed5cf4d3337ba783ed44f2993a07acef

NCBI不支持ensembl的ID，ensembl却支持NCBI的Ensembl Gene ID。Ensembl还提供ID转换。注意：在转换ID的时候要把ensembl ID小数点及后面的数字去掉。

1）点击“Dataset”，在右侧选择对应的gene ID类型。

2）点击“Filters”，继续点击右侧的“GENE”，最右侧选择输入的gene ID的类型，并上传文件。最多500个ID，不能做大量的ID转化。

3）点击“Attributes”，选择输出的内容，输出EnsemblGene ID和ENTREZ GENE ID。

4）最后点击“Results”就会返回结果了。

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