系统学习单细胞、空间转录组、机器学习和代谢蛋白肠道转录组网药等多组学联合分析线上会议3月29日开始

第一节课 单细胞测序技术与应用

1. 单细胞组学研究简介

2. 单细胞转录组测序技术 发展 及其原理

3. 单细胞转录组样本处理、建库及测序

4. 单细胞组学在肿瘤、发育、免疫等科研领域的应用及研究思路

5. 单细胞测序常用图表解读

第二节课： R 语言入门及图形绘制

1. R 语言简介及安装， RStudio 的安装及使用说明

2. 多种来源 R 包的安装及使用

3. R 语言简单语法及常见命令

4. R 语言数据处理及统计应用

5. R 语言绘图实操：小提琴图，箱型图，火山图，热图，网络图， GO 、 KEGG 富集图

第三节课：单细胞转录组数据分析模块及思路

1. 单细胞经典文献串讲 熟悉 单细胞分析内容和重点

2. 单细胞高分文章分析思路解析（细胞群鉴定、拟时序分析、差异表达、功能富集、转录因子、细胞通讯等）

3. 单细胞 10 大分析模块总结

4. 单细胞组学分析常用数据库介绍及使用

5. 自测和挖掘单细胞项目思路归纳总结

第四节课： Linux 服务器使用及 常规多 组 学 分析实战

1. Linux 命令入门讲解及实操训练

2. 常规 bulk 组 学 分析软件及流程介绍

3. RNA-seq 上游质控 、 比对 及 基因表达定量

4. ChIP-seq 数据分析、 peak calling 及图形可视化

5. ATAC-seq 数据分析及 peak calling

第五节课：单细胞转录组数据分析实操

1. 10X 官方单细胞软件 Cellranger 讲解及实操

2. 从基因表达矩阵开始到 marker 基因筛选全过程讲解及实操

3. 通过 Seurat 质控基因和细胞

4. Seurat 归一化处理、 PCA 降维、聚类、 tSNE 、 UMAP 可视化

5. 多种方法定义细胞类型

第六节课：单细胞转录组多样本整合及分析

1. DoubletFinder 进行双细胞去除

2. 重要参数个性化调整讲解

3. 细胞亚分群分析

4. 单细胞组间差异分析

5. 通过 Seurat 及 harmony 合并多样本及消除样本异质性

第七节课：多种功能富集及基因集打分方法实操

1. 功能富集分析介绍及常用图形解析

2. 通过 R 包进行 GO 及 KEGG 功能富集

3. 通过 DAVID 及 metascape 等网站进行富集分析

4. GSEA 软件及 R 包完成 GSEA 分析

5. 通过 GSVA ， AddModuleScore ， AUCell 等计算基因集得分

第八节课： 多种 拟时序分析 方法 介绍及实操

1. monocle 拟时序分析细胞及基因选择、降维及细胞排序

2. monocle 拟时序各种常用图形绘制

3. monocle 拟时序差异 表达 基因鉴定及功能富集

4. RNA 速率方法介绍及 流程 讲解

5. CytoTRACE 进行拟时间分析

第九节课：细胞通讯 及细胞代谢 分析介绍及实操

1. Cellphonedb 细胞 通讯 分析 和 图形可视化

2. CellChat 单 和 多数据集分析

3. CellChat 各种图形可视化

4. NicheNet 分析配体对下游基因调控

5. scMetabolism 单细胞代谢分析

第十节课：转录调控网络及拷贝数变异分析

1. SCENIC 转录因子分析方法介绍

2. SCENIC 共表达网络推断 和 motif 分析

3. SCENIC 细胞调控网络活性得分 和可视化

4. hdWGCNA 单细胞共表达网络分析

5. i nferCNV 推断染色体 拷贝数变异

第十一节课：单细胞多组学分析思路和方法

1. 单细胞各种组学技术介绍

2. 单细胞常用联合组学解析

3. 单细胞多组学整合分析方法

4. 转录组 + 蛋白组联合分析

5. 转录组 + ATAC 联合分析

第十二节课：空间转录组理论及分析内容

1. 空间转录组技术发展历程和原理介绍

2. 空间转录组技术在科研领域的应用

3. 空间转录组 CNS 文章思路解析 及 常见图 形 解读

4. 空间转录组技术在癌症、发育及神经科学等领域的研究内容及思路

5. 空间转录组学分析模块及与单细胞数据整合分析思路

第十三节课：空间转录组分析及与单细胞联合分析 实操

1. 10x Visium 官方分析软件 Space Ranger 讲解及实操

2. Space Ranger 输出结果解读

3. 通过 Seurat 软件 进行降维、聚类和可视化

4. 通过 Seurat 进行基因表达可视化 ， 空间变量特征识别

5. 与单细胞数据关联分析（空间细胞类型定义）

第十四节课：空间转录组 细胞通讯、轨迹、共定位及共表达分析

1. 空间转录组细胞通讯分析

2. 空间转录组打分及可视化

3. 空间转录组空间轨迹分析

4. 空间转录组共定位分析

5. 空间转录组共表达分析

第十五节课： 机器学习基础理论 及单细胞应用 介绍

1. 机器学习基本概念介绍

2. 常用机器学习模型介绍

3. 单细胞分析中的常见机器学习方法

4. 降维聚类的机器学习算法

5. 分群注释的机器学习算法

第十六节课：机器学习 方法应用及单细胞空间多组学思路总结

1. 机器学习 方法进行细胞类型注释

2. 机器学习方法 Tangram 预测空间转录组的基因表达

3. 机器学习方法 cell2location 预测空间转录组的细胞类型

4. 归纳总结零成本 单细胞和 空间转录组数据挖掘思路

5. 单细胞及 空间 多组学 基金申请思路、准备内容及注意事项等

周六腾讯直播 周日学员练习和群内答疑

第一节（周六9:00-11:30 ）

代谢组学生信分析

1，代谢组学基本入门知识（研究背景，技术发展和原理，课题设计、样品类型、所用的仪器设备、样品收集要求、寄送注意事项）

2，原始矩阵归一化处理,

3，Simca-p软件的使用

4，Pca、oplsda模型的建立、代谢物VIP值的计算

5，置换检验

6，差异代谢物的筛选、鉴定

7，HMDB、metaboanalyst数据库的使用，代谢通路富集分析

8，代谢物的pearson相关性分析

第二 节 （周六2:00-5:30 ）

转录组学数据分析

1，GEO数据库的使用和芯片下载,

2，R语言做差异分子的筛选

3，PPI蛋白互做网络构建

4，富集分析

5，基因的pearson相关性分析

6.GSEA，GSVA分析

7.免疫浸润

8.多个芯片合并

第三节 （周六9:00-11:30 ）

蛋白组学数据分析

1，差异蛋白分子的筛选

2，PPI蛋白互做网络构建

3，富集分析

4，蛋白的pearson相关性分析

第四节（周六2:00-5:30 ）

肠道菌群课题设计 + 数据分析

1，课题设计

2，α、β多样性分析 ,

3， 组间差异物种分析

4，Lefse分析 ,

5， 功能分析

6，关联环境因子

第五节 （