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到底是谁在说发文难啊?浙江大学团队巧借CTD数据库+分子对接+少量实验,8+TOP轻松拿下,毕业党的滔天富贵快接住!

生信图书馆  · 公众号  ·  · 2024-09-11 19:00

正文


要说生信任的发文利器,那公共数据库说第二可没人敢称第一,简单明了,又不需要经费熊熊燃烧,0实验高分论文即刻收入囊中!方法不难,心动了没有?哈哈!馆长我今天就给大家带来这篇文章~ 浙江大学夏大静团队 巧借 CTD数据库,干湿结合, 轻松拿下 二区TOP ~

这篇文章题目为“Prolonged exposure of environmental concentration benzo[a]pyrene promoted cancer stemness through AhR/PKA/SOX2 dependent pathway in small cell lung cancer”,发表在《Journal of Environmental Sciences》( 自2019年首次进入JCR分区后影响因子连年上涨 ,这样的宝藏期刊谁能不心动呢?),该论文主题是探讨环境浓度的苯并[a]芘(BaP)对小细胞肺癌(SCLC)干细胞特性的影响及其潜在的分子机制,旨在揭示吸烟和环境污染物如何通过特定的分子机制影响SCLC的发展和预后。文章通过结合 临床样本分析 体外实验 ,在 分子、细胞和组织 层面上验证了研究假设,更增强了研究结果的可靠性和说服力。巧借生信数据库和分子对接等工具,让论文更是锦上添花~

PS:馆长真心希望大家paper多多,科研顺利~用好生信这把好武器,发文也不愁~有不明白的可随时扫码联系馆长,向好文章发起冲锋,馆长永远是您前行路上的好伙伴!另外馆长这里还有生信学习交流群,想加入的call我吧~

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题目:环境浓度苯并[a]芘长期暴露通过AhR/PKA/SOX 2途径促进小细胞肺癌的癌变

杂志: Journal of Environmental Sciences

影响因子:IF=8.2

发表时间:2024年1月

公众号回复“123”领取原文PDF,文献编号:240911

研究背景

小细胞肺癌(SCLC) 一种侵袭性极强的肺癌类型,与吸烟有强烈的相关性; 苯并[a]芘(BaP) 是一种多环芳烃,常见于环境和香烟烟雾中,与肺癌风险增加有关。SCLC具有高侵袭性和治疗抵抗性,这可能与 癌症干细胞(CSC) 相关,目前BaP如何影响SCLC中的CSC特性尚不清楚,因此该研究旨在了解 SCLC与吸烟、环境污染物(特别是BaP)之间的关联 ,以及这些因素如何通过影响CSC特性来促进SCLC的发展。

研究思路

研究团队分析了吸烟者和非吸烟者的尿液中3-羟基苯并[a]芘(3OH-BaP)水平,评估吸烟与BaP内暴露水平之间的关系。随后利用比较 毒理基因组学数据库(CTD) 筛选与BaP相关的SCLC干细胞特性基因,并在在SCLC患者样本中进行 基因表达以及体外实验验证 ,随后进行 信号通路 的探索,并在 动物模型 中进行进一步的体内验证。整体而言,论文的研究思路从流行病学调查到分子机制探索,再到体内外实验验证,通过这种方法,研究者能够深入理解BaP如何影响SCLC的发展,并为未来的治疗策略提供科学依据

研究结果

1.吸烟导致SCLC患者BaP暴露水平升高和预后不良

研究团队进行 荟萃分析 ,发现吸烟者尿液中的3OH-BaP水平显著高于非吸烟者,这表明吸烟会导致体内BaP暴露水平增加。 临床数据分析 显示,吸烟的SCLC患者比非吸烟患者有更高的淋巴结转移率、更高的病理N分期,并且总体生存率更差。总之, 吸烟增加了BaP暴露水平,并与SCLC患者的不良结局相关。

图1:吸烟导致SCLC患者BaP暴露水平升高和预后不良

2.通过基因筛选分析,发现PRKACA与BaP暴露和小细胞肺癌的癌干性相关

利用 CTD数据库 ,研究者筛选出75个可能参与BaP相关SCLC干细胞特性的基因,为了验证上述75个基因在人SCLC样本中的表达模式和生物学过程,SCLC和LCNEC患者之间的差异表达基因( DEG )显示PRKACA(蛋白激酶A催化亚单位α)表达水平最高; GO分 析显示PRKACA参与了发育期间胚胎上皮的生成和组织,基于这些发现,研究团队假设了小细胞肺癌中BaP暴露、PKA活化和肿瘤干细胞状态之间的潜在相关性。

图2:通过基因筛选分析,发现PRKACA与BaP暴露和小细胞肺癌的癌干性相关

3. 低剂量BaP长时间暴露上调SCLC细胞PKA表达

体外的 WB和荧光染色 实验显示,长期暴露于环境浓度的BaP(即使在生理浓度水平),SCLC细胞中PKC-α蛋白水平升高,从而导致PKA转导的信号级联。此外,实验观察到,无论是高剂量短期暴露还是低剂量长期暴露于BaP,都可以增强SCLC细胞的迁移能力,但对细胞增殖的影响不显著。。

图3:低剂量BaP长时间暴露上调SCLC细胞PKA表达

4. PKA C-α通过抵消SOX 2和E3连接酶COP 1之间的相互作用稳定SOX 2

将PKA C-α和GSE 9074上调基因重叠,获得3个候选基因:SOX 2、CDC 42 EP 1和PRKACA,其中SCLC中SOX 2的频繁扩增。通过 ClusPro分析 PKA C-α和SOX 2的相互作用发现二者具有较好的亲和力, 免疫共沉淀 实验验证了这一结论。UbiBrowser预测发现SOX2与E3泛素连接酶之间存在网络互动。免疫沉淀结果表明PKC-α可能通过对抗COP 1介导的泛素化和SOX 2降解来调节SOX 2蛋白水平。总的来说,以上结果表明PKA可以直接与SOX2相互作用,保护SOX2免受COP1介导的泛素化和降解,从而维持SOX2的稳定性,并促进SCLC细胞的干细胞特性和转移能力。

图4:PKA C-α通过抵消SOX 2和E3连接酶COP 1之间的相互作用稳定SOX 2

5.H89靶向PKA抑制BaP诱导的小细胞肺癌转移

为了进一步探讨PKA在体内的促转移作用,研究团队建立了SCLC的 裸鼠模型 。在裸鼠模型中,使用PKA抑制剂H89可以抑制BaP诱导的SCLC细胞在体内的转移,这进一步证实了PKA在SCLC进展中的重要作用。。

图5:H89靶向PKA抑制BaP诱导的小细胞肺癌转移

文章小结

总的来说,该论文主要内容是研究环境污染物苯并[a]芘(BaP)如何通过特定的分子机制影响小细胞肺癌(SCLC)的干细胞特性和肿瘤转移。研究发现,吸烟导致的BaP内暴露水平增加与SCLC患者的不良预后相关。长期的环境浓度BaP暴露可以通过激活AhR/PKA/SOX2信号通路,增加SCLC细胞的干细胞特性和促进肿瘤转移。特别是,PKA的激活和对SOX2稳定性的调控在BaP诱导的SCLC进展中起着关键作用。这些发现为理解吸烟如何促进SCLC的发展提供了新的分子机制,并为未来的治疗策略提供了潜在的靶点。







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