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如何吃上“钠死亡”的第一波红利?单基因分析抓紧提上日程!手把手教学来啦!

生信图书馆  · 公众号  ·  · 2025-02-18 19:00

正文

细胞死亡一直是科研界的热门研究方向,铁死亡、铜死亡、焦亡……不久前上交大钟清课题组与中科院上海药物所李扬课题组又联合提出了 钠死亡。

题目:TRPM4的持续激活触发以钠超载为特征的坏死细胞死亡

1. 这项研究确定了通过化合物NC1诱导的坏死性细胞死亡的,即钠超载坏死(NECSO)。

2. NC1靶向瞬时受体电位阳离子通道亚家族M成员4 (TRPM4)促进Na+内流和坏死。

3. 因为跨膜区域的差异,NC1只能特异性激活人类TRPM4,而不是小鼠TRPM4。

4. 通过化学筛选发现NECSO抑制剂可阻断NC1或能量消耗引起的坏死。


一种新的细胞死亡形式提出后,往往生信人是最快跟上的,主要思路是以预后模型为主,但是预后模型需要有基因集,而我们可以看到 钠死亡这个热点只涉及到了一个基因——TRPM4 ,所以用它做预后模型分析不太好实现, 今天馆长就给大家推荐一个好用的思路——单基因分析!想快速完成分析的朋友可以直接联系馆长,从思路设计到定制生信分析可以帮您一站式搞定,助力您热点方向抢发成功!

那么这个单基因分析怎么做呢?感兴趣的跟着馆长往下看叭~

第一篇

题目:整合eQTL和多组学综合分析TGS1作为泛癌预后和免疫治疗生物标志物

这篇文章来自山东大学齐鲁医院,研究思路还是非常具有创新性的。

首先利用GWAS数据使用 孟德尔随机化 (MR)进行了一项全面的泛癌症研究,评估TGS1在癌症进展中的作用。利用 TCGA和GEO 的数据,分析了TGS1在33种肿瘤类型中的作用,包括磷酸化修饰、甲基化修饰、突变、免疫浸润、药物靶点等。

第二篇

题目:SOX11作为肝细胞癌与免疫浸润和铁死亡相关的潜在预后生物标志物

这篇文章研究了SOX11在肝细胞癌(LIHC)肿瘤发生中的作用。

作者首先使用TCGA和GTEx的RNA-seq数据研究了HCC患者数据中的SOX11表达。基于TCGA数据库,通过Logistic回归、ROC、Kaplan-Meier分析和nomogram建模检测SOX11水平与临床病理特征之间的关系,以确定其预后价值。通过功能富集分析探讨SOX11的功能,并探讨该基因与HCC肿瘤免疫浸润和铁死亡的关联。最后,在HepG2和HuH7细胞中研究SOX11对增殖和迁移的影响。

第三篇

题目:OLR1是HNSCC中与EMT和铜死亡相关的泛癌预后和免疫治疗预测因子

首先作者基于TCGA数据库进行了泛癌分析,分析了OLR1的表达及其预后意义。通过免疫浸润、富集和TIDE分析方法研究OLR1表达水平与肿瘤免疫及免疫治疗的相关性。通过免疫组化检测HNSCC中OLR1的表达。利用GSEA方法分析OLR1参与的信号通路,并通过相关分析研究了OLR1与上皮-间质转化(EMT)和铜死亡之间的关系。最后,通过细胞实验验证了OLR1敲低对HNSCC细胞EMT过程、侵袭、干性和铜死亡的影响。

小结

以上几篇单基因模版文章的思路大家可以作为参考,换成TRPM4就可以复现。 不想加实验的馆长强烈推荐第一篇的思路 ,孟德尔随机化目前也是热点方向之一,能用上它能大大挺高文章的创新性。 有一定的实验基础或者想进一步进行机制研究的朋友可以考虑后边两种思路, 将来拓展一下就是一篇国自然。 不会分析?思路设计方面有难度?直接滴滴馆长!专业团队可以提供个性化思路设计和生信分析服务,欢迎来询!

馆长有话说

馆长会持续为大家带来最新生信思路,也可以提供特色数据库构建、免费思路评估、付费生信分析等服务,对数据库构建和生信分析感兴趣的朋友可以咨询馆长哦!

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