做分子实验,谁也缺不了对基因进行定量定性,常规PCR和QPCR就分别是最经典的方法。然而实验结果是否可靠并好看和PCR酶的质量是绝对相关,当然价格也是大家考虑的因素,所以酶的性价比很关键。
琳琳姐之前一向喜欢kapa的酶,为什么呢,扩增效率高,各种结构(高GC高AT等结构随便扩增),当初kapa进入国内市场,送人家都没人愿意试的,但不过几年,kapa做的风生水起,被罗氏收购了,感觉再也买不起了,昨天罗氏的小伙子和我说现在已经基本不打折了。
不过呢,市场上还是很多人在意价格的。所以这次评测,我们征集了一些酶做测试,以普通PCR为实验,希望给大家找到性价比高一些的酶。
本次是以kapa、takara作为参照,征集了一些国产的酶,最终选出来的是abm公司(abm公司本部是在温哥华,但是人家说老板是过去留学的,镇江也有几千平米的实验室,国内国外都有,算是进口,也算国产,琳琳姐是不知道这个说法对不对)。
普通PCR
酶效能实验结果
一.实验条件
1.DNA样品
说明:图1为实验所用DNA模板电泳检测图,该实验使用同一管血液样品分别提取6次,图中最右边为2000 DNA Marker,其余条带从右至左依次为编号为1-6的DNA样品。表1为1-6号DNA样品浓度。
2. 实验仪器
仪器
|
生产公司
|
型号
|
漩涡振荡器
|
北方同正生物
|
HQ60-IV
|
低温冷冻离心机
|
eppendorf
|
5810R
|
掌上离心机
|
Cubee
|
G174
|
PCR仪
|
Applied Biosystems
|
9700
|
电泳仪
|
六一
|
DYY-6C
|
3.扩增条件
PCR扩增体系:按照各自说明书进行配比,如说明书中无特别说明,按以下配方进行配比:
试剂
|
体积(μL)
|
10X buffer
|
2
|
Taq酶(5U/μl)
|
0.2
|
dNTP(各2.5mM)
|
4
|
Forward primer (10 mΜ)
|
1
|
Reverse primer (10 mΜ)
|
1
|
Template DNA
|
1
|
灭菌水
|
up to 20
|
(本实验用
降落PCR
,可提高特异性)
4.实验器材及试剂图片
二、DNA不同浓度梯度扩增实验结果(引物3扩增)
说明:该实验使用取前一个实验中扩增结果较好的一对引物完成实验,下标为相同字母的产物使用的是同种酶扩增,
标记A皆使用Kapa的2G RobustHot Start酶,
标记B皆使用Takara的Ex Taq酶,
标记C皆使用@(
abm公司
)的2XPCR Taq酶,
标记D皆使用@(
abm公司
)的2X PCRBestaq酶,
标记E皆使用@(
abm公司
)的Hot Start酶,
标记F皆使用#(公司名不标识)的2X Taq PCR酶,
标记G皆使用*(公司名不标识)的2X Taq Plus酶,
标记H为空白对照。
改变模板浓度的扩增实验Takara的Ex Taq酶、@的2X PCR Taq酶和2X PCRBestaq酶,五种浓度都能扩增出目的条带,随着模板浓度降低,扩增产物电泳条带亮度逐渐变弱,Kapa的2G Robust Hot Start酶扩增效果到1ng/μl以下后明显减弱,只有极弱条带。根据图中条带亮度可以看出@公司和takara结果较好。
三.40对引物对同一DNA模板扩增实验结果
(说明:该实验比较7种酶的扩增能力,使用40对引物、同一模板以及相同扩增程序完成实验,下列所有电泳检测图中标注相同红色数字的为同一对引物扩增后结果。)
-
使用Kapa的2G Robust Hot Start酶扩增结果
2.使用Takara的Ex Taq酶扩增结果
3. @的 2X PCR Taq酶
(
abm公司)
4. @的 2X PCRBestaq酶扩增结果
(abm公司)
5. @的Hot Start酶扩增结果
(abm公司)
6. # 的2X Taq PCR酶扩增结果
7. *的 2X Taq PCR酶扩增结果
四.实验结论
☆☆☆☆☆
整体考虑,扩增效果最好的是Kapa的2G Robust Hot Start酶,其次是Takara的Ex Taq酶、
abm的2X PCRBestaq酶和2XPCR Taq酶
。
所以除了kapa和takara作为标准,
abm是筛选出来的,价格方面,
abm公司的酶确实实惠(比市面上国产的都将近要便宜
30-50%
)。
本次评测仅作参考。
引物附件:
样品编号
|
扩增引物名称
|
扩增引物序列
|
1
|
引物1-F
|
GCAGCACTCGGCTTTTAACC
|
引物1-R
|
ACCCCAAACCCAACCCATAC
|
2
|
引物2-F
|
ACCATACTATTATTCCCTCCC
|
引物2-R
|
CACCATACTTGGCTCCTATTT
|
3
|
引物3-F
|
