老板最近让小妹我做一个缺氧相关的课题，研究一下和缺氧有关的lncRNA，小妹我把293T细胞放在低氧环境中造成缺氧，加上正常的293T，分别抽提了RNA，找了一家公司做了下RNA-seq，然后他们就给了我一堆数据，就像这样子，
光是看倍数变化以及P值
，依然有好几百个啊。
万里挑一偶买噶，研究哪一个？
这种情况相信很多童鞋也遇到过，想再进一步缩小目标的话，最流行的方法莫过于
GO、KEGG功能分析
了，恰好小妹朋友里有一个女性朋友小A，她是
相亲狂魔，至少相过50多个了，每次不是因为各种不满意拒绝了，小妹
不知怎么一琢磨，发现这相亲过程和
GO、KEGG注释
有几分相似之处，给你开开脑洞。
首先还是来再了解一下GO、KEGG功能注释是什么鬼？怎么就和相亲扯上边了。
（一）给每个分子贴上标签，便于检索
相亲的时候，
小A比较感兴趣的是
他有几套房、几部车、父母是否健康、癖好、年收入等，而
职场上HR想要挖掘人才的时候，都会想了解那些信息呢？最基本就是他(她)的姓名、住哪里、什么专业、211 or 985、户口、婚姻状况、任职经历、业务能力等
，
研究的领域不一样，关心的分子属性也会不同。
同样的，这么多lncRNA不可能全部研究，只能万里挑一，结合你所擅长的领域或者方向去挑选几个lncRNA研究下去。
(1) GO给每个分子贴上标签，帮助我们快速寻找到目标分子
GO中最基本的概念是“标签(term)”。
GO是用一套统一的词汇表来描述生物学中的分子功能、生物过程和细胞成分。
其思想大概过程：对于一个基因产品（蛋白质或RNA），用某些词汇来描述它是干什么的或位于细胞哪里、或者参与了哪个生物过程，而这些词汇就是来自GO的“标签”。比如"cell", "fibroblast growth factor receptorbinding"，或者"signal transduction"。
这些标签总共有可以分为三个类别:
-
细胞组分（CellularComponent, CC）
：一般用来描述基因作用的位置，比如说高尔基体，内质网这样的，就好比一个人的家庭住址一样；
-
生物学过程(biologicalprocess)
：描述的是细胞中不同活动现象，比如说蛋白质磷酸化，细胞粘附都是生物学过程，这就好比一个人是在投资银行还是在腾讯工作呢？
-
分子功能（MolecularFunction）
：可以描述为分子水平的活性，如催化或结合活性，描述的是分子具体的作用职能，就好比说你在投资银行干保洁工作呢还是高管啊；
最后就形成了诸如此类的描述：
①HOTAIR出没于胞核（CC），参与了组蛋白甲基化调控引发癌基因沉默（BP），具体是结合PRC2复合物以及LSD1（MF）。
②某相亲对象家住朝阳区、就职于某大型咨询公司，岗位是贺函或者老谭，外貌什么的其实已经不重要了。
(2)KEGG功能注释
其实和GO的作用是类似的，只是KEGG里面最知名的是代谢通路(pathway)的注释，它是查询差异基因参与的信号通路比较权威的数据库，KEGG Pathway对差异基因进行pathway分析，可以了解实验条件下显著改变的代谢通路，在机制研究中非常重要。
GO分析好比是将基因分门别类放入一个个功能类群的篮子，而pathway则是将基因一个个具体放到代谢网络中的指定位置。
（二）DAVID、PANTHER是常用的分析工具
GO、KEGG只是数据库并不能直接作出文章中那么好看的炫酷图，可以通过DAVID或者PANTHER分析后，在excel里面来实现。
DAVID：
https://david.ncifcrf.gov
（使用方法见
《基因功能通路和GO分析，你用什么软件做？》
）
PANTHER：
http://www.pantherdb.org/
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最后，利用GO、KEGG注释原理，小A相亲成功了，她看上了一个学医的。
