这南方医科大学博士生的11.7分SCI文章，逻辑上基本没毛病！看完这蛋白棕榈酰化的文章，我觉得还是不错的……

棕榈酰化和乳酰化都算是蛋白酰基化修饰的一种，但组蛋白乳酰化更注重转录调控，而棕榈酰化则注重蛋白互作。今天这篇文章是南方医科大学博士生，发表在11.7分的Sci Adv上的文章，讲的就是巨噬细胞的蛋白棕榈酰化。这篇文章涉及到一个概念，就是通过棕榈酰化的蛋白修饰，影响了蛋白的稳定性，这篇文章有意思的点，就是他们还是通过一个个假设的迭代，逐步找到了这个棕榈酰化酶对于具体巨噬细胞免疫应答的机制，而不是预设好的结果（ 假设和假设的迭代，就是在一个课题中推进课题进展的关键步骤，通过不断地假设，并验证得到结果，进一步判断课题接下去的走向，这就是一个课题应该有的样子，而不是在一开始就预设好结果，不清楚科研推理或者假设以及假设迭代的话，可以去看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》、《列文虎克读文献》和《信号通路是什么鬼？》系列 ）。那我们就一起来看看，他们都做了点什么吧：

他们研究的方向是结核分枝杆菌（M. tuberculosis）对小鼠感染后，巨噬细胞产生的变化，通过二代测序他们发现棕榈酰转移酶家族ZDHHC的蛋白表达明显增高了（ 这一步，其实就是归纳法的米勒五法中的求同求异法分析，通过感染和未感染组间比较，分析组中共同的差异表达，找到潜在的与表型相关的基因，这就是归纳法，不清楚归纳法的话，可以去看看《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》和《列文虎克读文献》 ）。通过验证，他们发现ZDHHC的表达差异最为明显。而在小鼠中敲除ZDHHC2，则会影响其对结核分枝杆菌的免疫反应：

既然ZDHHC2对于巨噬细胞控制结核分枝杆菌的感染有着一定的作用，他们就进行了体外的验证，体外培养巨噬细胞，并对巨噬细胞的ZDHHC2进行敲除，来分析ZDHHC2具体的功能（ 这一步验证，其实就是在归纳法获得了ZDHHC2与抗菌功能的联系后，通过柯霍氏法则对ZDHHC2的具体作用进行验证，通过敲除ZDHHC2来查看表型的差异，不清楚柯霍氏法则的话，可以去看看《轻松的文献导读》和《科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》 ）。他们发现敲除了ZDHHC2后，巨噬细胞炎性因子的表达受到了抑制：

那么具体是什么导致了炎性因子的表达变化呢？其实有很多信号通路其实都与炎症因子表达相关（ 比如NFκB信号通路，PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路、Toll样受体信号通路等等，这些信号通路都会在终端产生大量的细胞因子，或是与细胞的炎症反应有关联，在巨噬细胞的研究中，这几个信号通路也是比较常见的，不清楚的话，可以去看看《信号通路是什么鬼？》系列 ），通过WB的验证，他们发现MAPK信号通路的分支ERK的磷酸化，是受到了ZDHHC2影响的。而ERK上游的c-Raf和b-Raf的表达，也受到了ZDHHC2的影响。

于是他们提出了假设，假设ZDHHC2可能能与c-Raf和b-Raf产生结合并对其进行修饰（ 这里其实就是假设的迭代，由于每一步假设或者假设迭代后，都会通过验证，得到新的结果，这些结果其实也就是新的线索，通过对线索的分析和总结，就可以得到新的假设，这就是假设迭代，也是课题推进的关键，不清楚假设或者假设迭代的话，可以去看看科研的推理和逻辑：从实验台到咖啡桌》和《信号通路是什么鬼？》系列 ）。通过验证他们发现，ZDHHC2能分别与c-Raf和b-Raf结合，并能影响c-Raf和b-Raf的棕榈酰化。通过ZDHHC2的功能位点C156的突变，他们确定了ZDHHC2是造成c-Raf和b-Raf棕榈酰化的关键。使用棕榈酰化抑制剂的梯度实验，也发现了c-Raf和b-Raf的蛋白稳定性，与棕榈酰化有密切的关联性，而c-Raf和b-Raf则是巨噬细胞抗击结合分枝杆菌的关键：

那么棕榈酰化是如何维持c-Raf和b-Raf蛋白稳定性的呢？蛋白的降解途径有两种，一个是蛋白酶水解，一个是自噬降解。他们通过使用MG132或自噬抑制剂，发现c-Raf和b-Raf的蛋白降解是通过自噬导致的。自噬过程中，对于泛素化的蛋白，会通过OPTN、TOLLIP及p62（ 其实就是SQSTM1，这个大家要是熟悉自噬信号通路的话，应该记得，这些蛋白都是结合在自噬体的膜上的，通过结合这些蛋白，能将被降解的蛋白包裹入自噬体，然后通过自噬体结合溶酶体进行降解，不清楚自噬信号通路的话，可以去看看《信号通路是什么鬼？》系列 ）结合。于是他们敲减了这几个自噬相关的蛋白，结果发现c-Raf和b-Raf蛋白稳定性随着自噬的削弱而增强：

最后就差不多是这样的示意图（ 这个是夏老师随便用PPT画的，在《夏老师带你读文献》里也讲过这个要怎么画了，有兴趣的话，可以自己试试看 ）。在结合分枝杆菌感染后，激活了巨噬细胞的Ras-Raf通路，而c-Raf和b-Raf通过ZDHHC2对其进行的棕榈酰化，维持了稳定性，激活了下游的MEK和ERK，通过c-Fos和c-Jun激活了炎性细胞因子的转录，抑制了结核分枝杆菌。而如果c-Raf和b-Raf未被ZDHHC2棕榈酰化，则会通过自噬降解，导致巨噬细胞的炎症反应减弱：

这篇文章算是一篇中规中矩的巨噬细胞棕榈酰化研究，通过对ZDHHC2的突变，其实算是比较不错的，抑制其唯一的功能来分析对于表型的影响。而整篇文章的推进，都是建立在假设和假设迭代的基础上的，不是生搬硬套所谓的科研套路。好了，今天就先策到这里吧，有兴趣的话可以看看原文，祝你们心明眼亮。

喜欢夏老师讲文献 的话， 可以点点星标，点点赞，点点“在看 ”，多分享多转发。