与艺术家对分殊性的关注相区别，理学家似乎着意指出统一性的存在。朱熹针对周敦颐“五行之生也，各一其性”而作出“气殊质异，各一其〇”的解释，就是在指出“各一其性”是“气殊质异”的同时，别具“各一其〇”的涵义。为了标示统一性的涵义，朱熹特意用了图像化的表达“各一其〇”，与周敦颐的“各一其性”相区别。方旭东通过细致的分析，将朱熹的这一思想作了充分的展开，同时他指出，朱熹由于对“各一其性”作了具体的“性”与共同的“〇”的双重解释，从而引起了严时亨的质疑。经过反复的解释，朱熹使得严时亨理解了理学的核心思想“理一分殊”关于物性的双重性规定。不过，正如方旭东指出的那样，如果坚持“理同”的前提，物各有自性似乎难以获得真正的确立。他讲：“在哲学上，事物间的差异究竟意味着什么？站在朱熹理一分殊的立场，对此的回答必然是：事物间不存在本质上的差异，在本质（本性）上，事物是相同的，犹如万川之水、万实之间（这是朱熹喜欢用的两个比喻），差异只是外在形式而己。这种观点在哲学上不能不认为有失偏颇。”
这样的判定是否真正符合朱熹的哲学，另当别论，因为朱熹的哲学固然被标示为“理学”，强调“理一”自然是应然之义，但朱熹理学的精神恰恰是在于标举“理一”的同时，而倾力于“分殊”的格物，这也是陆九渊批评朱熹支离的原因。不过，撇开这一层，方旭东这样的质疑是完全可以被接受的；而且可以推想，方旭东这样的质疑具有现代重视事物多样性的强烈诉求。从科学的观念出发，基于实证性的观察（格物），发现或证明某一普遍性原理，实乃基本的哲学预设与工作原理，朱熹关于物性的双向打开，逻辑上与此具有着高度的一致性，区别在于观察工具与符号表达，本质上就是工具的差异。如果不从科学的视角看，而是取伦理的关怀，虽然现代文明重视个体性，但是不得不承认，个体偏重当下性的特征在群体性的决策时，会自觉不自觉地趋向于未来性。这意味着物性，尤其是就人而言，个别性与统一性是存于一体之中的，方旭东的分析使得理学关于物性的哲学思考获得了清晰的展开。
与物性的分析相比，鬼神观显得颇具神秘色彩，在无神论一统天下的科学时代，传统的鬼神观已被彻底贴上迷信的标签，尽管在世俗的生活中它会不时地露头儿。鬼神的观念虽然显得神秘，但就其内涵及其延异，并不难以梳理。作为阴阳世界观的特定概念，鬼神原本只是对于阴阳之气的功能描述。通常，当鬼神并用时，鬼神便是指气之屈伸，鬼是描述阴气的回归，神是描述阳气的伸展；而当神被独立使用时，往往是对阴屈阳伸以为万物之妙用的形容。这是遍及阴阳之气的整个运行的，如果落在人的生命上，阴阳之气又被具体化为魂魄。简言之，阴气营造成人的身体，故有营魄的说法；阳气呈现为人的功能，便是阳魂。魂魄又各有细分，不待详说。鬼神与魂魄虽然都是对阴阳二气的指称，但彼此并不能简单等同，因为鬼神是指称阴阳二气的功用，而魂魄是阴阳二气落在人身的专称。
古人认为，当魂飞魄散时，人便是死了，但是魂与魄并非立即消散于天地阴阳之间，还将以另外的形态存在相当一个时间，其长短因人因环境而异。所谓另外的形态，魂魄分离，肉身之“魄（阴）降”便入土为安，功能之“魂（阳）升”则游荡于虚空。这个离开了肉身而游荡着的魂，一方面是回归自然，这便是“游魂为鬼（归）”，另一方面，它仍具有阳气之功用“神”（伸），二者之合，便是鬼神。所谓人死以后的魂魄不会立即消散，其长短因人因环境而异，则是指入土为安了的肉身的自然腐化需要时间，只要肉身尚未腐化，则其游魂便仍不消散。这也便是古人热衷于寻龙问砂，将世俗的营造实践总结成阴宅理论的原因。
上述的鬼神观，在朱熹的思想中是很清楚的，仍有不足的，实为方旭东在第二章《新儒学的鬼神观》开篇就指出的，“鬼神事自是第二著”。这个“第二著”是指鬼神是现实的存在而不是一种理论的存在。或许，方旭东讲的“现实”是指鬼神作为事物的客观存在，而我所谓的“现实”则是指鬼神是生活中的现实。
方旭东注意到陈淳的《北溪字义》专设“鬼神（魂魄附）”一门，并涉及具体内容：圣经说鬼神本意，古人祭祀，后世将祭祀演为淫祀，将鬼神演为妖怪。遗憾的是，方旭东以为“总体观之，其所述各项之间并无紧密的逻辑关联”，因此将此问题搁置，转向鬼神观念的分析。实际上，陈淳非常准确地领会了朱熹的思想，鬼神在理学家的世界中，固然有着理论上的意趣，但更重要的是在生活世界中的意义，即神道设教的功能。理学家不承认灵魂不灭，强调人有生必有死，死后回归自然，这一思想至晚明已深入人心，故利玛窦讲：“吾入中国，尝闻有以魂为可灭而等之禽兽者。”（《天学初函》）
