单细胞测序从15年正式进入科研圈子之后,不断收割CNS主刊及子刊。几乎成为CNS最耀眼的一科明星。截止目前已累积发表研究论文近2万篇。且随着10X公司的产品面世,单细胞测序技术彻底从费时费力废人工且不稳定的低通量时代,进入稳定的高通量测序时代。数据量,研究方向,临床课题等均呈现逐年爆发的增长趋势,应运而生的各类单细胞数据库也逐渐增多。但是对于普通科研人员来说,我们可能要问这样几个问题。
单细胞测序成本贵吗?
目前而言,拿样本到测序公司去测还是比较昂贵的,一个样要几万块,因此对大部分普通的科研人员来说,单细胞测序是可望而不可及的。
那是否有办法以较低的门槛进行单细胞测序分析呢?
有
,
如果数据库中有现成的单细胞测序数据,并且我们能有效利用数据库中现有的单细胞测序数据来分析,那么就可以零成本跨入单细胞测序的大门了。
目前数据库中有这样的数据吗?
有
,
以常见的GEO数据库为例,在GEO中,单细胞测序数据集已超过2.7万例,覆盖肿瘤类非肿瘤类,人小鼠斑马鱼等各种模式生物,这座逐渐成长的宝库就这样静静的等待大家去挖掘。
现在做单细胞数据挖掘的文章吗?
不多,可以说非常少,
限于单细胞分析技术的普及度远远不及传统二代测序组学程度,且单细胞数据相对较新,所以这座宝库的光芒还未被大家充分释放。
因为少,所以有更多创新空间,
我们有理由相信,一定有众多科研从业者正暗暗发力,争做第一批吃螃蟹的人。
去哪里能学到单细胞测序数据挖掘呢?
单细胞数据的挖掘相对来说确实有更大的分析难度,可学习的公开资料较少,懂原理会方法的的人少,现成的工具更是少之又少。为了克服这样的痛点,小张聊科研开设了“
单细胞转录组数据挖掘
”课程,带大家一起去“”抢鲜“”高大上的单细胞测序分析,
尝试
抢先一步发表单细胞测序数据挖掘文章
。
上完这个课我能学到什么?
1、掌握R语言基本语法
2、了解单细胞测序基本概念
3、了解单细胞测序主要的数据库来源
4、掌握单细胞测序数据的下载方法
5、掌握单细胞测序挖掘常规思路
6、学会用R代码进行单细胞转录组分析并作图
7、熟悉单细胞转录组发文思路
8、熟悉单细胞相关课题设计思路
适合人群
广大临床/科研工作者,研究生,零基础也可以参加
讲师介绍
沃林老师,生物学博士,来自国内第一批做单细胞测序的课题组,实验室独立开发了成熟的高通量单细胞测序平台。沃林老师从事二代测序相关分析10余年,目前主要方向为组学+医学大数据挖掘,擅长单细胞转录组及多组学数据分析与挖掘。18年接收9篇纯分析挖掘性SCI文章,其中两篇IF超过10分,最低3.7分,累积项目经历50+,擅长临床相关课题设计。
课程内容主线
第一天上午:
学习R语言基本语法
第一天下午:
掌握单细胞转录组并掌握5大单细胞数据库
第二天上午:
单细胞转录组分析及可视化讲解与演练(赠送傻瓜式运行代码)
第二天下午:
实操一篇文章的思路并讲解零成本单细胞课题设计
课程表
第一天
上午
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1.
生物信息及单细胞转录组简介
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2. R
语言安装+Rstudio
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3. Rstudio
压箱底技巧分享
(如何用R边练习边生成笔记报告)
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4. R
语言基本语法及数据结构
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第一天
下午
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1.
单细胞转录组是什么以及能解决什么问题
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2. 5
大核心单细胞数据库介绍及应用(超万例样本)
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3.
单细胞数据下载练习
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4.
讲解单细胞数据常规挖掘思路
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第二天
上午
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1.
全套单细胞转录组数据分析流程演练
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2.
单细胞数据常见6类分析图
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3.
经典的tSNE细胞分群图+边学边练
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4.
自动化注释细胞类别代码分享
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5.
实操过程答疑
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第二天
下午
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1.
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