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直播视频集锦 | GROMACS 基础与自由能计算专题课程

研之成理 · 公众号 · 科研 · 2020-03-09 07:00

正文

以下是第一期GROMACS 基础与自由能计算专题课程视频集锦

内容介绍

一、主要方法概述，Gromacs简介，分子动力学模拟原理简介，力场文件生成，输入文件介绍，计算结果分析。

二、自由能微扰FEP方法，实例：水中甲烷溶解自由能的计算

三、热力学积分TI方法，实例：蛋白配体复合物的结合自由能

四、伞状采样US方法，实例：单个多肽从原丝纤维生长端的分离

五、MMPBSA方法，实例：蛋白配体复合物的结合自由能分解

六、更深入问题的建议参考资料

课后答疑

各种方法讲解的思路如下：

主讲人： 裴老师（天津大学，精通GROMACS、 Gaussian、 Multiwfn、 VMD/Mercury、 packmol/MS等计算程序。）

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