5步教你用MEGA如何画进化树

从进化树的构建来讲，若对理论的了解不深入，在选择模型的时候可用NJ或者ML建树较为妥当。对于初学者，首推MEGA软件，因为它是Nei开发的方法并设计的图形化软件，使用起来非常方便。

MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis，分子进化遗传分析），可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。

Mega优缺点：

优点：操作简单，集比对、画图于一体

缺点：图不够美观，只能绘进化树，对图形的修改不可恢复。

最新版本：MEGA 6.06 for windows

MEGA下载地址：http://www.megasoftware.net/

MEGA的主界面：

步骤：

1.序列导入

准备fasta格式序列文件（fasta格式：大于号>后紧跟序列名，换行后是序列）把所有序列放在同一fasta文件内，注意：所有序列的方向都要保持一致（5’ – 3’）。

核酸序列：

>gene1

CCGTTAGCATGCCAGGCTCCGCATAAAGA

氨基酸序列：

>gene1

MQSPINSQMAEMAEQFGFSNNMAGSIAF

可以通过Data导入数据也可以通过file导入数据。

如果打开的文件是比对结果，选择Analyze；如果打开的文件是序列文件，选择Align。

另外双击这些后缀名文件即可自动导入序列，导入后会弹出MEGA比对界面。如果fasta 序列导入报错，多是因为序列长度不同导致：

如果序列长度不同，可以采用新建文件，将序列文件导入的方法。

步骤：Align → Edit/Build Alignment → create a new alignment → Data → open → Retrieve sequences from File

将复制输入的序列另存输出看看。

步骤：data → Export alignment → fasta format

序列长度都被用横线补齐了。

2.多序列比对

选择muscle或者clustalw进行比对：clustalw 一般用于DNA ，muscle多用于蛋白。

在比对之前需先选中要进行比对的序列（Shift），还可以对序列或者序列名进行编辑（双击）。

比对参数选择：

保存比对文件，进化树分析提供数据。

一般导出的比对结果保存为fasta格式，或者直接点击保存按钮将结果，保存为二进制的mas或meg文件。

3.构建进化树

a.导入数据：将刚刚另存的meg 文件 重新导入到mega程序中（直接拖入工作界面），并选择构建进化树。

b.参数选择：参数设置，Bootstrap method一般选择1000~1500；第一次绘图时建议选择500，这样运行速度会比价快，结果合适再调至1000重新进行进化分析。

c.描述：

d.进化树可视化：

e.View→Tree/Branch style选择树的模式，也可以通过右图菜单进行选择。

f.进化树简单美化：

g.可视化文件的保存：

• Newick——标准树文件，用于下游可视化软件的导入

• png——压缩图像文件

• pdf——矢量图像文件

4.保存为png/pdf，显示不全怎么办？

——将图和图注复制到WORD中保存即可（Image Copy to Clipboard 粘贴到WORD）。

5.最后

使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。另外，还可以用Word进一步编辑MEGA构建的进化树。