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【送福利】无需学习R语言，不受网页限制，随性绘图，这是个什么神器！

科研猫 · 公众号 · · 2020-10-14 07:15

正文

数据可视化分析一般首选交互式环境 (如 Web 和 R)。那如果我们不想安装 R，同时不去用浏览器的情况下，我们有没有办法来绘制各种复杂的数据可视化图形？

答案是肯定的，一般比较通用的解决方案是通过远程网页服务的 RESTful APIs 或 Websocket 服务完成。

今天我们将分享最新发布的工具之一 hctl （https://hiplot.com.cn/docs/download/#hctl）：基于 Hiplot 科研绘图网站和 Golang 开发的命令行绘图工具。

hctl 是一个支持跨平台运行的命令行工具（单一执行文件），它可以让用户在命令行环境下使用部分 Hiplot 网站的绘图功能（命令行环境下支持至少 70 种绘图功能）。

工具下载

Linux:

64-bit

https://hiplot.com.cn/download/hctl/v0.1.0/hctl_0.1.0_Linux_64-bit.tar.gz

32-bit

https://hiplot.com.cn/download/hctl/v0.1.0/hctl_0.1.0_Linux_32-bit.tar.gz

MAC OSX:

64-bit

https://hiplot.com.cn/download/hctl/v0.1.0/hctl_0.1.0_Darwin_64-bit.tar.gz

Windows:

64-bit

https://hiplot.com.cn/download/hctl/v0.1.0/hctl_0.1.0_Windows_64-bit.tar.gz

32-bit

https://hiplot.com.cn/download/hctl/v0.1.0/hctl_0.1.0_Windows_32-bit.tar.gz

后续可以在 Download | Hiplot 获取最新版本。

https://hiplot.com.cn/docs/zh/download/

使用指南

根据你的操作系统下载对应的压缩包并解压缩后，你将可以得到 hctl 的可执行文件：Linux 和 Mac OSX 为


     
      hctl

，Windows 为


     
      hctl.exe

。

同时，为了方便进行测试，我们提供了热图的示例输入数据：demo.tar.gz。进入 hctl 可执行文件所在目录下载并解压该文件即可。

示例数据主要包括

1.配置文件：

config[2-3].json （-c 参数的输入）
params.json （-p 参数的输入）
其中 params.json 为 Hiplot 网站直接导出的结果，而 config.json 文件则是将其中的数据表单独提取出来后的格式（方便用户查阅和修改数据表）。

2. 数据表：

countData.txt / sampleInfo.txt / geneInfo.txt 分别为热图绘制所需的表达值信息、样本信息、基因信息。其中表达值信息为必须，其他为可选输入。

操作流程和主要命令

hctl 目前提供两个子命令进行操作（后续将不断增加其他子命令）：

login
plot

在使用 hctl 进行绘图之前，所有用户都需要使用


     
      hctl login

命令获得 Hiplot 的服务授权（授权信息将保存至 ~/.config/hiplot/login.json）。获得授权后，即可使用 hctl plot 命令进行后续绘图任务。

hctl 的输入文件为一个 JSON 格式的参数文件和/或一个/多个数据表，并主要分为以下四种文件输入模式：

1.完全使用本地的数据文件

输入数据的组合为 config.json + countData.txt + sampleInfo.txt + geneInfo.txt）。其中 config.json 文件不包含任何远程文件路径。

1 hctl plot -c _demo/heatmap/config.json -t heatmap -d _demo/heatmap/countData.txt,_demo/heatmap/sampleInfo.txt,_demo/heatmap/geneInfo.txt -o /tmp/hiplot-pure-data-mode

2. 完全使用云端的数据文件

仅需要输入 config2.json。其中 config2.json 包含了三个远程文件路径（表达数据、样本信息、基因注释）。

1 hctl plot -c _demo/heatmap/config2.json -t heatmap -o /tmp/hiplot-pure-remote-data-mode

3. 混合使用本地数据和云端数据文件

需要输入 config3.json + countData.txt + geneInfo.txt，其中 config3.json 中包含了远程 sampleInfo.txt 的路径信息。

1 hctl plot -c _demo/heatmap/config3.json -t heatmap -d _demo/heatmap/countData.txt,,_demo/heatmap/geneInfo.txt -o /tmp/hiplot-mixed-mode

4. 使用 Hiplot 网站导出的参数文件

仅需要输入 params.json 文件。

1 hctl plot -p _demo/heatmap/params.json -t heatmap -o /tmp/hiplot-params-mode

参数详解

-t 工具名（如 heatmap、pca、tsne，与 Hiplot 网址一一对应）
-m 模块名（可选 basic 和 advance）
-c 对应 config.json 格式文件
-p 对应 params.json 格式文件
-d 数据表（可输入多个；逗号分隔）
--print-links 输出结果文件链接（默认不输出）
-o 设置结果文件的输出目录
-k 任务名，默认使用配置文件中对应字段，如果无则随机生成

Linux 用户可以执行以下代码块所示命令，一键完成 hctl 的安装和功能测试。除热图外的绘图参数文件可以在 Hiplot 网站上进行导出（后续将提供命令行方式导出）后进行测试。

1 ## Linux 64 Demo
2 mkdir /tmp/hiplot
3 cd /tmp/hiplot
4 wget https://hiplot.com.cn/download/hctl/v0.1.0/hctl_0.1.0_Linux_64-bit.tar.gz
5 wget https://hiplot.com.cn/download/hctl/_demo.tar.gz
6
7 tar -xzvf hctl_0.1.0_Linux_64-bit.tar.gz
8 tar -xzvf _demo.tar.gz
9
10 ./hctl login
11
12 # only input data files
13 ./hctl plot -c _demo/heatmap/config.json -t heatmap -d _demo/heatmap/countData.txt,_demo/heatmap/sampleInfo.txt,_demo/heatmap/geneInfo.txt -o /tmp/hiplot-pure-data-mode
14
15 # only use remote files
16 ./hctl plot -c _demo/heatmap/config2.json -t heatmap -o /tmp/hiplot-pure-remote-data-mode
17
18 # mixed usage
19 ./hctl plot -c _demo/heatmap/config3.json -t heatmap -d _demo/heatmap/countData.txt,,_demo/heatmap/geneInfo.txt -o /tmp/hiplot-mixed-mode
20
21 # hiplot exported param
22 ./hctl plot -p _demo/heatmap/params.json -t heatmap -o /tmp/hiplot-params-mode

绘图任务完成后即可在对应的结果输出目录找到绘图结果文件（如 PDF/PNG/Rdata 格式）：

热图示例输出

【送福利】无需学习R语言，不受网页限制，随性绘图，这是个什么神器！

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