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暑假记录之

干组朋友的日常

主要做生命过程的动力学模拟和生态的动力学模拟，就是根据已有的文献做一些合理的假设，写写动力学方程，找找参数，再根据实验的数据进行模型的测试、验证以及参数估计和模型优化。优化后的模型就可以当做是正确的模拟过程，然后修改一些可变的参数，来推导出有利于最终结果的结论。

在上述过程中会遇到一些问题，比如各个论文提供的参数不一致，原因有很多，比如：实验条件、初始设定、菌株差异等等，从中找到符合本项目的参数并不容易，需要搜集大量的参数，再进行统计意义上的筛选。

除此之外，还要拓宽疆域，搜集在项目或建模中存在的问题，并想办法通过程序设计来进行解决。

左上：参数表

左下：通路模式图

右：生长曲线拟合

主要是相关的已有模型的积累，模型中涉及到的参数的搜集，模型相关软件的学习和相应编程语言的学习等。最重要的准备是深入思考的大脑，一个好看的本子和一杯好喝的冷饮。

模型参数很难找，通常需要花比较多的时间搜集文献并对比实验条件与实验菌株，酶库的数据不全而且很多格式不规范，所提供的信息通常都是部分缺失的，导致在模型建立之后的参数设定上耗费太多时间。

实验数据与理论模型的拟合的差距岂止是大，不清楚是实验数据的bug还是模型原理（假设或某些参数设定）出现了较大的偏差。惆怅，曲线怎么会长成那个样子。

最重要的是，开软件电脑卡，运行程序电脑卡，数据计算量大电脑卡，仿真电脑卡。

还有，好好地用着Google，VPN老总带着他的小姨子跑了。

可怜了我的半年包。