但是，作为世俗化的中国社会，人何以在无所归宿的时间中确立起人生的意义，从而担当起现世的责任？这不是一个理论的问题，而是一个生活的问题。儒家孝道作为使人在生生不已中获得意义的教化，不能托之空言，需要凭借庄严的仪式得以呈现；但如果只是空洞的仪式，缺乏可靠的理据，仪式终将失去意义。鬼神的观念恰好提供了这样的理据，由阴阳化生万物中转出，鬼神在逻辑上是完全自恰的。然而，这个观念如果完全显性化，那么或者迫使理学家将由此展开的整个祭祀进一步演化为宗教，而这正是《北溪字义》中将古人祭祀而演为淫祀、妖怪，实乃理学家所厌弃的：或者彻底祛除鬼神的神秘性，从而使得祭祀徒为戏文。这样一来，鬼神的观念只有尽可能淡化，能使百姓日用而不知，慎终追远，民德归厚，便是最好的处理。
当然，方旭东对鬼神观进行细致的分析并不是多余的。相反，由于时过境迁，经过百年来破除迷信的科学洗礼之后，如何清楚地理解鬼神观，恰恰是今日人们跳出所谓科学—迷信对立的模式，真正理解包括理学家在内的传统生活世界及其背后理据的重要前提。因此，通过方旭东的细致分析，鬼神观犹如剥笋一般被层层剥去外壳，呈现出它的层次分明、由外而内的形态。
如果说在鬼神观的分析上，方旭东着意放弃陈淳的现实框架、倾心于观念本身的考辨，那么在悌道观上，他把分析的对象主要放置在生活的语境中，从而令人体会到理学家们的思想张力。《近思录》摘录了一则程颐与门人关于东汉司空第五伦的讨论。第五伦以无私闻名，但第五伦曾经举出两件事，表明自己仍不免私心：一件是他虽拒绝别人的送礼，并且最终也没有任用送礼者，但在心里却记着这个人。另一件是他的侄子生病时，他起床照看一夜多达十次，但归来仍能安睡，而他自己的儿子生病时，他虽没有去探视，却整夜难眠。这种行为与心理的间距，在我们的现实生活中不仅大量存在，而且远比第五伦所举两例要复杂得多，第五伦的故事将道德判识中的行为与心理的双重要素充分揭示了出来。
从道德的社会公共性来讲，自然应该以行为作为主要的判识依据，唯此则能够规范人的社会行为，也能够比较顺利地延展到法律层面；但是，道德终究不完全是公共性的行为，在人的主体性的意义上讲，心理对于人的道德精神的意义更为重要。因此，在传统时代，人们在现实生活中并不截然舍此而取彼，而是往往要看具体的情况，最典型的例子莫过于新文化运动以来所批判的：“百善孝为先，万恶淫为首。”据清人王之春《椒生随笔》，此联原文是：“百善孝为先，论心不论事，论事世间无孝子；万恶淫为首，论事不论心，论心天下少完人。”清人梁章钜的《楹联丛话》，文字稍有不同：“百行孝为先，论心不论事，论事贫家无孝子；万恶淫为首，论事不论心，论心终古少完人。”梁章矩所记的“贫家”，将王之春所记的“世间”具体化了，更易让人体会。由这幅楹联，至少可以看到传统时代人们在处理现实生活的道德判识中有几层考量：一是行为与心理都是考察的要素，这是基本的共识，否则就不必专以“孝”“淫”二事来区别说明 “论事”（行为）与“论心”（心理）；二是在承认行为与心理都需要考量的基础上，善事更以心理为主要依据，恶事更以行为为主要依据，也许善事本已有益于社会，心理动机的纯正更添意义，而恶事有害于社会，务须在行为上彻底否定；三是将行为与心理分开，间接地承认一方面人虽有善心但未必一定做得成善事，鼓励人起善心，另一方面人都不免有邪念但却可以止于邪念而不做成坏事，提醒人抑制邪念。概言之，无论善恶，心上的工夫实乃最重要的下手处。
方旭东在《近思录》所载第五伦这一案例的分析中，最终彰显出程朱对于人心理上的真诚与虚伪的揭示。诚与伪的识别不是根据外在的东西，而是基于人的根源性的东西，诸如血缘、生理所引发的心理情感，也就是说，新儒学伦理的行为基础“是建立在一种承认人性情感合理流露的自然主义立场之上”，因而宋明理学对现实生活中的道德践履的理解与指导从根本上便是基于人性的，而不是吃人的。
从显在可证的物与物性，到隐晦难明的鬼神，最终直面万花筒般的人世百态，新儒学无不给予细致的观察、体会，进而加以深入的辨析、论证与阐述，因此，新儒学与十二世纪以降的传统中国社会其实具有相融无间的关系。对这样的关系做粗暴切割，不仅会造成巨大的创伤，而且是徒劳无益的。改革开放以来，宋明理学的研究得到恢复、持续推进，民间社会修谱、立祠、建书院、宗亲活动已自发兴起，足以表明新儒学的巨大影响。此外还需要在现在的认识水准上，对宋明理学各个方面与各个层面做更深、更细的分析，才能有效地推进思想上的导源开流。在这个意义上，方旭东的这本《新儒学义理要诠》正是呈现出某种“分析的”力量，使宋明理学某些为前人所不够重视的问题获得了更清晰的阐释，从而使得宋明理学的丰富性得以展现。当然，在充分肯定这样“分析的”工作意义的同时，绝不是认为，宋明理学的真精神就是存在于这样的分析中，必须指出，“分析的”儒学都应导向生命的切己体会与展开，否则便是只知其往而不知其复了。