AGCACAGCAATGAGCATTCGTA
|
引物3-R
|
TGCTGAGCCCATTGAGATTGTA
|
4
|
引物4-F
|
TTGTCTCCCACTGTTGCTATAA
|
引物4-R
|
CTACAACAGAGGCAGTTTACAGA
|
5
|
引物5-F
|
GAACCTGAGAAGATAGTAAGCTAGA
|
引物5-R
|
TACCAGCTGTGGGTCCAATG
|
6
|
引物6-F
|
GCTCAGAACCACGAAGTGTTTG
|
引物6-R
|
TGCATAGAGCAGTCCTGGTTTTAC
|
7
|
引物7-F
|
GTCAGCTAGAGTATGACAGAAAGT
|
引物7-R
|
ACAGCCCATGAAAGTGAATTTGT
|
8
|
引物8-F
|
ATCTTCCATTCCAAGATCCCTGATA
|
引物8-R
|
ATGCCACTCTCATCCATCATACT
|
9
|
引物9-F
|
TGATGAATCCTAGTGCTTGGCAAAT
|
引物9-R
|
ATCCTCCTTCCAGTTCTACCAGT
|
10
|
引物10-F
|
GCTGAGTCACAGTCTACAGCTT
|
引物10-R
|
TCTCCAAAAATACCTTCCAGCAC
|
11
|
引物11-F
|
GCACATAGAACAGCACTCGAC
|
引物11-R
|
ATCCATTCACAGTAGCTTACCCAT
|
12
|
引物12-F
|
CTGTGGTTAAAGCAATAGTGTGAT
|
引物12-R
|
ACCAAGATACGGGCACAGATT
|
13
|
引物13-F
|
CTACTTCTGCACCACTTTTGAG
|
引物13-R
|
GAAACTGGTTTAGCATGAGGCG
|
14
|
引物14-F
|
TGAGAGACCCCGAGGATAAATG
|
引物14-R
|
GCATTCTGTGGGGTGAAATACC
|
15
|
引物15-F
|
AAGCTGTGTTGCTCCAGTAG
|
引物15-R
|
GTGGTTCTACTTGTTGATTTTTCAG
|
16
|
引物16-F
|
CTTAGAACACCTAGTACAGC
|
引物16-R
|
GTCACCTCACCCAACTAATG
|
17
|
引物17-F
|
GGGTGCATGCTCTTCTAATGC
|
引物17-R
|
CTGCTACAGTCCCACCAACA
|
18
|
引物18-F
|
ATGAGTACCCACCTATTCCTGACA
|
引物18-R
|
AAATGTGGGATTGCCTCAGGT
|
19
|
引物19-F
|
GACTAGGAATAGAATGGGGAGAGTA
|
引物19-R
|
TCCTGTACACCAACTGTGGTAA
|
20
|
引物20-F
|
ATATCTATTCAAAGAATGGCACCAG
|
引物20-R
|
ACAATCTGTGTGCATCGGTTTTT
|
21
|
引物21-F
|
ATATGTGCCCTAGGAGAAGTGT
|
引物21-R
|
GTAAGAGAACAGCAAAAGCCAATAA
|
22
|
引物22-F
|
GTCATCTATTCCCTTGTGTGGC
|
引物22-R
|
CTTCAGGCTACTGGGATTCACTT
|
23
|
引物23-F
|
TTCCAAGGTTGTTTGTCTCCA
|
引物23-R
|
CTCAACCTGGCGATTGCTAAC
|
24
|
引物24-F
|
GTGACTGGCCTCAGTTTCCA
|
引物24-R
|
ACTCCTGGGTCCCTTCATCT
|
25
|
引物25-F
|
CATGCAGCTGTTGCCTGGT
|
引物25-R
|
AACACAGAGGCAGAGGGAGA
|
26
|
引物26-F
|
GCTGCTCTGTTTCCCTGCGT
|
引物26-R
|
ATTCTGACCCTCAAACCCTAGC
|
27
|
引物27-F
|
CAGAGTGGCGACCTCACTTA
|
引物27-R
|
ATTTGCCCTCACTAAAAACCATCC
|
28
|
引物28-F
|
TTTTGGGCAGAGCAGGAAGA
|
引物28-R
|
CACCTCCTTCCAGGCTTCAG
|
29
|
引物29-F
|
TTAAGGTTGGGCTGGGAGTG
|
引物29-R
|
CCAACACTTTGGCTCCACAC
|
30
|
引物30-F
|
TGTAGTGGGGTGGAGTGGAA
|
引物30-R
|
TATGCCAATGAGACAGCACAGA
|
31
|
引物31-F
|
GAGGCGGGTGTCCTAATCTG
|
引物31-R
|