（一）关于“主观故意”的认定
主观故意中明知的认定包括知道或者应当知道。相关责任人员无法作出合理解释或无其他证据证明其确实不知情的，可以认定其“应当知道”。
（二）关于“暗管”及“逃避监管的方式”的认定
“暗管”是指通过隐蔽的方式达到规避监管目的而设置的排污管道，可以依据公安部等5部门《关于印发〈行政主管部门移送适用行政拘留环境违法案件暂行办法〉的通知》（公治〔2014〕853号）第五条规定进行认定。在雨污管道分离后利用雨水管道或者从厕所排污管道等生活设施管道排放、倾倒、处置有放射性的废物、含传染病病原体的废物、有毒物质的，属于《解释》第一条第五项中“逃避监管的方式”。
（三）关于“外环境”的认定
对于“外环境”的理解，依据《衔接办法》第三十七条第二项的规定执行。具有下列情形之一的，视同为外环境：
1.设有集中处理第一类污染物处理设施的，其处理设施废水排放口；
2.除《污水综合排放标准》（GB8978-1996）外，其他污染物排放标准中要求在车间或生产设施废水排放口采样的污染物，参照第一类污染物排入“外环境”有关情形认定；
3.除上述情况外，违反国家规定，向雨水管网、生活污水管网和工业污水管网排放、倾倒、处置有放射性的废物、含传染病病原体的废物、有毒物质或其他有害物质，进入纳管网处即视同为排入“外环境”，具有《解释》规定相关情形的，应当认定为“严重污染环境”。
现场调查人员应当对违法行为的排他性进行调查，采样环节要严格按照规范操作，应当对排污单位实际排污点（倾倒点或处置点）和工艺产污环节（或存储点）同步取样。
（四）关于篡改、伪造自动监测数据或者干扰自动监测设施行为的理解与适用
排污单位存在监测数据弄虚作假行为的，环保部门、公安机关依法予以处罚；涉嫌单位犯罪的，移交司法机关依法追究直接负责的主管人员和其他直接责任人员的刑事责任，并对单位判处罚金。对于具体操作人员个人篡改、伪造自动监测数据或者干扰自动监测设施的行为，单位负责的主管人员在合理期限内未发现或发现后未予纠正，且无法作出合理解释，无其他证据证明其确实不知情的，可以认定其应当知道，适用《解释》第一条第七项。
篡改、伪造自动监测数据或者干扰自动监测设施的具体表现行为，可以依据环境保护部《关于印发〈环境监测数据弄虚作假行为判定及处理办法〉的通知》（环发〔2015〕175号）的规定进行判定。
（五）关于涉及危险废物有关行为的理解与适用
1.已经着手实施非法排放、倾倒、处置危险废物总量超过三吨，因有关部门查处、他人发现等情况而停止实施时，实际排放、倾倒、处置的危险废物尚未达到三吨的，可以认定为犯罪未遂。
2.危险废物与水等物质混合，或者沾染危险废物的包装物，无法鉴别或鉴别成本巨大的，可以按照混合后的重量计算，但应当考虑非危险废物的含量，酌情量罚。
（六）公私财产损失的理解与适用
1.《解释》第十七条第四款“公私财产损失”中“为防止污染扩大、消除污染而采取必要合理措施所产生的费用”包含污染物的清理、运输、处置等已经实际发生的费用，以及有处置能力但由于时间等原因尚未处置，预期必然产生的污染物处置合理费用。
2.对实施污染环境违法行为，污染物排入水体、大气等介质后，已无法在现场开展应急处置或者现场清理的，可以由专业机构对“为防止污染扩大、消除污染而采取必要合理措施所产生的费用”进行评估计算。结合直接造成的财产损失、减少的实际价值等费用总体评估财产损失，并出具环境损害评估文件。
（七）关于涉及查封期间擅自损毁封条、变更查封状态，启用已查封的设施、设备行为的查处
排污者擅自损毁封条、变更查封状态，启用已查封的设施、设备的，可以阻碍国家机关工作人员依法执行职务论，按照《治安管理处罚法》第五十条规定予以处罚。
