专栏名称: 小张聊科研
聊聊跟科研有关的感想心得,如基金,文章和实验。
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居然还有这种操作??

小张聊科研  · 公众号  · 科研  · 2017-06-10 18:02

正文



“相见不如怀念,从此

你一个人做实验

而我

文章早就接收了


相见不如怀念,从此

你一个人写文章

而我

早就可以毕业了


相见不如怀念,从此

你一个人奋斗

而我

要跟着吴彦祖去欧洲游


哈哈哈哈哈哈哈”


题目:666    作者:机智的怪阿姨    写于2012年

来自怪阿姨的凝视


而对于5分毕业的同学真心是伤不起啊!


梦熊就觉得:与其怀念不如相见


早晚都能踏上怪阿姨的康庄大道,虽然怪阿姨已经开上自己的“法拉利”


“5分嘛,跟着小张、依凡学好技能和套路,大家都可以很easy滴。不信就继续往下看嘛!”


真的有

o0O0o



戊辰日,暴雨

黄历上写着宜:祈福;忌:置产

这置产真心不宜,那么就祈福吧

保佑大家实验顺利、文章顺利、毕业顺利吧


话说前天,CDD上online了一篇文章,越发觉得CDD真心对我们很nice呢(对CDD杂志不了解的,可以点我查看哦)。


文章信息如下:

Long noncoding RNA CRNDE stabilized by hnRNPUL2 accelerates cell proliferation and migration in colorectal carcinoma via activating Ras/MAPK signaling pathways. Cell Death and Disease (2017) 8, e2862; doi:10.1038/cddis.2017.258)


CRNDE在2011年就已经报道了,是一条在结直肠癌中高表达的lncRNA。所以说,分子不算新,且有了几十篇文章报道,主要集中在结直肠癌及胶质瘤方面的研究。

本文首先验证了CRNDE在结直肠癌中的高表达,且与临床分期及预后存在相关性,具有统计学意义。在CRC细胞株中验证了CRNDE具有促癌功能。接着机制方面,发现CRNDE与hnRNPUL2形成功能复合物,维持了CRNDE的稳定性。最后通过数据挖掘及qPCR验证表明,CRNDE干扰能引起Ras/MAPK通路基因的下调。


本项目主要使用了以下一些方法与技能:

1、RT-PCR验证分子的表达丰度

2、SPSS统计分析

3、细胞动物实验

4、RNA pulldown、RIP

5、数据挖掘


直接过一遍文章的思路吧:

1、分子的选择

本项目中分子是直接选择已报道的CRNDE(所以说英雄不问出处,分子不问来路,不管你是测序、芯片还是从以前研究中扒出来的),只要能做出东西来就是好分子。作者重新在结直肠癌样本及细胞株中进行了表达验证,发现其水平相对于正常组织或结直肠上皮细胞,其丰度是显著上调的。

2、临床相关性

CRNDE的表达与临床TNM分期相关;CRNDE表达越高临床预后越差。数据表明CRNDE可以作为独立的预后因子。


3、细胞及动物实验

RNA干扰实验验证了CRNDE对细胞的增值、迁移以及侵袭的影响。通过体内实验表明CRNDE能促进结直肠癌增值及转移的功能。

4、机制内容

通过RNA pulldown加质谱以及RIP实验,发现CRNDE与hnRNPUL2存在结合作用。通过干扰或过表达CRNDE实验发现,CRNDE能影响hnRNPUL2的胞浆定位,而胞浆中的hnRNPUL2能维持CRNDE的稳定性。


5、数据挖掘

为了确定CRNDE的靶基因以及其在结直肠癌发生过程中的激活机制,作者挖据了GSE89985的数据,KEGG分析表明RAS/MAPK通路是CRNDE下调的主要相关通路,并且在CRNDE干扰细胞中MAPK通路同样失调。通过qPCR验证了21个RAS通路的基因,确定了与芯片数据挖据的结果一致,于是推测挖据的数据可信。


这篇文章结合了常规的研究思路以及数据库挖掘的内容。


对常规研究思路还很模糊的,没关系,小张手把手教你!!!


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