专栏名称: 生物极客
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蛋白数据知多少?

生物极客  · 公众号  · 生物  · 2017-05-16 15:18

正文

UniProt(全称Universal Protein),它整合了三大数据(Swiss-Prot、 TrEMBL 和 PIR-PSD )的数据。是目前信息最丰富、资源最广的免费蛋白质数据库。

首先看一下主页,大致分为5个部分, 1、UniProtKB;2、UniRef;3、UNIParc;4、Proteomics;5、Supporting data。


UniProtKB(Universal Protein Knowledge base)它是经过专家校验的数据集

以小鼠基因BCL2为例,简单介绍一下数据库功能。


点击search后 ,进入数据库,左侧是基因蛋白数据相关信息,包括功能、亚细胞定位、参与通路、组织表达、互作蛋白、结构与功能域等等。



基因功能部分 ,可以看到对基因概括描述以及GO数据库信息,(1)细胞学组件(2) 分子功能(3)生物学途径三个方面介绍基因功能。


蛋白在细胞内定位


蛋白参与的生物学过程,同时数据库提供了氨基酸修饰位点以及参与的转录后修饰过程。







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