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微生物LEfSe分析图表解读

VG生信软件 · 公众号 · · 2017-08-11 17:25

正文

一般来说，微生物常见分析内容有LEfSe分析、alpha多样性、OUT Venn图、OUT丰度分析、RDA/CCA分析、物种系统进化分析等等。其中，LEfSe分析在这两年的微生物文章中常常出现。

下面进行LEfSe分析图表解读

1.定义

LDA Effect Size分析，可以实现多个分组之间的比较，还进行分组比较的内部进行亚组比较分析，从而找到组间在丰度上有显著差异的物种（即biomaker）。

2.分析原理

主要分为a、b、c 三步。

3.分析结果

4.LEfSe分析网站

LEfSe分析可以在本地分析也可以在线分析，本地版本只能在linux系统下运行；在线分析的网址是：

https://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/

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