今天我们来分享一篇paper！
发表期刊及年限
期刊：NatureBiotechnology
发表单位：Iwate Biotechnology Research Center, Kitakami, Iwate,Japan
发表年份：2015年3月
作者：
研究背景
（Following the 2011 earthquake and tsunami that affected Japan, >20,000 ha of rice paddy field was inundated with seawater, resulting in salt contamination of the land）
2011年地震和海啸导致日本大面积的稻田被海水淹没而造成盐污染，但日本当地缺少耐高浓度盐的水稻品种，急需培育耐盐性的水稻新品种。
评论：扣大主题，靠大背景，nature级别文章如果扣紧地球环境变迁、影响范围大的自然灾害、人类息息相关的问题，容易引起关注，当然也好发表！
##操作手段
缺少耐盐材料，当然要造喽！作者怎么做的呢？
（We screened 6,000 ethyl methanesulfonate (EMS) mutant lines of a local elite cultivar, ‘Hitomebore’, and identified a salt-tolerant mutant that we name hitomebore salt tolerant 1 (hst1).）
也就是说作者用EMS处理野生种Hitomebore，得到了耐盐突变体hst1。
（To generate the F2 progeny used for bulk sequencing, hst1 was crossed to Hitomebore WT and the resulting F1 progeny were allowed to selfpollinate and produce F2 seeds. Field trials showed that it has the same growth and yield performance as the parental line under normal growth conditions.）
无休止的科研，为了进一步扩大影响，作者进行了充分的产学研结合、顺便搞了一下供给侧改革，提供了一个耐盐新品种“Kaiji”。咋搞的呢：以耐盐突变体hst1作为母本，以Hitomebore为父本进行杂交，最终培育出品种"Kaiji"，该品种保留了其亲本优良的产量性状和品质性状的同时，其耐盐性也与突变体hst1 保持在同一水平上。
牛！想发文章科研思维肯定是，到底哪个locus突变导致的？育种专家除外：拿到好东西，管你哪变了呢！
那么如何解决这个问题？
最快的问题当然就是建库测序喽！
取材
注意：EMS 突变 一般是隐性突变体
1. 野生型Hitomebore进行EMS 处理 ----》诱变---》hst1；
2. Hitomebore X hst1 杂交构建----》F2 分离群体；
3. 取20株F2分离群体中的耐盐性个体进行混池。
3这一步会选择表型的极端个体！
取材
1. 野生型亲本Hitomebore单独建库测序；
2. 20株F2子代提取DNA后进行等量混合，构建子代DNA混池再进行建库。
3. 亲本测序深度≥20X；子代测序深度≥18X。
接下来搞啥呢？
当然是比对，将耐盐极端个体reads比对到野生型参考基因组上！
比对到参考基因组上之后就call snp了，然后进行SNP index的计算；
SNP index又是个啥玩意呢？
The ratio of short reads harboring SNPs different from the reference
也就是说含有特定SNP的reads的比率！
当然比率越大，在耐盐池中越一致，当然就表明很可能是这个突变导致的耐盐性状改变！接下来就是进一步看这个SNP在什么部位喽！
看图就好啦！
