Neoantigen专栏二，本期我们
继续谈案例，本案例研究透了新生抗原、HLA、驱动基因，也玩转了基因检测、数据分析和个性化治疗。
科学家们对于肿瘤驱动基因的研究有着迷之热情，一方面驱动基因是很多靶向药的作用位点，另一方面也可能是因为驱动基因突变往往能够影响PD-1治疗效果。肿瘤驱动基因突变是肿瘤特异性的，并且几乎会发生于所有的肿瘤细胞中。而KRAS突变是一种很常见的驱动基因突变，45%的胰腺癌、13%的结直肠癌几乎都有KRAS突变，但是这些患者几乎没有靶向药可用，生存期非常短。Steven A. Rosenberg团队恰逢其时又发出重磅研究成果，本次发力方向为驱动基因突变产生的新生抗原，去年7月份发表于《The New England Journal of Medicine》上。
一位KRAS突变的结直肠癌患者在接受个性化免疫细胞治疗后，肺部的7个转移灶都明显缩小甚至完全缓解。
基于KRAS基因突变生成的新生抗原开发ACT疗法，能否让实体瘤缩小呢？研究者开展了一项ACT临床试验，来验证这一构想。
本次案例是一位50岁的女性转移性的结直肠癌患者，肺部CT扫描发现7个转移灶，这是极度恶性的状况。研究人员对这位患者进行了个性化ACT治疗，得到了非常好的效果。
研究者从该患者体内取出
肿瘤组织，先进行基因检测，通过一系列严谨复杂的算法预测出可能的新生抗原序列（ps裕策也有这个实力），然后在从患者体内获得的肿瘤浸润淋巴细胞中筛选出
能够识别肿瘤新生抗原的T细胞，进行ACT治疗。 功
夫不负有心人，通过一系列技术验证，研究者
找到了能够特异性识别KRAS G12D（一种新生抗原）且具有免疫原性的一类CD8+T细胞
，将其在体外扩增后富集至75%浓度，回输至患者体内进行治疗。
这些T细胞仅能够识别KRAS突变的肿瘤细胞，对其他的肿瘤突变并没有破坏力。大部分的细胞在进入患者体内后，会分泌出多种细胞因子，进而杀死目标肿瘤细胞。
研究者将这些靶向KRAS突变的CD8+T细胞回输至患者体内后，7个肺部转移灶全都出现了明显缩小。其中有几个在治疗后的40天内完全消失了，剩余的在治疗后的几个月仍然在持续缩小。治疗后9个月在患者的外周血中依然检测出了一定浓度的KRAS特异性的T细胞，这也体现了免疫治疗不同于放化疗的优势，免疫治疗后具有持续的获益。患者在治疗2周后就顺利出院了。
但是，随访发现在治疗后9个月，有一个病灶（lesion2）并没有完全消失掉，还有一个转移灶（lesion3）复发了。研究者对病灶2和复发病灶3进行了切除，其中病理分析显示病灶2中都是已坏死的肿瘤细胞，这个并不足为惧。
研究者对唯一复发进展的病灶3进行全外显子和转录组测序发现，该病灶也存在KRAS G12D突变，但是为什么依旧发生了免疫逃逸呢？经染色体拷贝数变异分析，这个病灶肿瘤细胞的6号染色体发生了杂合性缺失，缺失的正是编码HLA-C的片段，HLA-C是HLA的几个亚型之一。真相大白了，HLA是抗原呈递的关键路径之一，KRAS突变导致肿瘤细胞内产生新生抗原，但是新生抗原并未能通过HLA-C递呈的细胞表面，回输的KRAS特异性T细胞当然就识别不出这样的肿瘤细胞了，进而发生了免疫逃逸，肿瘤细胞继续增殖。可喜的是，将此复发灶切除后，该患者4个月都没有再复发。
实际上，在这次研究中还有一个失败的案例。一例转移性的大肠癌患者同样接受了ACT治疗，研究者也发现了KRAS特异性的CD8+T细胞免疫原性，不幸的是该患者的肿瘤病灶并没有免疫应答。检测发现，该患者体内KRAS特异性T细胞浓度只有0.002%，这可能是治疗失败的原因之一。巧合的是，这个患者也存在HLA-C杂合性缺失，这可能是导致治疗失败的另一个原因。
这两个案例都将HLA推到了我们的视野内，HLA-C杂合性缺失发生概率约10%左右，HLA杂合性缺失导致的免疫逃逸是免疫治疗需要克服的一个重要障碍。HLA分为不同的亚型，理论上能够呈递不同的新生抗原，当一种HLA亚型缺失时，我们需要寻找其他亚型能够呈递的新生抗原，用于ACT治疗，给更多的病人寻找治疗机会。
以上几则案例都是基于肿瘤新生抗原的ACT疗法，新生抗原在免疫治疗中起效的根本原因是，新生抗原能够激活免疫细胞来识别杀伤肿瘤细胞。ACT疗法是
在体外激活特异性识别的T细胞
，回输至体内发挥作用，而肿瘤疫苗（治疗性疫苗）则是在将新生抗原直接回输至体内，
在体内激活免疫细胞
，实现杀伤肿瘤的效果。下面是一个肿瘤疫苗案例。
