方法论个体主义所持的方法论原则是分析主义: 事物均可以从其组成元素得到解释; 因此，对事物的研究，就是去分解或分析其构成元素。这种分析主义或对事物进行不断分解的思维，可以追溯到古代希腊的德谟克利特。依据这种分析主义传统，只要是物质，都可以进一步分解为更基本的元素，而物质不过是这些元素的某种模式组合的产物。例如，水由水分子构成，而水分子则是由两个氢原子和一个氧原子组合的产物( H2O) 。这种分析主义的方法论思想，就包含了元素普遍性的思想。例如，只要是水，就可以用两个氢原子和一个氧原子的组合来加以解释。虽然社会生活不可简化为类似自然界的存在，但社会生活同样可以从分析层面去发现一些基本元素，而这些元素具有分析意义上的普遍性。例如，在经济匮乏的条件下，消费者往往都具有“货比三家”的相同行为。尽管不是所有贫困国家的消费者在购物时都会去货比三家，但作为一种行为元素，在分析层面上具有普遍性。
不过，与自然科学不同，元素导向( 微观偏好) 的社会科学并不会在分析层面上不断地深入到越来越小的元素。之所以如此，是因为社会生活现象无法像自然科学那样，进行无限简约。元素导向的社会科学的分析单位的细化，必须确保研究对象的性质不发生改变。
社会科学与自然科学在自上而下的分析层级上所面对的约束性差异，引出了“终极分析单位”的问题。所谓“终极分析单位”指的是对事物进行分析时，所能分解到的最后一个元素层级; 如果再往下进一步分解出更小的元素，就会让事物的性质发生改变( 如把人所构成的社会现象分解为生物电流、脉搏、化学物质等元素，就让人变成了生物，而不再是人) 。
通常来说，持方法论个体主义立场的学者，往往会把终极分析单位分解到“行为元素”、 “观念元素”或“价值元素”一级。霍夫斯泰德就把解释不同国家的文化分解为“权力距离”、“不确定性规避”、“集体主义/ 个体主义”、“性别导向”、“长期取向/ 短期取向”等维度，而每个维度则进一步分别分解到“平等倾向或接受不平等”、“集体主义或个体主义”、“男性主导或女性主导”、“风险承担或风险厌恶”、“长期取向或短期取向”、“自我约束/ 放纵”等元素。
与方法论个体主义者不同，方法论整体主义者往往倾向于拔高“终极分析单位”。
比如，中国人常常喜欢对熟人说“改天我请你吃饭”，但实际上并不落实。按照“诚实与否”或“承诺兑现”的测量尺度来测量，它属于 “不诚实”或“承诺兑现力弱”。但是，如果考虑到它的文化嵌入性，那么，用“诚实”或“承诺兑现”的测量尺度来测量并不十分恰当。虽然用这个普遍的测量尺度可以得到一个变量值( 不诚实、不兑现承诺) ，却并没有充分揭示这一行为的意义。从中国的文化情境看，这一行为更像是一种关系确认性的礼仪行为。我们对不同社会关系距离不同的人说不同的话，如果某人对他人说“改天我请你吃饭”，意味着彼此的关系距离较近、但又不是特别密切的状态。从这个角度看，中国人说的“改天我请你吃饭”，多半是一种仪式性行为( 关系确认仪式) ，而不是一种邀请性行为。而只有在更大的分析单位中，才可以更清楚地看出这一点。
那么，在这里，究竟是因为分析单位的大或小，还是因为其他因素导致了知识通用派和知识本土派的分歧? 表面上，双方的分歧在于解释项的分析单位的大和小的差异。但实际上，双方的差异在于研究对象的嵌入性程度。以上述中国人的不兑现的“改天我请你吃饭”的邀请为例。这种说话方式就是一种文化嵌入程度较深的社会交流行为。因此，要获得有关这种行为的效度化知识，必须拔高终极分析单位 ( 文化情境) 。在这里，文化嵌入性程度较深是因，拔高分析单位是果。正因为某个研究对象的文化嵌入性较深，因此，对该研究对象的解释项( 自变量) 的分析单位，就要扩大到文化情境。正因为研究对象的深度嵌入性，有关该对象的知识的效度，就是深受该对象所嵌入其中的情境的约束。关于嵌入在其他情境中的某个对象的知识，未必就在另外一个情境中的该对象具有解释效度，因为该对象所嵌入的情境与其所嵌入的前一个情境不同。而同样一个研究对象所嵌入的情境不同，因为着它们的性质也不同。在这个意义上，注重研究对象的深嵌入性的学者( 即知识本土派) ，便倾向于本土化知识或地方性知识。
这种情形便可以揭示，何以知识本土派往往持有方法论整体主义的立场。在元素导向的分析单位问题上，方法论整体主义的学者之所以更倾向于强调社会科学知识的“本土契合性”、特殊性或本土性，是因为他们注重研究对象的“深嵌入性”条件下有关研究对象的知识的效度问题。在研究对象深度嵌入在情境中的条件下，对该对象的解释要有效度，就不能把解释项的分析单位界定得太小，否则，该研究对象所嵌入其中的社会结构或文化情境对其性质或状态的影响作用就会被遗漏。这种遗漏了情境差异对研究对象的性质和状态的影响的知识，就可能是缺乏效度的。也正是在这个意义上，知识本土派反对知识通用派的立场。后者在忽略了研究对象的深嵌入性的情形下强调知识的通用性，恰恰导致该知识缺乏通用性。不过，如果知识通用派把研究对象限定在“浅嵌入性”的条件下，那么，知识本土派对知识通用派的抨击就未必站得住脚。在研究对象浅表性地嵌入在社会结构或文化情境中的情形下，这些情境对研究对象的性质和状态的影响就相对较小。在这种情形下，把解释项的分析单位界定得小一些，的确可以提升知识的通用性。
