一篇友军
生信技能树
的幕后BOSSJimmy的投稿，学会samtools的新技巧：
samtools mpileup
有这个需求，是因为我们经常对某些细胞系进行有针对性的设计变异，比如BAF155的R1064K呀，H3F3A的K27呀，那我我们拿到高通量测序数据的时候，就肯定希望可以快速的看看这个基因是否被突变成功了。
现在比对几乎不耗费什么时间了，但是得到的sam要sort的时候还是蛮耗费时间的，更耗费时间的就是全基因组时间的GATK流程了。假设，我们已经得到了所有样本的sort好的bam文件，想看看自己设计的基因突变是否成功了，
可以有针对性的只call 某个基因的突变
！
比如韩国人的基因组数据比对文件如下：
接近60G的数据，可以很简单的代码直接指定对某个基因进行找变异，代码如下：
grep H3F3A ~/reference/gtf/gencode/protein_coding.hg19.position
samtools mpileup -r chr1:226249552-226259702 \
-ugf ~/reference/genome/hg19/hg19.fa *sorted.bam \
| bcftools call -vmO z -o H3F3A.vcf.gz
