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ceRNA做烂了?其实只要换种分子,思路是不是就打开了?!

小张聊科研  · 公众号  · 科研  · 2025-03-16 21:00

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做非编码 RNA 的同学都知道 ceRNA 吧?是不是都觉得做烂了?

ceRNA (竞争性内源 RNA )是一类能够与 miRNA 竞争结合位点的 RNA 分子(比如 lncRNA CircRNA )。它们通过与 miRNA 结合,阻止 miRNA 对靶 mRNA 的降解或抑制翻译,从而间接调节靶基因的表达。

从调控关系上看, ceRNA 的作用模式包括三个分子: 1. LncRNA/CircRNA 2. miRNA 3. mRNA 。简单来说就是: miRNA 抑制 mRNA ,而 LncRNA/CircRNA 通过与 miRNA 结合,解除或者降低 miRNA mRNA 的抑制作用 。其实这个模式本质上是去抑制( De-repression )的负负得正调控模式,只是抑制方式是竞争。

下面我们把这个思路类比拓展一下:既然有 ce RNA 这种作用方式,那有没有 ce Protein 甚至 ce DNA 的作用方式呢?

我们先设想一下假如存在这样的 ceProtein 作用方式,那就需要符合以下几个条件:

1. 需要有 A B C 三个蛋白,且 B 蛋白能导致 C 蛋白降解;

2. A 蛋白也能与 B 蛋白结合,结合后导致 B 蛋白对 C 蛋白的降解减少。

即: A 蛋白通过与 B 蛋白结合,解除 B 蛋白对 C 蛋白的降解,从而上调 C 蛋白。

这样看起来可行性还是很高的,我们带入案例理解一下。

首先从 B 蛋白与 C 蛋白的结合和降解着手,有一个现成的模式: E3 泛素连接酶对靶蛋白底物的多泛素化修饰以及蛋白酶体降解 ,比如我们用 PDL1 作为 C 蛋白,通过 Ubibrowser 数据库预测一下可能导致 PDL1 降解的







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