“相见不如怀念,从此
你一个人做实验
而我
文章早就接收了
相见不如怀念,从此
你一个人写文章
而我
早就可以毕业了
相见不如怀念,从此
你一个人奋斗
而我
要跟着吴彦祖去欧洲游
哈哈哈哈哈哈哈”
题目:666 作者:机智的怪阿姨 写于2012年
来自怪阿姨的凝视
而对于5分毕业的同学真心是伤不起啊!
梦熊就觉得:与其怀念不如相见
早晚都能踏上怪阿姨的康庄大道,虽然怪阿姨已经开上自己的“法拉利”
“5分嘛,跟着小张、依凡学好技能和套路,大家都可以很easy滴。不信就继续往下看嘛!”
真的有
戊辰日,暴雨
黄历上写着宜:祈福;忌:置产
这置产真心不宜,那么就祈福吧
保佑大家实验顺利、文章顺利、毕业顺利吧
话说前天,CDD上online了一篇文章,越发觉得CDD真心对我们很nice呢(对CDD杂志不了解的,可以点我查看哦)。
文章信息如下:
Long noncoding RNA CRNDE stabilized by hnRNPUL2 accelerates cell proliferation and migration in colorectal carcinoma via activating Ras/MAPK signaling pathways. (Cell Death and Disease (2017) 8, e2862; doi:10.1038/cddis.2017.258)
CRNDE在2011年就已经报道了,是一条在结直肠癌中高表达的lncRNA。所以说,分子不算新,且有了几十篇文章报道,主要集中在结直肠癌及胶质瘤方面的研究。
本文首先验证了CRNDE在结直肠癌中的高表达,且与临床分期及预后存在相关性,具有统计学意义。在CRC细胞株中验证了CRNDE具有促癌功能。接着机制方面,发现CRNDE与hnRNPUL2形成功能复合物,维持了CRNDE的稳定性。最后通过数据挖掘及qPCR验证表明,CRNDE干扰能引起Ras/MAPK通路基因的下调。
本项目主要使用了以下一些方法与技能:
1、RT-PCR验证分子的表达丰度
2、SPSS统计分析
3、细胞动物实验
4、RNA pulldown、RIP
5、数据挖掘
直接过一遍文章的思路吧:
1、分子的选择
本项目中分子是直接选择已报道的CRNDE(所以说英雄不问出处,分子不问来路,不管你是测序、芯片还是从以前研究中扒出来的),只要能做出东西来就是好分子。作者重新在结直肠癌样本及细胞株中进行了表达验证,发现其水平相对于正常组织或结直肠上皮细胞,其丰度是显著上调的。
2、临床相关性
CRNDE的表达与临床TNM分期相关;CRNDE表达越高临床预后越差。数据表明CRNDE可以作为独立的预后因子。
3、细胞及动物实验
RNA干扰实验验证了CRNDE对细胞的增值、迁移以及侵袭的影响。通过体内实验表明CRNDE能促进结直肠癌增值及转移的功能。
4、机制内容
通过RNA pulldown加质谱以及RIP实验,发现CRNDE与hnRNPUL2存在结合作用。通过干扰或过表达CRNDE实验发现,CRNDE能影响hnRNPUL2的胞浆定位,而胞浆中的hnRNPUL2能维持CRNDE的稳定性。
5、数据挖掘
为了确定CRNDE的靶基因以及其在结直肠癌发生过程中的激活机制,作者挖据了GSE89985的数据,KEGG分析表明RAS/MAPK通路是CRNDE下调的主要相关通路,并且在CRNDE干扰细胞中MAPK通路同样失调。通过qPCR验证了21个RAS通路的基因,确定了与芯片数据挖据的结果一致,于是推测挖据的数据可信。
这篇文章结合了常规的研究思路以及数据库挖掘的内容。
对常规研究思路还很模糊的,没关系,小张手把手教你!!!
在“从零开始做医学基础科研,小张教你发3分SCI文章”课程中,小张详细地讲解了基于「临床样本出发的研究」、「细胞功能为主的研究」、「动物模型出发的研究」、「基于高通量组学数据的研究」的策略。即使是零基础,也能很快上手,发一篇自己的文章啊。(点击阅读原文进行查看)
长按二维码识别关注“小张聊科研”
关注后获取《科研修炼手册》1.0、2.0、3.0、4.0、基金篇精华合集