但是，知识通用派信奉知识的通用性的依据，主要还不是在于解释项的分析单位的细小化，而是在于社会科学方法论的强规范性。以定量研究方法为例。研究方法论的一个规范是，要确定自变量对因变量的影响作用，必须对干扰变量进行控制。“变量控制”就是一个社会研究方法论的强规范。之所以说是“强规范”，是因为如果在干扰变量没有得到控制的情况下，研究者的研究结论是不会被学术共同体接受的。如果变量控制做得好，那么，研究结论的效度就高，同时，其通用性也较大。知识本土派所说的研究对象的深嵌入性问题，事实上也可以通过对情境变量进行控制来解决。在情境变量得到控制的条件下，既定的自变量对因变量的影响作用便可以清晰地测定出来。
在“变量控制”等相关方法论强规范的支配下，知识的通用性便是有条件的通用性，如:干扰变量必须得到控制、知识适用的边界条件必须满足。这意味着，知识通用派所说的知识通用性，是有其前提边界的。这些前提条件的满足构成其方法论的强规范。这种强规范的一个常见表述是: “在其他条件相同的情况下”。如果出现了某种存量知识不适用或无法充分解释的情形，这就意味着出现了针对该情形进行知识创新的机会。既然该知识无法解释某种现实，就有必要提出可以解释该现实的新知识。如果存量知识在解释不同情境下的同样对象缺乏解释力，却依然要“生搬硬套”该知识来解释这个对象，而不是抓住该知识对该对象的不适用性进行知识创新，这是那些缺乏基本方法论素养的学者的错，而不是知识通用派的错，把板子打在知识通用派身上，是打错了对象。
但知识本土派却撇开知识通用派所说的知识通用性的前提条件( 如“在其他条件相同的条件下”、在干扰变量得到控制的条件下) ，依据一些西方知识在中国缺乏解释力( 因此没有通用性) ，来抨击知识通用性立场。个别知识本土派曲解知识通用派所信奉的知识是“无条件的知识通用论”。然而，知识通用派所说的知识通用论，恰恰是“有条件的”知识通用论。当西方知识脱离在地情境去解释另外一个情境的某种情形时，只有“知识适用的边界条件具备”的情况下，它才具有跨情境效度。否则，它就可能没有这样的效度( 如: 不适于解释中国的现实) 。
可以看出，不论是知识通用派，还是知识本土派，都在追求知识效度，只不过，他们所追求的是不同条件下的知识效度。知识通用派是通过情境变量控制的“理想型情境”和元素的“弱嵌入性”的条件下来获得知识效度( 通用性效度) 。他们所说的知识通用性，是有条件的( 如变量得到控制、知识适用的边界条件得到满足) ，是一种“理想情境型”的知识通用性。知识本土派则是在情境变量未得到控制以及元素的“深嵌入性”的条件下来追求知识效度( 即具有本土契合性的知识) 。因此，他们所说的知识本土化，是试图在现实情境下去获得有效度 ( 本土契合性) 的知识。在这里，知识本土派是从“现实型情境”出发去追求知识效度的，而知识通用派是在“理想型情境”的前提下声称知识的效度的。
双方都在追求知识的效度，但双方所说的效度知识的前提条件不同: 知识通用派为其效度知识添加了限定条件( 变量控制、适用边界) ，而知识本土派则是西方理论无法充分解释本土实际的情形下，或者追加本土解释项 ( 如本土特殊情境) ，或者用本土社会中独有的自变量来替换西方的自变量。由于他们是在现实情境下去研究某个对象，而该对象具有对中国情境的“深嵌入性”，这使得他们不得不对中国的独特情境做出分析。由于中国的独特情境没有普遍性，相应地，个别知识本土派的学者不得不不窄化他们所获得的知识的适用范围: 只适用于解释本土现实。
但是，如果知识本土派不解决本土知识如何具有普遍性的问题，那么，知识本土派所倡导的知识，虽然有本土效度，但却可能游离于国际通用知识大树之外，失去与人类知识的联结的脉络。所以，知识本土派要解决本土知识的适用性过度窄化的问题，就必须把本土知识界定为类型普遍性知识。即使在现实中只存在一个案例，它也是人类知识大树上的一个类。而这个类是相对于其他类而言的，具有类型学意义上的逻辑联系。因此，在类型普遍性的意义上，中国的知识不是国际通用知识的“例外”或“与世界隔离”，而是一个独特类型的知识。而任何类型都是一种思维抽象，而任何抽象都是对独特经验现实( 类型的经验载体) 的一种超越:从经验个体上升为了思维抽象上的类型。何况在经验现实中，大多数类型都不只有一个经验载体(个案) ，而是有多个经验载体(个案) 。
可见，知识通用派和知识本土派在追求知识效度的目标上是一致的。但是，双方在追求知识效度的路径和策略上不同。但知识效度有一个跨情境效度的问题。前者所追求的是“理想情境型通用性知识”，后者所追求的是“类型通用性知识”。而本土化的类型知识既可以被呈现为“独一无二”、因而缺乏普遍性的知识 ( 经验型的特殊主义) ，也可以呈现为一种“同类通用”的知识。“类型通用性知识”指的是后者。而“同类通用”中的“同类”，其实也可以是一种知识通用的“理想情境”，因此，在知识通用的理想条件上，双方最终走到一起来了。所以，知识通用派和知识本土派相互之间的对立，常常是建立在误解的基础上。他们事实上并没有看起来的那么对立。只不过，他们所采取的研究路径和策略位于社会科学方法论的不同维度而已。在追求知识效度的目标和原则上，他们并没有太大的区别。
