在日本东京的某条小巷里有这样一家无名饭馆：
门帘上仅写着「饭屋」两个字；
营业时间为每天午夜 12 点到早上 7 点；
菜单上只有 5 种食物，却可以试着要求老板做出自己想吃的特别餐食；
餐馆的老板是一个脸上有刀疤的神秘大叔。
就是这样一家小小的深夜食堂里，发生了许许多多的故事。
故事从一个被遗忘在饭馆里的骨灰坛开始。客人们在饭馆的角落里发现了这个骨灰坛，并将它托付给老板暂时保管 。在等待失主上门认领的过程中，饭馆里来了形形色色的人。
玉子。
她的情夫刚刚去世，失去了情人，也没有分得半点遗产。
这一天，失落而又无所慰藉的她来到了这家她所熟悉的饭馆里，并向老板和这里用餐的客人们讲述了她的处境。
老板不但没有因为玉子「小三」的身份而瞧不起她，反而特地为她料理了一道「铁板意面」。
吃着老板精心料理的食物，玉子的心也渐渐温暖起来。她还在饭馆里认识了新朋友并开始了新恋情。
后来，玉子情夫的遗产分配发生变化，她从情夫那里分到了钱，并离开了新结识的男友。
再次来到饭馆时，老板对她的态度依旧没有改变——
每个人都有选择自己生活的权利，不要轻易从自己的立场去评判他人。
打工女孩美知留。
自小父母双亡，为了赚钱给相依为命的奶奶治疗风湿病，她只身来到了东京。
没想到她却被前男友骗得身无分文，走投无路的她被迫在饭馆里吃了一顿霸王餐。
第二天，心怀愧疚的她来饭馆里道歉，老板发现了美知留在料理上的天分，答应了她留在店里以打工来偿还饭钱的请求。
老板不但在料理食物方面对她悉心教导，还让她去蔬菜店代为采购各种食材，并将饭馆的钥匙留给了她。
而美知留也没有辜负老板的信任，她跟乡下的奶奶学的一道清脆南瓜丝在炎热的夏日里给用餐的客人们带来了丝丝清凉，并终于使她得到了客人们的认可。
奶奶的风湿病逐渐有所好转，美知留也准备开始新的生活。
离开饭馆那天，老板亲自下厨为美知留做了她一直都想吃却没有机会吃到的「山药泥饭」。
美知留也将她的风铃留给了老板。清婉的风铃在这家饭馆里留下了无尽的回音。
谦三。
在地震中痛失爱妻，他深深的沉浸在悲伤中无法自拔，直到志愿者明美出现。
明美让谦三鼓起勇气重新面对生活，渐渐地，谦三发现自己爱上了明美。为了跟明美在一起，他不远千里的追到了东京这家明美常来的饭馆里，却遭到了她的拒绝。
谦三痛苦不解，整日借酒消愁，饭馆老板见他这样，特意为他料理了一份明美常点的「咖喱饭」。
美味可口的饭菜不但填饱了谦三的肚子，也暂时抚平了他心灵的创伤，他开始反思自己对明美的感情。
谦三不知道，其实明美去做志愿者也是有着自己的目的和苦衷。明美在一次到饭馆吃「咖喱饭」的时候向老板坦言，自己与之前的上司有过外遇并被抛弃，她为了逃避现实和证明自己存在的价值而去灾区做了志愿者。
明美觉得自己只是一个利用灾民感情来满足自己的自私者
。
两个各自怀着心事和意图的人因为咖喱饭吐露了心声，最后也是包含百味的咖喱饭使他们各自领悟：
谦三明白了他对明美的纠缠不但不会使她幸福，反而会使她痛苦不已；明美也在听过谦三的话之后放下了过往。
最终两人重新找回了自己，并微笑着挥手道别。
每天，饭馆中都会迎来这样有故事的人。
不知不觉，那个骨灰坛已经在饭馆里被供奉了半年之久。就在老板将骨灰坛拜祭并安葬后不久，「丢失」骨灰坛的婆婆找了过来。
原来，婆婆的前夫在她怀孕时便抛弃了她，她虽然改嫁开始了新的生活，心中却仍然记恨着前夫。
直到多年以后，无亲无故的前夫在地震中罹难，老婆婆去认领骨灰。
但是她既不愿将骨灰坛留在身边，又不舍将它随意放置。在饭馆中用餐的时候她发觉老板和食客们充满着博爱和善意，于是决定先将它留在这里。
