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简单易用的序列处理工具SeqHandler介绍

生信人  · 公众号  · 生物  · 2017-09-16 07:31

正文

不懂编程的你,是不是经常会利用excel,或者记事本,通过把序列拆分成几十个一组,然后一个个的去数数去找38个位置上到底是啥。

这还好,如果只是找一个位置。如果你的老板让你找100个,1000个呢。

每当这个时候,你是不是想过要放弃科研。

亲爱的生信人,不要放弃,今天给大家推荐一款神器,不用编码,告别excel,轻松实现序列处理,走上科研巅峰,迎娶白富美。而且软件完全免费,是不是很给力。

不说了,感觉围观吧。


简单易用的序列处理工具SeqHandler

http://gap.shengxin.ren/tool/1/

支持功能

支持序列长度、ATCG统计、GC含量、反向互补、截取功能


在实际工作工程中经常需要处理一些序列,需要的功能可能也是极其简单的,比如:查看长度、ATCG各个碱基的含量、GC含量等等。我的做法是把那个需要拷贝到ipython(一个Python的解释工具),然后再各种操作,操作到了发现这些东西都是重复性的,而且是很简单的,于是就萌生了做一个简单的序列处理工具的想法。

现在SeqHandler的功能有限,仅有:长度、ATCG含量统计、GC含量统计、反向互补、截取子序列功能,大家对功能提一些建议。

使用的方法也是很简单地:

  1. 第一步,打开序列文件(必须是fasta文件),支持一个文件里面含有多条序列

  2. 选中序列

  3. 各种操作


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