基因编辑技术的精准化发展极大推动了生命科学研究,并为遗传病治疗提供了强有力的工具。先导编辑(Prime Editing, PE)作为一种高度灵活的基因编辑策略,无需依赖DNA双链断裂(DSB)或外源供体DNA模板,即可在目标位点实现精确的插入、缺失或碱基替换。相较于CRISPR-Cas9和碱基编辑(Base Editing)技术,PE有效降低了脱靶效应,拓宽了基因编辑在基础研究和临床应用中的潜力。PE的蛋白组分主要由nCas9(nickase Cas9)和逆转录酶(reverse transcriptase, RT)组成。尽管PE在提高编辑精度方面已展现出独特优势,但目前对其逆转录酶是否会影响哺乳动物细胞内源性的DNA损伤修复机制仍缺乏系统研究。
本研究结合活细胞成像、激光微照射(laser microirradiation)及高通量测序等技术,探究逆转录酶在DNA损伤位点的招募,并解析其对内源DNA修复路径选择的影响。
首先,我们利用CRISPR-Cas9在哺乳动物细胞特定位点诱导DNA双链断裂(DSB),并通过扩增子测序(amplicon sequencing)分析逆转录酶在DNA损伤修复过程中的作用。结果表明,逆转录酶的表达显著提高了插入事件的比例,同时降低了缺失和同源重组(HR)修复的发生率,提示其可能影响细胞对不同DNA修复路径的选择。进一步,通过激光微照射实验,我们观察到逆转录酶能够迅速募集至DNA损伤位点,且这一过程不依赖于已知的DNA损伤感应因子。此外,我们发现去除RNase H结构域的紧凑型PE显示较低的DNA修复活性,这可能使其更适合临床应用。
我们的研究揭示了PE及游离的RT在染色体断裂修复中的新功能,并呼吁进一步评估PE及逆转录酶在哺乳动物细胞中的长期影响。这一发现不仅深化了对逆转录酶在DNA修复过程中的机制理解,也为提升PE系统的安全性和编辑精度提供了重要理论依据。
麻省大学医学院薛文教授课题组长期专注于新型基因编辑技术的开发,并致力于将该技术应用于肿瘤研究及遗传病治疗。本研究由薛文教授担任通讯作者,博士后郑春伟和张刚明为共同第一作者。
《自然-生物技术》
Nature Biotechnology
DOI: 10.1038/s41587-025-02568-1
The reverse transcriptase domain of prime editors contributes to DNA repair in mammalian cells